Föderierte Datenbanktechnologie für die Molekularbiologie: Konzeption, Einsatz und Nutzen
Gespeichert in:
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| Veröffentlicht: |
Sankt Augustin
Infix
1996
|
| Schriftenreihe: | Dissertationen zu Datenbanken und Informationssystemen
8 |
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| Beschreibung: | Zugl.: Zürich, Univ., Diss., 1996 |
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INHALTSVERZEICHNIS
1
PROBLEMSTELLUNG
UND
MOTIVATION
1
1.1
ZIELSETZUNG
UND
INHALT
DER
VORLIEGENDEN
ARBEIT
.
2
1.2
GLIEDERUNG
DER
ARBEIT
.
4
T
EIL
I
PROBLEMBESCHREIBUNG
WISSENSCHAFTLICHER
DATENBANKEN
2
EXISTIERENDE
ARBEITEN
IM
GEBIET
WISSENSCHAFTLICHER
DATENBANKEN
9
2.1
ALLGEMEINE
ANFORDERUNGEN
AN
DIE
VERWALTUNG
WISSENSCHAFTLICHER
DATEN
.
10
2.2
ARBEITEN
AUF
TEILASPEKTEN
VON
DATENBANKSYSTEMEN
.
12
2.3
ANWENDUNGSORIENTIERTE
ARBEITEN
.
13
2.3.1
EXPENMENTVERWALTUNGSSYSTEME
.
14
2.3.2
CHEMIE
.
15
2.3.3
MEDIZIN
.
15
2.3.4
MOLEKULARBIOLOGIE
.
16
2.3.4.1
VERWALTUNG
MOLEKULARBIOLOGISCHER
DATEN
.
17
2.3.4.2
INTEGRATION
DER
MOLEKULARBIOLOGISCHEN
ARBEITSUMGEBUNG
.
21
2.4
UEBERSICHT
UND
DISKUSSION
.
23
2.4.1
DISKUSSION
.
23
2.4.2
BEITRAG
DER
VORLIEGENDEN
ARBEIT
IM
GEBIET
WISSENSCHAFTLICHER
DATENBANKEN
.
26
3
ANALYSE
DES
ANWENDUNGSGEBIETES
29
3.1
GRUNDLAGEN
DER
MOLEKULARBIOLOGIE
.
30
3.1.1
GENETIK
.
30
3.1.2
MOLEKULARE
GRUNDLAGEN
DER
VERERBUNG
.
30
3.2
IST-ZUSTAND
.
34
3.3
ANFORDERUNGSANALYSE
.
38
3.3.1
ANFORDERUNGEN
AN
EINE
INTEGRIERTE
ARBEITSUMGEBUNG
.
38
3.3.2
ANFORDERUNGEN
AN
DIE
EINFUEHRUNG
EINES
DATENBANKSYSTEMS
.
40
3.3.3
SCHLUSSFOLGERUNGEN
.
42
VIII
INHALTSVERZEICHNIS
T
EIL
N
MOBY
DICK
-
EINE
INTEGRIERTE
ARBEITSUMGEBUNG
FUER
DIE
MOLEKU
LARBIOLOGIE
4
DIE
GESAMTARCHITEKTUR
VON
MOBY
DICK
45
4.1
ARCHITEKTURANSAETZE
AUS
DER
LITERATUR
.
46
4.1.1
ARCHITEKTUR
VON
XBIO
.
46
4.1.2
ARCHITEKTUR
VON
CCDB
.
48
4.1.3
SCHLUSSFOLGERUNGEN
.
50
4.2
UEBERSICHT
UEBER
DIE
ARCHITEKTUR
VON
MOBY
DICK
.
51
4.2.1
DIE
DATENHALTUNGSKOMPONENTE
.
53
4.2.2
IMPORTER
UND
EXPORTER
.
55
4.2.3
DIE
BENUTZERSCHNITTSTELLE
.
56
4.3
DISKUSSION
UND
ABGRENZUNG
.
56
5
DIE
DATENHALTUNGSKOMPONENTE
VON
MOBY
DICK
59
5.1
ANFORDERUNGEN
AN
FOEDERIERTE
DATENBANKSYSTEME
.
59
5.1.1
EINFUEHRUNG
IN
FOEDERIERTE
DATENBANKSYSTEME
.
60
5.1.2
ANFORDERUNGEN
DER
MOLEKULARBIOLOGIE
AN
FOEDERIERTE
DATENBANKVERWALTUNGS
SYSTEME
.
63
5.1.3
EXISTIERENDE
ARBEITEN
IM
GEBIET
FOEDERIERTER
DATENBANKSYSTEME
.
64
5.1.3.1
KONVENTIONELLE
ANSAETZE
UND
KOMMERZIELLE
SYSTEME
.
65
5.1.3.2
OBJEKTORIENTIERTE
ANSAETZE
.
66
5.1.4
SCHLUSSFOLGERUNGEN
.
