Struktur und Evolution pflanzlicher Photorezeptoren (Phytochrom und Cryptochrom):
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
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1997
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INHALT
1.
EINLEITUNG
.
1
2.
MATERIAL
.
6
2.1
PFLANZEN
.
6
2.2
CHEMIKALIEN,
ENZYME
UND
GERAETE
.
6
2.3
VEKTOREN
.
7
2.4
BAKTERIENSTAEMME
.
10
2.5
LABORMATERIALIEN
AUS
EIGENER
HERSTELLUNG
UND
AUS
AUSWAERTIGEN
LABORS
.
10
3.
METHODEN
.
11
3.1
ALLGEMEINE
MOLEKULARBIOLOGISCHE
METHODEN
.
11
3.1.1
PLATTIERUNG
UND
AMPLIFIZIERUNG
VON
1-PHAGEN
SOWIE
ISOLIERUNG
VON
DNA
AUS
IHNEN
.
11
3.1.2
ISOLIERUNG
GENOMISCHER
DNA
AUS
PFLANZEN
.
11
3.1.3
ISOLIERUNG
VON
PLASMID-DNA
AUS
E.COZI-ZELLEN.
11
3.1.4
REINIGUNG
UND
FAELLUNG
VON
DNA
.
12
3.1.5
QUANTIFIZIERUNG
VON
DNA
.
12
3.1.6
BEHANDLUNG
VON
DNA
MIT
RESTRIKTIONSENDONUKLEASEN
.
12
3.1.7
ELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
IN
AGAROSEGELEN
.
13
3.1.8
ISOLIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
AUS
AGAROSEGELEN
.
13
3.1.9
LIGATION
VON
DNA-FRAGMENTEN
IN
PLASMIDE
.
13
3.1.10
HERSTELLUNG
KOMPETENTER
E.COZI-ZELLEN
UND
IHRE
TRANSFORMATION
MIT
PLASMIDEN
.
14
3.2
POLYMERASEKETTENREAKTION
(PCR)
.
14
3.2.1
AMPLIFIKATION
VON
PHYTOCHROMGENFRAGMENTEN
AUS
VERSCHIEDENEN
SPEZIES
.
15
3.2.2
AMPLIFIKATION
VON
CRYPTOCHROMSEQUENZEN
AUS
VERSCHIEDENEN
SPEZIES
.
17
3.2.3
NACHWEIS
VON
T-DNA
IN
TRANSGENEN
PFLANZEN
.
17
3.2.4
DIG-MARKIERUNG
VON
DNA-SONDEN
.
19
3.2.5
UEBERPRUEFUNG
UND
BEHANDLUNG
DER
PRODUKTE
.
19
3.3
TRANSFERTECHNIKEN
UND
NICHT-RADIOAKTIVER
NACHWEIS
VON
DNA
FRAGMENTEN
DURCH
DIG-MARKIERTE
SONDEN
.
20
3.3.1
UEBERTRAGUNG
VON
Z-PHAGEN-DNA
AUF
NITROCELLULOSE
.
20
3.3.2
SOUTHERN
BLOT
.
20
3.3.3
HERSTELLUNG
DIG-MARKIERTER
DNA-SONDEN
UND
DER
NACHWEIS
VON
DNA-FRAGMENTEN
MIT
IHRER
HILFE
.
20
3.4
SEQUENZIERUNG
VON
DNA
.
21
3.4.1
RADIOAKTIVE
SEQUENZIERUNG
.
21
3.4.2
NICHT-RADIOAKTIVE
SEQUENZIERUNG
MIT
HILFE
DES
SILVER
SEQUENCE-KITS
.
21
3.4.3
AUTOMATISCHE
SEQUENZIERUNG
MIT
HILFE
FLUORESZENZ-MARKIERTER
PRIMER
.
23
3.5
ERZEUGUNG
TRANSGENER
PFLANZEN
.
24
3.5.1
HERSTELLUNG
DER
VEKTORKONSTRUKTE
.
25
3.5.2
TRANSFORMATION
DER
AGROBAKTERIEN
.
26
3.5.3
UEBERPRUEFUNG
DER
TRANSFORMIERTEN
AGROBAKTERIEN
UND
IHRE
LAGERUNG
.
26
3.5.4
ANZUCHT
DER
PFLANZEN
UND
ERNTE
DER
SAMEN
.
27
3.5.5
TRANSFORMATION
DER
PFLANZEN
.
27
3.5.6
SELEKTION
DER
TRANSFORMANDEN
.
28
3.5.6.1
ANZUCHT
UND
SELEKTION
AUF
STERILEM
MEDIUM
.
