Amplifizierbare Längenpolymorphismen in der forensischen DNA-Analyse:
Gespeichert in:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1996
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| Beschreibung: | Bonn, Univ., Diss., 1996 |
| Beschreibung: | VIII, 121 Bl. Ill., graph. Darst. |
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INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGEN
1. EINLEITUNG
1
1.1 DIE MOEGLICHKEITEN ZUR INDIVIDUAL-TYPISIERUNG AUF DNA-EBENE 1
1.1.1 RFLP-TECHNIK 3
1.1.1.1 MULTI-LOCUS-SYSTEME 3
1.1.1.2 SINGLE-LOCUS-SYSTEME * 3
1.1.2 PCR-TECHNIKEN 4
1.1.2.1 DETEKTION DER ALLELE MIT YYALLELE SPECIFIC OLIGONUCLEOTIDES
(ASO)" 4
NACH DEM YYREVERSED DOT BLOT"-VERFAHREN
1.1.2.2 MITOCHONDRIALE DNA (MTDNA) 5
1.1.2.3 MINISATELLITE VARIANT REPEATS (MVRS) 5
1.2 AMPLIFIZIERBARE LAENGENPOLYMORPHISMEN 6
1.3 ZIELSETZUNG DER ARBEIT 11
2. CHARAKTERISTIKA DER UNTERSUCHTEN SYSTEME
12
2.1 LOCUS D1S80 12
2.2 LOCUS ACTBP2(SE33) 13
2.3
LOCUS
D8S320 14
2.4 LOCUS AR (HUMARA) 14
2.5 LOCUS APO CLL 15
2.6 LOCUS CTLA4 15
2.7 LOCUS Y-27H39 16
3. MATERIAL UND METHODEN
17
3.1 UNTERSUCHUNGSMATERIAL 17
3.2
1 DNA-ISOLIERUNG 17
3.2.1 PHENOL-CHLOROFORM-EXTRAKTION 17
3.2.2 SARKOSYL-METHODE 19
3.2.3 YYSALTING OUT"-METHODE 19
3.2.4 CHELEX-EXTRAKTION 20
3.2.5 MODIFIKATIONEN DER ISOLIERUNGSPROTOKOLLE ZUR UNTERSUCHUNG VON 21
FORMALIN-FIXIERTEM GEWEBE, HAARSCHAEFTEN UND EINZELSPERMIEN
3.2.5.1 FORMALIN-FIXIERTES GEWEBE 21
3.2.5.2 HAARSCHAEFTE 22
3.2.5.3 EINZELSPERMIEN 23
3.3 REINIGUNG UND KONZENTRIERUNG DER EXTRAKTE 23
3.3.1 UMFAELLEN VON DNA-LOESUNGEN 23
3.3.2 ULTRAFILTRATION 23
3.3.3 ELEKTROPHORETISCHE REINIGUNG DER DNA 24
3.4
KONZENTRATIONS- UND QUALITAETSBESTIMMUNG DER DNA-EXTRAKTE 24
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
HTTP://D-NB.INFO/947424652
INHALTSVERZEICHNIS
3.4.1 PHOTOMETRISCHE BESTIMMUNG 24
3.4.2 AGAROSEGEL-ELEKTROPHORESE 25
3.5 PCR-PROTOKOLLE 25
3.5.1 OPTIMIERUNG DER PCR-BEDINGUNGEN 26
3.5.1
.1
TAQ-POLYMERASE-KONZENTRATION 26
3.5.1.2 PRIMER-KONZENTRATION IN DER MULTIPLEX-PCR 27
3.5.1.3 ANNEALING-TEMPERATUR 27
3.5.1.4 TEMPERATUR-ZEIT-PROFIL 27
3.5.1.5 WEITERE KOMPONENTEN DES REAKTIONSPUFFERS 28
3.5.
1
.
