Struktur-Funktionsbeziehungen bei RNA-Aptameren und Isoalloxazin-induzierte Photospaltung von RNA:
Gespeichert in:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
München
Diss.-Verl. NG-Kopierladen
1996
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | Zugl.: München, Univ., Fak. für Chemie und Pharmazie, Diss., 1996 |
| Beschreibung: | 148 S. Ill., graph. Darst. |
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INHALTSVERZEICHNIS
A.
EINLEITUNG
UND
AUFGABENSTELLUNG
1
A.1
RNA-STRUKTURELEMENTE
UND
RNA-FUNKTION
1
A.2
METHODEN
ZUR
KONFONNATIONSANALYSE
VON
RNA-MOLEKUELEN
7
A.3
IN
VITRO
SELEKTION
ALS
METHODE
ZUR
ISOLIERUNG
FUNKTIONELLER
NUKLEINSAEUREN
9
A.3.1
AMINOSAEUREN
11
A.3.2
ANTIBIOTIKA
12
A.3.3
PHARMACOPHORE
13
A.3.4
COFAKTOREN
UND
NUKLEOTIDE
14
A.4
AUFGABENSTELLUNG
16
B.
MATERIAL
UND
METHODEN
18
B.L
MATERIAL
18
B.1.1
GERAETE
18
B.1.2
CHEMIKALIEN
19
B.1.3
STANDARDS
UND
KITS
20
B.1.4
ENZYME
UND
PROTEINE
21
B.1.5
SAEULENMATERIALIEN
21
B.1.6
NUKLEOTIDE
UND
RIBONUKLEINSAEUREN
22
B.1.7
SYNTHETISCHE
OLIGONUKLEOTIDE
22
B.1.8
PLASMIDE
UND
BAKTERIENSTAEMME
22
B.2
METHODEN
23
B.2.1
BAKTERIENKULTUREN
23
B
.2.1.1
PLATTENKULTUR
23
B.2.1.2
FLUESSIGKULTUR
24
B.2.1.3
GLYZERINKULTUR
24
B.2.2
TRANSFORMATION
VON
E.COLI
24
B.
2.2.1
HERSTELLUNG
TRANSFORMATIONSKOMPETENTER
BAKTERIEN
24
B.2.2.2
TRANSFORMATION
VON
E
.COLI
(HANAHAN,
1985)
25
B.2.2.3
BESTIMMUNG
DER
TRANSFORMATIONSEFFIZIENZ
25
B.2.3
ELEKTROPHORETISCHE
TRENNMETHODEN
26
B.
2.3.1
NICHT-DENATURIERENDE
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
26
B.
2.3.2
ISOLIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
AUS
AGAROSEGELEN
27
B
.2.3.3
DENATURIERENDE
HARNSTOFF-POLYACRYLAMIDGELELEKTROPHORESE
27
B.2.3.4
ISOLIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
AUS
POLYACRYLAMIDGELEN
28
B.2.4.
PRAEPARATION
UND
ANALYSE
VON
NUKLEINSAEUREN
29
B
.2.4.1
PHENOL-CHLOROFORM-EXTRAKTION
29
B.2.4.2
ETHANOL-PRAEZIPITATION
29
B.
2.4.3
REINIGUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
DURCH
GELFILTRATION
29
B
.2.4.4
QUANTITATIVE
DNA
UND
RNA-BESTIMMUNG
30
B.2.4.5
PRAEPARATION
SYNTHETISCHER
OLIGONUKLEOTIDE
31
B.2.5
PRAEPARATION
UND
ENZYMATISCHE
MODIFIKATION
VON
DNA
31
B.2.5.1
PLASMIDISOLIERUNG
MITTELS
ALKALISCHER
LYSE
31
B
.2.5.2
RESTRIKTIONSHYDROLYSE
DOPPELSTRAENGIGER
DNA
32
B.2.5.
3
LIGATION
VON
DNA-FRAGMENTEN
32
B.
2.5.4
DNA-SEQUENZIERUNG
32
B.2.5
.5
POLYMERASE-KETTEN-REAKTION (PCR,
SAIKI
ET
AL.,
1988)
34
B.2.5.6
REVERSE
TRANSKRIPTION
35
B.2.5.7
5
'
-ENDMARKIERUNG
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
36
B.2.6
ENZYMATISCHE
MODIFIKATION
UND
SYNTHESE
VON
RNA
36
B.2.
6.1
IN
VITRO
TRANSKRIPTION
36
B.2.6.2
DEPHOSPHORYLIERUNG MIT
ALKALISCHER
PHOSPHATASE
(CIP)
37
B
.2.6.3
5
'
-ENDMARKIERUNG
VON
RNA
MIT
T4
POLYNUKLEOTIDKINASE
37
B.2.6.4
3'-ENDMARKIERUNG
38
B.2.7
SAEULENCHROMATOGRAPHISCHE
AUF
TRENNUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
39
B
.2.7.1
PRAEPARATION
DES
SAEULENMATERIALS
39
B
.2.7.1.1
B.2.7.1.2
B
.2.7.2
B.2.7.3
B.2.8
B.2.8.1
B.2.8.