68
5.2
DIE
SCHEMAARCHITEKTUR
IN
MOBY
DICK
.
69
5.3
DAS
GLOBALE
DATENMODELL
.
70
5.3.1
KONZEPTE
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
71
5.3.1.1
ZUSTAND
UND
VERHALTEN
VON
OBJEKTEN
.
72
5.3.1.2
TYPEN
.
73
5.3.1.3
EINKAPSELUNG
.
73
5.3.1.4
OBJEKTBEHAELTER
.
74
5.3.2
DIE
DATENDEFINITIONSSPRACHE
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
75
5.3.3
DIE
DATENMANIPULATIONS
UND
ANFRAGESPRACHE
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
78
5.3.3.1
ANFORDERUNGEN
AN
OBJEKTORIENTIERTE
ANFRAGESPRACHEN
.
79
5.3.3.2
MANIPULATION
VON
OBJEKTEN
IM
GLOBALEN
DATENMODELL
.
81
5.3.3.3
ANFRAGEN
AUF
DATENBANKEN
.
83
5.3.3.4
BEURTEILUNG
DER
ANFRAGESPRACHE
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
84
5.4
DISKUSSION
UND
ABGRENZUNG
.
86
IX
6
DIE
METAEBENE
VON
MOBY
DICK
89
6.1
UEBERBLICK
UEBER
DIE
METADATENVERWALTUNG
.
90
6.1.1
BEGRIFFSBILDUNG
.
91
6.1.2
EXISTIERENDE
ARBEITEN
.
92
6.1.2.1
METAEBENE
ZUR
UNTERSTUETZUNG
DER
DATENMODELLERWEITERUNG
.93
6.1.2.2
METAEBENE
ALS
NUTZEN
FUER
FOEDERIERTE
DATENBANKSYSTEME
.97
6.1.2.3
METAEBENE
ZUR
UNTERSTUETZUNG
VON
SCHEMAEVOLUTION
.97
6.1.2.4
METAEBENE
ZUR
VERWALTUNG
ANWENDUNGSSPEZIFISCHER
METADATEN
.
98
6.1.2.5
STANDARDS
.
101
6.1.3
DISKUSSION
.
102
6.2
ARCHITEKTUR
DER
METAEBENE
IN
MOBY
DICK
.
104
6.2.1
AUFBAU
DER
METAEBENE
.
104
6.2.2
ABBILDUNGSBEZIEHUNGSTYPEN
.
107
6.2.3
TRANSFORMATIONSFUNKTIONEN
.
108
6.2.4
VERFUEGBARKEIT
DER
METAEBENE
.
108
6.3
ANWENDUNG
DER
METAEBENE
BEI
DER
INTEGRATION.
109
6.3.1
INTEGRATION
EINES
DATENBANKVERWALTUNGSSYSTEMS
.
110
6.3.2
INTEGRATION
LOKALER
DATENBANKEN
.
111
6.3.3
INTEGRATION
VON
DATEIEN
.
112
6.4
DAS
METAMODELL
.
114
6.4.1
DIE
KONZEPTE
DES
METAMODELLS
.
114
6.4.2
DIE
METADATENDEFINITIONSSPRACHE
.
117
6.4.3
DIE
METADATENMANIPULATIONSSPRACHE
.
119
6.4.3.1
MANIPULATION
VON
METAOBJEKTEN
.
119
6.4.3.2
ANFRAGEN
AUF
METAEBENE
.
120
6.4.4
EXKURS
AUF
DIE
METAMETAEBENE
.
121
6.5
DEFINITION
DES
VON
MOBY
DICK
BEREITGESTELLTEN
TEILS
DER
METAEBENE
.
121
6.5.1
DAS
KOMPONENTENMETASCHEMA
UND
DAS
FOEDERIERTE
METASCHEMA
.
121
6.5.2
ABBILDUNGSBEZIEHUNGSTYPEN
ZWISCHEN
FOEDERIERTEM
UND
KOMPONENTEN*
METASCHEMA
.
126
6.5.3
METAMETHODEN
IM
FOEDERIERTEN
UND
KOMPONENTENMETASCHEMA
.
127
6.5.3.1
REALISIERUNG
DER
DATENDEFINITIONSSPRACHE
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS.
127
6.5.3.2
REALISIERUNG
DER
DATENMANIPULATIONSSPRACHE
DES
GLOBALEN
DATEN
MODELLS
.
128
6.5.3.3
REALISIERUNG
DER
METADATENDEFINITIONSSPRACHE
DES
METAMODELLS
.
132
6.5.3.4
REALISIERUNG
DER
METADATENMANIPULATIONSSPRACHE
DES
METAMODELLS.
132
6.6
ZUSAMMENFASSUNG
UND
DISKUSSION
.
133
6.6.1
UNTERSTUETZUNG
DES
MOLEKULARBIOLOGEN
.
134
6.6.2
UNTERSTUETZUNG
DES
DATENBANKINTEGRATORS
.