5.1
KONZENTRATION DER MAGNESIUM-IONEN 28
3.5.1.5.2 DENATURIERENDE REAGENZIEN 29
3.5.1.5.3 BOVINES SERUMALBUMIN 29
3.5.2 PCR-PROTOKOLLE FUER DIE EINZELLOCI 29
3.5.2.1 LOCUS D1S80 29
3.5.2.2 LOCUS D8S320 29
3.5.2.3 LOCUS AR
30
3.5.2.4 LOCUS APOCII
30
3.5.2.5 LOCUS ACTBP2 (SE33) 30
3.5.2.6 LOCUS Y-27H39
31
3.5.2.7 LOCUS CTLA4
31
3.5.3 PCR-PROTOKOLLE FUER DIE MULTIPLEX-SYSTEME
31
3.5.3.1 TRIPLEX-SYSTEM APO CII - AR - ACTBP2 32
3.5.3.2 TRIPLEX-SYSTEM AR- ACTBP2 - D8S320 32
3.5.4 MODIFIZIERUNG DER PROTOKOLLE
33
3.5.4
.1
REAMPLIFIZIERUNG
33
3.5.4.2 VERDUENNUNG DES TEMPLATES
33
3-5.5 VORAMPLIFIZIERUNG MIT ZUFALLSPRIMEM - YYPRIMER EXTENSION
PREAMPLIFICATION 33
(PEP)" - VERFAHREN NACH ZHANG ET AL. (1992)
3-6 BESTIMMUNG DER SENSITIVITAET UND DETEKTION VON MISCHSPUREN
34
3.6.1 BESTIMMUNG DER SENSITIVITAET
35
3.6.2 DETEKTION VON MISCHSPUREN
35
3 7 KONSTRUKTION, AMPLIFIZIERUNG UND KALIBRIERUNG DER ALLELISCHEN
LEITERN 35
3.7.1 KONSTRUKTION
35
3.7.2 AMPLIFIZIERUNG
35
3.7.2.1 LOCUS D1S80
35
3.7.2 2 LOCI D8S320, ACTBP2 UND AR 36
3-7.3 FRAGMENTLAENGENBESTIMMUNG VON D8S320-UND AR-PCR-PRODUKTEN - 36
KALIBRIERUNG DER ALLELISCHEN LEITERN
3.8 ELEKTROPHORESEN
37
3.8.1 AGAROSEGEL-ELEKTROPHORESEN
37
3 8.1.1 KONZENTRATIONS- UND QUALITAETSBESTIMMUNG VON DNA-EXTRAKTEN
37
INHALTSVERZEICHNIS
_||L
3.8.1.2 KONTROLLE DER PCR-PRODUKTE 38
3.8.1.3 ETHIDIUMBROMID-DETEKTION 38
3.8.2 POLYACRYLAMIDGEL-ELEKTROPHORESEN 38
3.8.2.1 OPTIMIERUNG DER POLYACRYLAMIDGEL-ELEKTROPHORESEN 40
3.8.2.2 LOCUS D1S80 40
3.8.2.3 LOCI APO CII, AR, ACTBP2, Y-27H39, CTLA4 41
3.8.2.4 LOCUS D8S320 41
3 8.2.5 TRIPLEX-SYSTEM APO CII - AR - ACTBP2 41
3.8.2 6 TRIPLEX-SYSTEM AR - ACTBP2 - D8S320 42
3.8.2.7 DETEKTION MITTELS SILBERFAERBUNG 42
3.9 STATISTISCHE UND BIOSTATISTISCHE METHODEN 42
3.9.1 HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHT 42
3.9.1.1 VERGLEICH DER BEOBACHTETEN UND ERWARTETEN GENOTYPFREQUENZEN 43
MITTELS X
2-TEST
3.9.2 BERECHNUNG DER ERWARTETEN HETEROZYGOTIERATE 43
3.9.3 PARAMETER ZUR BESCHREIBUNG DER AUSSAGEKRAFT DER SYSTEME 44
3.9.3.1 DISKRIMINATIONSKRAFT (.DISCRIMINATION POWER, DP") 44
