Ursprung und Evolution der Landpflanzen: Untersuchungen zur molekularen Phylogenie der Charophyceae, Moose und Farngewächse
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
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1996
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| adam_text | URSPRUNG UND EVOLUTION DER LANDPFLANZEN: UNTERSUCHUNGEN ZUR MOLEKULAREN
PHYLOGENIE DER CHAROPHYCEAE, MOOSE UND FARNGEWAECHSE DEN
NATURWISSENSCHAFTLICHEN FAKULTAETEN DER FRIEDRICH-ALEXANDER-UNIVERSITAET
ERLANGEN-NUEMBERG ZUR ERLANGUNG DES DOKTORGRADES VORGELEGT VON HARALD
KRANZ AUS NUERNBERG INHALTSVERZEICHNIS SEITE INHALTSVERZEICHNIS 1
VERZEICHNIS DER ABBILDUNGEN 5 VERZEICHNIS DER TABELLEN 7 VERZEICHNIS DER
IM TEXT VERWENDETEN ABKUERZUNGEN 8 I. EINLEITUNG 10 II. MATERIAL UND
METHODEN 14 1. HERKUNFT UND KLASSIFIZIERUNG DES PFLANZENMATERIALS 14 1.1
ALGENSTAEMME 14 1.2 MOOSE UND FARNGEWAECHSE 14 2. KLONIERUNGSVEKTOREN 14
2.1 PUC18 14 2.2 PSPT18 . 15 3. ALGENANZUCHT 15 4. ISOLIERUNG VON
GENOMISCHER DNA 15 4.1 ZELLAUFSCHLUSS 15 4.1.1 ZELLAUFSCHLUSS BEI
GRUENALGEN 15 4.1.2 ZELLAUFSCHLUSS BEI FAMEN 16 4.2 DNA-ISOLIERUNG 16 5.
BESTIMMUNG VON DNA-KONZENTRATIONEN 17 5.1 AUFNAHME EINES DNA-SPEKTRUMS
17 5.2 BESTIMMUNG DER DNA-KONZENTRATION MIT HILFE DES PHARMACIA GENE
QUANT RNA/DNA CALCULATOR 17 5.3 BESTIMMUNG DER DNA-KONZENTRATION MIT DEM
GIBCO FASTCHECK NUCLEIC ACID QUANTIFICATION SYSTEM 18 6.
CSCL-DICHTEGRADIENTENZENTRIFUGATION 18 7. AMPLIFIZIERUNG VON DNA DURCH
POLYMERASEKETTENREAKTION 19 7.1 PCR-DURCHFUEHRUNG 21 7.2
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE 21 7.3 AUFREINIGUNG EINES PCR-ANSATZES MIT DEM
QIAQUICK PCR PURIFICATION KIT 22 8. RESTRIKTIONSENDONUKLEASESPALTUNG
VON DNA 22 9. ISOLIERUNG VON DNA-FRAGMENTEN AUS AGAROSE-GELEN 22 9.1
ISOLIERUNG NACH DER FREEZE SQUEEZE - METHODE 22 9.2 DNA-ISOLIERUNG AUS
AGAROSEGELEN MIT DEM QIAEX GEL EXTRACTION KIT 23 9.3 DNA-ISOLIERUNG
AUS AGAROSEGELEN MIT DEM QIAQUICK GEL EXTRACTION KIT 23 10. LIGIERUNG
VON DNA-FRAGMENTEN 24 11. TRANSFORMATION VON PLASMID-DNA NACH
ESCHERICHIA COLI 24 11.1 EIGENSCHAFTEN DES WIRTSBAKTERIUMS E. COLI JM
109 24 11.2 DURCHFUEHRUNG DER TRANSFORMATION 24 12. ISOLIERUNG VON
PLASMID-DNA AUS E.COLI 25 12.1 PLASMID-DNA ISOLIERUNG IM ANALYTISCHEN
MASSSTAB NACH DER MINISCREEN -METHODE 25 12.2 PLASMID-DNA ISOLIERUNG IM
ANALYTISCHEN MASSSTAB MIT DEM QIAGEN PLASMID-KIT 25 12.3 PLASMID-DNA