134
INHALTSVERZEICHNIS
6.6.3
UNTERSTUETZUNG
DER
ERWEITERBARKEIT
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
135
6.6.4
MODELLIERUNG
ANWENDUNGSSPEZIFISCHER
METADATEN
.
135
6.6.5
UNTERSTUETZUNG
BEI
DER
VERARBEITUNG
GLOBALER
ANFRAGEN
.
136
7
FALLSTUDIE
-
INTEGRATION
VON
EMBL-DATEIEN
IN
MOBY
DICK
137
7.1
FORMAT
DER
EMBL-DATEIEN
.
138
7.2
DAS
LOKALE
METASCHEMA
.
142
7.3
ABBILDUNGSBEZIEHUNGSTYPEN
ZWISCHEN
LOKALEM
UND
KOMPONENTENMETASCHEMA
.
143
7.4
DEFINITION
DER
METAMETHODEN
FUER
DIE
GENERISCHEN
OPERATIONEN
.
143
7.5
DAS
LOKALE
SCHEMA
-
INSTANZIIERUNG
DES
LOKALEN
METASCHEMAS
.
144
7.6
HOMOGENISIERUNG
.
147
7.6.1
DAS
KOMPONENTENSCHEMA
.
148
7.6.2
ABBILDUNGSBEZIEHUNGEN
ZWISCHEN
LOKALEM
UND
KOMPONENTENSCHEMA
.
148
7.7
SCHEMAINTEGRATION
.
148
7.7.1
DAS
FOEDERIERTE
SCHEMA
.
149
7.7.2
ABBILDUNGSBEZIEHUNGEN
ZWISCHEN
KOMPONENTEN
UND
FOEDERIERTEM
SCHEMA
.
149
7.8
DISKUSSION
DES
ERGEBNISSES
.
150
8
IMPLEMENTIERUNG
VON
MOBY
DICK
151
8.1
IMPLEMENTIERUNGSUMGEBUNG
.
152
8.2
IMPLEMENTIERUNG
VON
MOBY
DICK
AUF
OBJECTSTORE
.
153
8.2.1
GRAMMATIKALISCHE
ANALYSE
VON
DATENBANKOPERATIONEN
.
155
8.2.1.1
GRAMMATIKALISCHE
ANALYSE
VON
DATENDEFINITIONEN
.
155
8.2.1.2
GRAMMATIKALISCHE
ANALYSE
VON
DATENMANIPULATIONEN
.
157
8.2.1.3
GRAMMATIKALISCHE
ANALYSE
VON
ANFRAGEN
.
159
8.2.2
OPTIMIERUNG
VON
DATENBANKOPERATIONEN
.
159
8.2.3
VERARBEITUNG
VON
DATENBANKOPERATIONEN
.
162
8.3
DISKUSSION
DER
AUFGETRETENEN
PROBLEME
.
163
T
EIL
M
ZUSAMMENFASSUNG
UND
AUSBLICK
9
ZUSAMMENFASSUNG
UND
AUSBLICK
167
9.1
DISKUSSION
DER
ERGEBNISSE
.
167
9.1.1
ERGEBNISSE
IM
GEBIET
WISSENSCHAFTLICHER
DATENBANKEN
.
168
9.1.2
ERGEBNISSE
IM
GEBIET
FOEDERIERTER
DATENBANKSYSTEME
.
169
9.2
ZUKUENFTIGE
ARBEITEN
.
170
9.2.1
WEITERFUEHRENDE
ARBEITEN
BEZUEGLICH
DER
INTEGRATION
DER
MOLEKULARBIOLOGISCHEN
ARBEITSUMGEBUNG
.
171
9.2.2
WEITERFUEHRENDE
ARBEIT
IM
GEBIET
WISSENSCHAFTLICHER
DATENBANKEN
.
172
XI
10
LITERATURVERZEICHNIS
175
ANHANG
A
SYNTAX
DER
SPRACHEN
AUF
DER
METAEBENE
185
A
1
METASCHEMATA,
METADATENBANKEN
.
186
A-2
METADATENDEFINITIONSSPRACHE
(MDDL)
.
186
A-3
METADATENMANIPULATIONSSPRACHE
(MDML)
.
188
ANHANG
B
SYNTAX
DER
SPRACHEN
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
191
B-L
DATENBANKEN,
SCHEMATA
.
192
B-2
DATENDEFINITIONSSPRACHE
(DDL)
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
192
B-3
DATENMANIPULATIONSSPRACHE
(DML)
DES
GLOBALEN
DATENMODELLS
.
194
ANHANG
C
MDDL-DEFINITION
DES
BASISMETASCHEMAS
FUER
DAS
GLOBALE
DATENMODELL
.
197
ANHANG
D
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.
201
ANHANG
E
ABBILDUNGSVERZEICHNIS
.
M
.
M
.
M
.
M
.
M
.
M
.
M
.W.
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