3.9.3.2 AUSSCHLUSSWAHRSCHEINLICHKEIT (.POWER OF EXCLUSION, PE") 44
3.9.4 K 2-FELDER - X
2- TEST NACH BRANDT UND SNEDECOR 44
4. ERGEBNISSE 45
4.1 DNA-ISOLIERUNG 45
4.1.1 DNA-MENGEN UND AUSBEUTEN 45
4.1.2 METHODENVERGLEICH 46
4.1.2.1 PHENOL-CHLOROFORM-EXTRAKTION 46
4.1.2.2 SARKOSYL-METHODE 47
4.1.2.3 .SALTING OUT"-METHODE 47
4.1.2.4 CHELEX-EXTRAKTION 47
4.2 REINIGUNG UND KONZENTRIERUNG DER DNA-EXTRAKTE 48
4.3 OPTIMIERUNG DER PCR-BEDINGUNGEN 49
4.3.1 URSACHEN DER ARTEFAKTBILDUNG 49
4.3.2 VARIATION VON PCR-PARAMETEM ZUR REDUKTION VON ARTEFAKTEN 51
4.3.2.1 TAQ-POLYMERASE-KONZENTRATION 51
4.3.2.2 ANNEALING-TEMPERATUR 52
4.3.2.3 TEMPERATU R-ZEIT-PROFIL 52
4.3.3 PRIMER-KONZENTRATION IN DER MULTIPLEX-PCR 53
4.3.4 VARIATION VON WEITEREN KOMPONENTEN DES REAKTIONSPUFFERS 54
4.3.4.1 KONZENTRATION DER MAGNESIUM-IONEN 54
4.3.4.2 DENATURIERENDE REAGENZIEN 54
4.3.4.3 BOVINES SERUMALBUMIN 54
4.4 DIE EINZEL-LOD 54
4.4.1 LOCUS D1S80 54
IV
INHALTSVERZEICHNIS
4
.
4
.
1.1
ZUVERLAESSIGKEIT DER AMPLIFIZIERUNG
55
4
.
4
.
1
.2 ELEKTROPHORESE-PROTOKOLL
55
4.4.1.3 SENSITIVITAET UND DETEKTION VON MISCHSPUREN - 55
4.4.1.4 ALLELISCHE LEITER
57
4.4.1.5 ABSTAMMUNGSGUTACHTEN
57
44.1.6 KASUISTIKEN
58
4.4.1.7 POPULATIONSSTUDIE
59
4.4.1
.8
HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHT - VERGLEICH DER 61
BEOBACHTETEN UND ERWARTETEN GENOTYPFREQUENZEN
4.4.1.9 DISKRIMINATIONSKRAFT UND AUSSCHLUSSWAHRSCHEINLICHKEIT 61
4.4.2 LOCUS D8S320
62
4.4.2.1 ZUVERLAESSIGKEIT DER AMPLIFIZIERUNG 62
44.2.2 ELEKTROPHORESE-PROTOKOLL
62
4.4.2.3 SENSITIVITAET UND DETEKTION VON MISCHSPUREN 63
4.4.2.4 ALLELISCHE LEITER
64
4.4.2.5 FRAGMENTLAENGENBESTIMMUNG - KALIBRIERUNG DER ALLELISCHEN LEITER
64
44.2.6 KASUISTIKEN
65
44.2.7 POPULATIONSSTUDIE
65
44.2.8 FAMILIENSTUDIE
66
4.4.2.9 HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHT - VERGLEICH DER 67
BEOBACHTETEN UND EIWARTETEN GENOTYPFREQUENZEN
4.4.2.10 DISKRIMINATIONSKRAFT UND AUSSCHLUSSWAHRSCHEINLICHKEIT 67
4.4.3 LOCUS AR
68
4.4.3.1 ZUVERLAESSIGKEIT DER AMPLIFIZIERUNG
68
4.4.3.2 SENSITIVITAET
68
4.4.3.3 ALLELISCHE LEITER
68
4
.