28
3.5.6.2
ANZUCHT
UND
SELEKTION
AUF
ERDE
.
29
3.5.7
NACHWEIS
DER
EINGEBRACHTEN
KONSTRUKTE
IN
DEN
PFLANZEN
.
29
3.6
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
VON
GENSEQUENZEN
.
29
3.6.1
EDITIERUNG
UND
ALIGNMENT
DER
SEQUENZEN
.
30
3.6.2
BERECHNUNG
ZUR
PHYLOGENIE
VON
PHYTOCHROM
UND
CRYPTOCHROM
SEQUENZEN
.
30
4.
ERGEBNISSE
.
31
4.1
ISOLIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
VON
PHYTOCHROMGENEN
AUS
VERSCHIEDENEN
SPEZIES
.
31
4.1.1
ISOLIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
EINES
PHYTOCHROMGENS
AUS
PHYSCOMITRELLA
PATENS
.
31
4.1.1.1
AMPLIFIKATION
EINES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
AUS
DER
CDNA-BANK
VON
PHYSCOMITRELLA
PATENS
VIA
PCR
.
31
4.1.1.2
NACHWEIS
UND
ISOLIERUNG
PHYTOCHROM-POSITIVER
XNM1149-KLONE.
32
4.1.1.3
SUBKLONIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
.
34
4.1.1.4
NUKLEOTIDSEQUENZ
UND
DIE
DARAUS
ABGELEITETE
AMINOSAEURESEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENS
VON
PHYSCOMITRELLA
PATENS
.
35
4.1.1.5
HOMOLOGIE
DES
PAYSCOMIZRE/ZA-PHYTOCHROMGENS
ZU
PHYTOCHROM
GENEN
ANDERER
ARTEN
.
37
4.1.2
ISOLIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
EINES
PHYTOCHROMGENS
AUS
PMUS
SYLVESTRIS
.
38
4.1.2.1
SCREENINGSTRATEGIE
UND
ISOLIERUNG
DER
KLONE
.
38
4.1.2.2
NUKLEOTIDSEQUENZ
UND
ABGELEITETE
AMINOSAEURESEQUENZ
DES
KLONS
PSA5.1
.
39
4.1.2.3
HOMOLOGIE
DES
PZWUS-PHYTOCHROMGENS
ZU
ANDEREN
PHYTOCHROMGENEN
.
39
4.1.3
PCR-AMPLIFIZIERTE
PHYTOCHROMGENFRAGMENTE
AUS
NIEDEREN
PFLANZEN
UND
GYMNOSPERMEN
.
40
4.1.3.1
PCR-AMPLIFIZIERTE
PHYTOCHROM-SEQENZEN
AUS
NIEDEREN
PFLANZEN
.
42
4.1.3.2
PCR-AMPLIFIZIERTE
PHYTOCHROM-SEQENZEN
AUS
GYMNOSPERMEN
.
44
4.2
ISOLIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
VON
CRYPTOCHROMGENEN
AUS
VERSCHIEDENEN
SPEZIES
.
47
4.2.1
ERGEBNISSE
DER
PCR-REAKTIONEN
MIT
DER
PRIMERKOMBINATION
CRY-S/CRY-A
.
47
4.2.2
PCR-AMPLIFIZIERTE
CRYPTOCHROMGENSEQUENZEN
AUS
NIEDEREN
PFLANZEN
UND
MONOKOTYLEDONEN
.
49
4.2.3
HOMOLOGIEN
DER
ERMITTELTEN
CRYPTOCHROMSEQUENZEN
UNTEREINANDER
SOWIE
ZU
ANDEREN
BEKANNTEN
CRYPTOCHROMSEQUENZEN
.
50
4.3
PHYLOGENETISCHE
UNTERSUCHUNGEN
ANHAND
VON
PHYTOCHROM
UND
CRYPTOCHROMSEQUENZEN
.
51
4.3.1
BESCHREIBUNG
DER
ZUR
ANALYSE
VERWENDETEN
SEQUENZEN
.
51
4.3.2
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
DER
PHYTOCHROMSEQUENZEN
.
55
4.3.2.1
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
VON
PHYTOCHROM-VOLLAENGENSEQUENZEN
.
55
4.3.2.2
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
VON
TEILSEQUENZEN
VON
PHYTOCHROMGENEN.
59
4.3.3
PHYLOGENETISCHE
ANALYSE
VON
CRYPTOCHROMSEQUENZEN
.
