Holdings: Struktur-Funktionsbeziehungen bei RNA-Aptameren und Isoalloxazin-induzierte Photospaltung von RNA

Struktur-Funktionsbeziehungen bei RNA-Aptameren und Isoalloxazin-induzierte Photospaltung von RNA:

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Bibliographic Details
Main Author:	Burgstaller, Petra (Author)
Format:	Book
Language:	German
Published:	München Diss.-Verl. NG-Kopierladen 1996
Subjects:	Struktur-Aktivitäts-Beziehung Isoalloxazin Aptamer RNS Spaltungsreaktion Hochschulschrift
Online Access:	Inhaltsverzeichnis
Item Description:	Zugl.: München, Univ., Fak. für Chemie und Pharmazie, Diss., 1996
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adam_text	INHALTSVERZEICHNIS A. EINLEITUNG UND AUFGABENSTELLUNG 1 A.1 RNA-STRUKTURELEMENTE UND RNA-FUNKTION 1 A.2 METHODEN ZUR KONFONNATIONSANALYSE VON RNA-MOLEKUELEN 7 A.3 IN VITRO SELEKTION ALS METHODE ZUR ISOLIERUNG FUNKTIONELLER NUKLEINSAEUREN 9 A.3.1 AMINOSAEUREN 11 A.3.2 ANTIBIOTIKA 12 A.3.3 PHARMACOPHORE 13 A.3.4 COFAKTOREN UND NUKLEOTIDE 14 A.4 AUFGABENSTELLUNG 16 B. MATERIAL UND METHODEN 18 B.L MATERIAL 18 B.1.1 GERAETE 18 B.1.2 CHEMIKALIEN 19 B.1.3 STANDARDS UND KITS 20 B.1.4 ENZYME UND PROTEINE 21 B.1.5 SAEULENMATERIALIEN 21 B.1.6 NUKLEOTIDE UND RIBONUKLEINSAEUREN 22 B.1.7 SYNTHETISCHE OLIGONUKLEOTIDE 22 B.1.8 PLASMIDE UND BAKTERIENSTAEMME 22 B.2 METHODEN 23 B.2.1 BAKTERIENKULTUREN 23 B .2.1.1 PLATTENKULTUR 23 B.2.1.2 FLUESSIGKULTUR 24 B.2.1.3 GLYZERINKULTUR 24 B.2.2 TRANSFORMATION VON E.COLI 24 B. 2.2.1 HERSTELLUNG TRANSFORMATIONSKOMPETENTER BAKTERIEN 24 B.2.2.2 TRANSFORMATION VON E .COLI (HANAHAN, 1985) 25 B.2.2.3 BESTIMMUNG DER TRANSFORMATIONSEFFIZIENZ 25 B.2.3 ELEKTROPHORETISCHE TRENNMETHODEN 26 B. 2.3.1 NICHT-DENATURIERENDE AGAROSE-GELELEKTROPHORESE 26 B. 2.3.2 ISOLIERUNG VON DNA-FRAGMENTEN AUS AGAROSEGELEN 27 B .2.3.3 DENATURIERENDE HARNSTOFF-POLYACRYLAMIDGELELEKTROPHORESE 27 B.2.3.4 ISOLIERUNG VON NUKLEINSAEUREN AUS POLYACRYLAMIDGELEN 28 B.2.4. PRAEPARATION UND ANALYSE VON NUKLEINSAEUREN 29 B .2.4.1 PHENOL-CHLOROFORM-EXTRAKTION 29 B.2.4.2 ETHANOL-PRAEZIPITATION 29 B. 2.4.3 REINIGUNG VON NUKLEINSAEUREN DURCH GELFILTRATION 29 B .2.4.4 QUANTITATIVE DNA UND RNA-BESTIMMUNG 30 B.2.4.5 PRAEPARATION SYNTHETISCHER OLIGONUKLEOTIDE 31 B.2.5 PRAEPARATION UND ENZYMATISCHE MODIFIKATION VON DNA 31 B.2.5.1 PLASMIDISOLIERUNG MITTELS ALKALISCHER LYSE 31 B .2.5.2 RESTRIKTIONSHYDROLYSE DOPPELSTRAENGIGER DNA 32 B.2.5. 