4.3
4
FRAGMENTLAENGENBESTIMMUNG - KALIBRIERUNG DER ALLELISCHEN LEITER 69
4.4.3.5 KASUISTIKEN
71
4.4.3.6 POPULATIONSSTUDIE
73
44.3.7 FAMILIENSTUDIE
76
4 4.3.8 HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHT - VERGLEICH DER BEOBACHTETEN UND 78
ERWARTETEN GENOTYPFREQUENZEN (FUER WEIBLICHE INDIVIDUEN)
4.4.3.9 DISKRIMINATIONSKRAFT UND AUSSCHLUSSWAHRSCHEINLICHKEIT 78
4.4.4 LOCUS ACTBP2 (SE33)
78
4.4.4.1 ZUVERLAESSIGKEIT DER AMPLIFIZIERUNG
79
4.4.4.2 SENSITIVITAET
79
4.4.4.3 ALLELISCHE LEITERN
79
4.4.44 POPULATIONSSTUDIE
80
4.4.45 FAMILIENSTUDIE
81
4.4.4.6 HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHT - VERGLEICH DER 82
BEOBACHTETEN UND ERWARTETEN GENOTYPFREQUENZEN
INHALTSVERZEICHNIS
V
4.4.4.7 DISKRIMINATIONSKRAFT UND AUSSCHLUSSWAHRSCHEINLICHKEIT 82
4.4.5 LOCUS APO CII 82
4.4.5.1 ZUVERLAESSIGKEIT DER AMPLIFIZIERUNG 82
4.4.6 LOCUS Y-27H39 84
4.4.7 LOCUS CTLA4 84
4.5 MULTIPLEX-PCRS 85
4.5.1 ZUVERLAESSIGKEIT DER AMPLIFIZIERUNG 85
4.5.2 TRIPLEX-SYSTEM APO CII - AR - ACTBP2
86
4.5.3 TRIPLEX-SYSTEM AR - ACTBP2 - D8S320
88
4.5.4 EINSATZGEBIET DER TRIPLEX-SYSTEME 89
4.5.5 KOMBINIERTE DISKRIMINATIONSKRAFT UND AUSSCHIUSSWAHRSCHEINLICHKEIT
90
DER TRIPLEX-SYSTEME
4.6 VORAMPLIFIZIERUNG MIT ZUFALLSPRIMEM - 90
YYPRIMER EXTENSION PREAMPLIFICATION (PEP)"
4.6.1 VERDUENNUNGSREIHEN VON SPERMAPROBEN 90
4.6.2 TYPISIERUNG VON EINZELHAARSCHAEFTEN UND EINZELSPERMIEN 91
4.6.3 KASUISTIKEN 92
4.6.3.1 TYPISIERUNG VON FORMALIN-FIXIERTEM LUNGENGEWEBE 92
4.6.3.2 TYPISIERUNG VON ZIGARETTENFILTEM 94
4.6.3.3 WEITERE KASUISTIKEN 96
4.6.4 ERHOEHUNG DER SENSITIVITAET BEI DER MISCHSPURDETEKTION MIT 96
HLA-DQA
4.6.5 ERKENNTNISSE, DIE IM RAHMEN DER VERSUCHE MIT DER 97
PEP-METHODE GEWONNEN WURDEN
5. DISKUSSION
98
5.1 ALLGEMEINES 98
5.2 VERGLEICH DER VERWENDETEN PCR-SYSTEME 101
5.3 MULTIPLEX-PCRS 105
5.4 PEP-METHODIK 106
5.5 WERTUNG UND AUSBLICK 110
6. ZUSAMMENFASSUNG
111
7. LITERATUR
113 |
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