2
B.
2.8.3
B.
2.8.4
B.
2.8.5
B.
2.8.6
B.
2.8.7
B.2.9
C.
C.1
C.1.1
C.1.2
C.L.2.1
C.
1.2.2
C.1.3
C.L.3.1
C.L.3.2
C.2
C.2.1
C.2.
1.1
C.2.1.2
C.2.2
C.2.3
C.2.4
C.2.4.1
C.2.4.1.
1
C.2.4.1.2
C.2.4.1.3
C.2.4.1.4
C.2.4.2
C.3
C.3.1
C.3.2
C.3.2.1
C.3.2.2
C.3.3
IMMOBILISIERUNG
VON
NIKOTINSAEUREAMIDMONONUKLEOTID
AN
ADIPINSAEUREDIHYDRAZID-SEPHAROSE
39
IMMOBILISIERUNG
VON
AMINOSAEUREN
AN
EPOXYAKTIVIERTE
SEPHAROSE
6B
39
PRAEPARATIVE
AFFINITAETSSAEULENCHROMATOGRAPHIE
40
ANALYTISCHE
AFFINITAETSSAEULENCHROMATOGRAPHIE
41
ANALYSE
DER
KONFORMATION
VON
RNA
41
CHEMISCHE
MODIFIKATION
VON
NUKLEOTIDEN
(EHRESMANN
ET
AL,
1987;
STERN
ET
AL.,
1988)
41
MODIFIKATIONS-ZSELEKTIONSANALYSE
(YYDAMAGE
SELECTION
"
)
43
PRIMER-VERLAENGERUNG
43
LIMITIERTE
SPALTUNG
MIT
BLEI-IONEN
44
LIMITIERTE
SPALTUNG
MIT
RNASE
TI
45
PARTIELLE
ALKALISCHE
HYDROLYSE
VON
RNA
45
PARTIELLE
OXIDATIVE
SPALTUNG
VON
RNA
MITTELS
FE-EDTA
46
PHOTOINDUZIERTE
SPALTUNG
VON
RNA
DURCH
ISOALLOXAZINDERIVATE
46
ERGEBNISSE
47
IN
VITRO
SELEKTION
UND
CHARAKTERISIERUNG
VON
RNA-APTAMEREN
FUER
DIE
SPEZIFISCHE
ERKENNUNG
VON
BIOLOGISCHEN
COFAKTOREN
47
ISOLIERUNG
DER
COFAKTORBINDENDEN
RNA-APTAMERE
47
KLONIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
DER
SELEKTIERTEN
POOLS
51
IDENTIFIZIERUNG
EINES
SEKUNDAERSTRUKTURMOTIVS
BASIEREND
AUF
DEN
NAD
+
-
BINDENDEN
SEQUENZEN
52
IDENTIFIZIERUNG
VON
SEKUNDAERSTRUKTURMOTIVEN
BASIEREND
AUF
DEN
FMN
UND
FAD
BINDENDEN
SEQUENZEN
53
BESTIMMUNG
DER
AFFINITAET
UND
SPEZIFITAET
DER
FMN
UND
FAD-BINDENDEN
RNA-MOTIVE
55
KONSTRUKTION
VON
MINIMALBINDUNGSMOTIVEN
55
BESTIMMUNG
DER
DISSOZIATIONSKONSTANTEN
DER
FMN
UND
FAD
BINDENDEN
STRUKTURMOTIVE
DURCH
ANALYTISCHE
AFFINITAETSCHROMATOGRAPHIE
56
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
VON
SPEZIFISCH
AN
NIEDERMOLEKULARE
SUBSTANZEN
BINDENDEN
RNA-APTAMEREN
60
CHEMISCHE
MODIFIKATIONSANALYSE
60
ALLGEMEINES
PRINZIP
60
DARSTELLUNG
DER
EXPERIMENTELLEN
STRATEGIE
UND
DES
PRINZIPS
DER
MODIFIKATIONS-ZSELEKTIONSANALYSE
62
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
DES
FLAVINBINDENDES
APTAMERS
FMN-2
MITTELS
CHEMISCHER
MODIFIKATIONSANALYSE
65
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
DES
FLAVINBINDENDES
APTAMERS
FAD-1
MITTELS
CHEMISCHER
MODIFIKATIONSANALYSE
69
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
DER
L-CITRULLIN
UND
L-ARGININ-BINDENDEN
APTAMERE
72
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
DES
CITRULLIN
UND
DES
DARAUS
EVOLVIERTEN
ARGININ-BINDENDEN
APTAMERS
74
BESTIMMUNG
DER
SEKUNDAERSTRUKTUR
MITTELS
CHEMISCHER
MODIFIKATIONS
ANALYSE
74
CHEMISCHE
MODIFIKATIONSANALYSE
DER
APTAMER/AMINOSAEURE-KOMPLEXE
78
ANALYSE
DER
REAKTIVITAETEN
VON
GUANIN-N7-POSITIONEN
81
KARTIERUNG
DER
MINIMALBINDUNGSMOTIVE