61
4.4
VORLAEUFIGE
ERGEBNISSE
DER
ARBEITEN
ZUR
ERZEUGUNG
VON
PHYSCOMITRELLA-PHYTOCHROM
EXPRIMIERENDEN^RAAIT/QPSIS-PFLANZEN.
63
4.4.1
HERSTELLUNG
UND
KLONIERUNG
DER
VEKTORKONSTRUKTE
.
63
4.4.2
TRANSFORMATIONSEXPENMENTE
MIT
VERSCHIEDENEN
ARABIDOPSIS
GENOTYPEN
.
65
4.4.3
SCREENING
DER
TL-GENERATION
UND
NACHWEIS
VON
TRANSFORMANDEN
MIT
HILFE
DER
PCR
.
65
5.
DISKUSSION
.
67
5.1
WELCHE
ROLLE
SPIELT
DAS
ABERRANTE
CERARORFON-PHYTOCHROM?
.
67
5.2
DIE
PHYTOCHROME
IN
NIEDEREN
PFLANZEN
.
68
5.3
PHAENOMENE,
TYPISIERUNG
UND
GENSEQUENZEN
.
69
5.4
DIE
PHYTOCHROME
IN
GYMNOSPERMEN
UND
IHRE
VERWANDTSCHAFT
ZU
DENEN
IN
ANGIOSPERMEN
.
71
5.5
PHYTOCHROME
UND
DIE
KLASSISCHE
SYSTEMATIK
.
72
5.6
CRYPTOCHROM
UND
PHOTOLYASEN
IN
PFLANZEN
-
ZWEI
FUNKTIONEN,
EIN
PROTEIN?
.
74
6.
ZUSAMMENFASSUNG
.
77
7.
LITERATUR
.
79
8.
ANHANG
.
91
8.1
ABKUERZUNGEN
.
91
8.2
REZEPTE
.
93
8.3
SEQUENZEN
.
98
8.3.1
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENS
PPPHYLL
AUS
PHYSCOMITRELLA
PATENS
.
98
8.3.2
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENS
PSPHYPL
AUS
PINUS
SYLVESTRIS
.
101
8.3.3
PCR-AMPLIFIZIERTE
PHYTOCHROMGENFRAGMENTE
AUS
VERSCHIEDENEN
SPEZIES
.
104
8.3.3.1
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
FHPHYLL
AUS
FUNANA
HYGROMETNCA
.
104
8.3.3.2
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
MPPHYLL
AUS
MARCHANTIA
POLYMORPHA
.
105
8.3.3.3
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
SSPHYLL
AUS
SELAGINELLA
SERPENS
.
105
8.3.3.4
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
MGPHYPL
AUS
METASEQUOIA
GLYPTOSTOBOIDES
.
106
8.3.3.5
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
PAPHYPL
AUS
PICEA
ABIES
.
106
8.3.3.6
SEQUENZ
DES
PHYTOCHROMGENFRAGMENTS
GGPHYPL
AUS
GNETUM
GNEMON.
107
8.3.3.7
SEQUENZEN
DER
PHYTOCHROMGENFRAGMENTE
GBPHYPL
UND
GBPHYP2
AUS
GINKGO
BILOBA
.
108
8.3.4
PCR-AMPLIFIZIERTE
CRYPTOCHROMGENFRAGMENTE
AUS
VERSCHIEDENEN
SPEZIES
.
108
8.3.4.1
SEQUENZ
DES
CRYPTOCHROMGENFRAGMENTS
EACRYL
AUS
EQUISETUM
ARVENSE
.
109
8.3.4.2
SEQUENZ
DES
CRYPTOCHROMGENFRAGMENTS
SSCRYL
AUS
SELAGINELLA
SERPENS
.
109
8.3.4.3
SEQUENZ
DES
CRYPTOCHROMGENFRAGMENTS
AECRYL
AUS
ANGIOPTERIS
EVECTA
.
110
8.3.4.4
SEQUENZ
DES
CRYPTOCHROMGENFRAGMENTS
ASCRYL
AUS
AVENA
SATIVA
110
8.3.4.5
SEQUENZEN
DER
CRYPTOCHROMGENFRAGMENTE
ZMCRYL
UND
ZMCRY2
AUS
ZEA
MAYS
.
111
8.4
SYMBOLE
DER
NUKLEOTIDE
UND
IHRER
KOMBINATIONEN
.
112
8.5
SYMBOLE
DER
AMINOSAEUREN
.
113
8.6
DER
GENETISCHE
STANDARDCODE
.
113
8.7
DNA-GROESSENMARKER
(1
KB-LEITER)
.
114 |
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