3 LIGATION VON DNA-FRAGMENTEN 32 B. 2.5.4 DNA-SEQUENZIERUNG 32 B.2.5 .5 POLYMERASE-KETTEN-REAKTION (PCR, SAIKI ET AL., 1988) 34 B.2.5.6 REVERSE TRANSKRIPTION 35 B.2.5.7 5 ' -ENDMARKIERUNG VON OLIGONUKLEOTIDEN 36 B.2.6 ENZYMATISCHE MODIFIKATION UND SYNTHESE VON RNA 36 B.2. 6.1 IN VITRO TRANSKRIPTION 36 B.2.6.2 DEPHOSPHORYLIERUNG MIT ALKALISCHER PHOSPHATASE (CIP) 37 B .2.6.3 5 ' -ENDMARKIERUNG VON RNA MIT T4 POLYNUKLEOTIDKINASE 37 B.2.6.4 3'-ENDMARKIERUNG 38 B.2.7 SAEULENCHROMATOGRAPHISCHE AUF TRENNUNG VON NUKLEINSAEUREN 39 B .2.7.1 PRAEPARATION DES SAEULENMATERIALS 39 B .2.7.1.1 B.2.7.1.2 B .2.7.2 B.2.7.3 B.2.8 B.2.8.1 B.2.8. 2 B. 2.8.3 B. 2.8.4 B. 2.8.5 B. 2.8.6 B. 2.8.7 B.2.9 C. 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DISKUSSION 110 D.L SPEZIFISCHE ERKENNUNG NIEDERMOLEKULARER VERBINDUNGEN DURCH RNA 110 D. 1.1 SPEZIFISCHE ERKENNUNG VON NIKOTINAMIDHALTIGEN COFAKTOREN DURCH RNA-APTAMERE 110 D. 1.2 SPEZIFISCHE ERKENNUNG VON FLAVINHALTIGEN COFAKTOREN DURCH RNA-APTAMERE 112 D. 1.2.1 IN VITRO SELEKTIONSEXPERIMENTE ZUR ISOLIERUNG FLAVINBINDENDER APTAMERE 112 D. 1.2.2 STRUKTURUNTERSUCHUNGEN ZUR SPEZIFISCHEN ERKENNUNG VON FLAVINHALTIGEN COFAKTOREN DURCH RNA 114 D.L.2.2.1 STRUKTURELLE CHARAKTERISIERUNG DES HAAMADELSTRUKTURMOTIVS FAD-1 114 D.L.2.2.2 STRUKTURELLE CHARAKTERISIERUNG DES INTERNEN SCHLEIFENMOTIVS FMN-2 115 D.1.3 SPEZIFISCHE ERKENNUNG VON AMINOSAEUREN DURCH RNA-APTAMERE 117 D. 1.3.1 ERKENNUNG VON CITRULLIN UND ARGININ DURCH STRUKTURELL VERWANDTE RNA APTAMERE 117 D.L.3.2 DAS PSEUDOKNOTENMOTIV AG.06 119 D. 1.4 ALLGEMEINE PRINZIPIEN DER SPEZIFISCHEN ERKENNUNG NIEDERMOLEKULARER VERBINDUNGEN DURCH RNA 120 D.2 SPEZIFISCHE, FLAVINABHAENGIGE PHOTOSPALTUNG VON RNA AN G U BASENPAAREN 122 D2. 1 UNTERSUCHUNGEN ZU MECHANISMUS UND SPEZIFITAET DER FLAVINABHAENGIGEN RNA-SPALTUNG 122 D.2.2 POTENTIELLE ANWENDUNG ZUM SPEZIFISCHEN NACHWEIS VON GU BASENPAAREN 124 D.2.3 POTENTIELLE ANWENDUNG ALS ANTIVIRALES AGENS 125 E. ZUSAMMENFASSUNG 126 F. LITERATURVERZEICHNIS 128 ANHANG 143 A. VERWENDETE OLIGONUKLEOTIDE 143 B. SEQUENZEN DER COFAKTOR-BINDENDEN RNA-APTAMERE 145 C. AUSSCHNITTE DER AUTORADIOGRAMME DER ANALYSE VON FMN-APTAMEREN DURCH 148 FLAVININDUZIERTE SPALTUNG
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