44.CITL
1
UND
44.ARGL
1
DURCH
HYDROLYSE
MIT
BLEI-IONEN
82
CHEMISCHE
MODIFIKATIONSANALYSE
DES
HOCHAFFINEN
ARGININ-APTAMERS
AG.06
86
FLAVININDUZIERTE
SPALTUNG
VON
RNA
AN
G'U-BASENPAAREN
89
SPEZIFISCHE
SPALTUNG
DES
APTAMERS
FMN-2
DURCH
FMN
89
UNTERSUCHUNGEN
ZU
EINEM
PUTATIVEN
PHOTOOXIDATIVEN
SPALTMECHANISMUS
90
ANALYSE
DER
GEBILDETEN
SPALTPRODUTKTE
90
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
PHOTOSENSITIZERAKTIVITAET
VERSCHIEDENER
FLAVIN
DERIVATE
BEI
DER
SPALTUNG
VON
RNA
93
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
ALLGEMEINEN
ANWENDBARKEIT
DER
FLAVININDUZIERTEN
SPALTUNG
94
RNHALTSVERAACHNIS
C.3.3.1
ANALYSE
VERSCHIEDENER
FLAVINBINDENDER
APTAMERE
94
C.3.3.2
SPALTUNG
EINER
VERKUERZTEN
VERSION
DES
APTAMERS
FMN-2
MIT
DELETIERTER
FMN-BINDESTELLE
96
C.3.3.3
SPALTUNG
DER
TRNA
""
UND
TRNA
A,P
AUS
HEFE
98
C.3.4
IONEN
UND
SAUERSTOFFABHAENGIGKEIT
DER
SPALTUNG
100
C.3.4.1
FLAVININDUZIERTE
SPALTUNG
IN
ABWESENHEIT
VON
SAUERSTOFF
100
C.3.4.2
METALLIONEN-ABHAENGIGKEIT
DER
FLAVININDUZIERTEN
SPALTUNG
101
C.3.5
MODELL
EINES
TERNAEREN
RNA/FMN/MG^-KOMPLEXES
103
C.3.6
KARTIERUNG
DER
G
U-BASENPAARE IM
TD
-
INTRON
105
D.
DISKUSSION
110
D.L
SPEZIFISCHE
ERKENNUNG
NIEDERMOLEKULARER
VERBINDUNGEN
DURCH
RNA
110
D.
1.1
SPEZIFISCHE
ERKENNUNG
VON
NIKOTINAMIDHALTIGEN
COFAKTOREN
DURCH
RNA-APTAMERE
110
D.
1.2
SPEZIFISCHE
ERKENNUNG
VON
FLAVINHALTIGEN
COFAKTOREN
DURCH
RNA-APTAMERE
112
D.
1.2.1
IN
VITRO
SELEKTIONSEXPERIMENTE
ZUR
ISOLIERUNG
FLAVINBINDENDER
APTAMERE
112
D.
1.2.2
STRUKTURUNTERSUCHUNGEN
ZUR
SPEZIFISCHEN
ERKENNUNG
VON
FLAVINHALTIGEN
COFAKTOREN
DURCH
RNA
114
D.L.2.2.1
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
DES
HAAMADELSTRUKTURMOTIVS
FAD-1
114
D.L.2.2.2
STRUKTURELLE
CHARAKTERISIERUNG
DES
INTERNEN
SCHLEIFENMOTIVS
FMN-2
115
D.1.3
SPEZIFISCHE
ERKENNUNG
VON
AMINOSAEUREN
DURCH
RNA-APTAMERE
117
D.
1.3.1 ERKENNUNG
VON
CITRULLIN
UND
ARGININ
DURCH
STRUKTURELL
VERWANDTE
RNA
APTAMERE
117
D.L.3.2
DAS
PSEUDOKNOTENMOTIV
AG.06
119
D.
1.4
ALLGEMEINE
PRINZIPIEN
DER
SPEZIFISCHEN
ERKENNUNG
NIEDERMOLEKULARER
VERBINDUNGEN
DURCH
RNA
120
D.2
SPEZIFISCHE,
FLAVINABHAENGIGE
PHOTOSPALTUNG
VON
RNA
AN
G
U
BASENPAAREN
122
D2.
1
UNTERSUCHUNGEN
ZU
MECHANISMUS
UND
SPEZIFITAET
DER
FLAVINABHAENGIGEN
RNA-SPALTUNG
122
D.2.2
POTENTIELLE
ANWENDUNG
ZUM
SPEZIFISCHEN
NACHWEIS
VON
GU
BASENPAAREN
124
D.2.3
POTENTIELLE
ANWENDUNG
ALS
ANTIVIRALES
AGENS
125
E.
ZUSAMMENFASSUNG
126
F.
LITERATURVERZEICHNIS
128
ANHANG
143
A.
VERWENDETE
OLIGONUKLEOTIDE
143
B.
SEQUENZEN
DER
COFAKTOR-BINDENDEN
RNA-APTAMERE
145
C.
AUSSCHNITTE
DER
AUTORADIOGRAMME
DER
ANALYSE
VON
FMN-APTAMEREN
DURCH
148
FLAVININDUZIERTE
SPALTUNG |
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