ISOLIERUNG IM PRAEPARATIVEN MASSSTAB 26 13. ISOLIERUNG VON
EINZELSTRAENGIGER DNA MIT DEM DYNABEADS-SYSTEM 26 14. SEQUENZIERUNG VON
DNA 27 14.1 VERWENDETE SEQUENZIERUNGSPRIMER 27 14.2 DURCHFUEHRUNG DER
SEQUENZIERUNGSREAKTION MIT DEM SEQUENASE VERSION 2.0 SEQUENCING KIT
VON USB 27 14.3 DIREKTSEQUENZIERUNG VON PCR-PRODUKTEN MIT DEM SEQUENASE
PCR PRODUCT SEQUENCING KIT VON USB 30 14.4 DOPPELSTRANGSEQUENZIERUNG 31
14.5 SEQUENZIERUNG VON DNA MIT BASENANALOGA ODER MANGANZUSATZ 31 14.6
POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE VON DNA-FRAGMENTEN - 31 14.6.1 LOESUNGEN
ZUR HERSTELLUNG DER GRADIENTENGELE 32 14.6.2 DURCHFUEHRUNG DER
GELELEKTROPHORESE 33 15. IN VITRO TRANSKRIPTION VON RNA MIT DEM
BOEHRINGER DIG RNA LABELINGKIT 34 16. SELBSTSPLEISS-EXPERIMENTE - 35
17. GELELEKTROPHORESE VON RNA UNTER DENATURIERENDEN BEDINGUNGEN 3 5 18.
NORTHERN-TRANSFER VON RNA AUS FORMALDEHYD-AGAROSE-GELEN AUF
NYLON-MEMBRAN 36 19. NACHWEIS DIGOXYGENIN-MARKIERTER RNA MIT DEM DIG
LUMINESCENT DETECTION KIT 36 19.1 LOESUNGEN ZUM NACHWEIS VON DIG-RNA 36
19.2 NICHTRADIOAKTIVER NACHWEIS VON RNA MIT CSPD 36 20. PHYLOGENETISCHE
ANALYSEN 37 21. ALIGNMENT UND MASKE 41 22. BERECHNUNGSMETHODEN FUER DIE
ERSTELLUNG EINES PHYLOGENETISCHEN STAMMBAUMES 42 22.1
DISTANZ-MATRIX-METHODEN 42 22.1.1 BERECHNUNG DER DISTANZ-MATRIX AUS DEN
SEQUENZDATEN 42 22.1.2 DIE EVOLUTIONSMODELLE 44 22.1.2.1
DASEIN-PARAMETER-MODELL 44 22.1.2.2 DAS KIMURA ZWEI-PARAMETER-MODELL 45
22.1.2.3 DAS HASEGAWA-MODELL 45 22.1.3 BERECHNUNG PHYLOGENETISCHER
STAMMBAEUME AUS DISTANZDATEN 46 22.1.3.1 DIE NEIGHBOR-JOINING METHODE 46
22.1.3.2 DIE WEIGHTEDLEAST-SQUARE -METHODE 49 22.2 METHODEN, DIE AUF DEM
VERGLEICH EINZELNER BASEN BERUHEN ( CHARACTER-BASED APPROACHES ) 50
22.2.1 DIE MAXIMUM-PARSIMONY-METHODE 50 22.2.2 DIE
MAXIMUM-LIKELIHOOD-METHODE 53 23. DER SUCHALGORITHMUS: DIE SUCHE NACH
DEM OPTIMALEN STAMMBAUM 55 24. METHODEN ZUR BEURTEILUNG DER STABILITAET
EINES STAMMBAUMES 56 24.1 DIE BOOTSTRAPANALYSE 56 24.2 DER
KISHINO-HASEGAWA TEST 57 25. DIE DURCHFUEHRUNG DER PHYLOGENETISCHEN
DATENANALYSE 58 25.1 DIE VERWENDUNG DES PROGRAMMPAKETS PHYLIP ZUR
DISTANZ-MATRIX-ANALYSE 58 25.2 DIE VERWENDUNG DES COMPUTERPROGRAMMS PAUP
ZUR MAXIMUM-PARSIMONY-ANALYSE 58 25.3 DIE VERWENDUNG DES PROGRAMMES
FASTDNAML ZUR MAXIMUM-LIKELIHOOD-ANALYSE 59 III. ERGEBNISSE 60 1.
ERGEBNIS DER LITERATURRECHERCHEN ZUM VERGLEICH DER EINZELNEN
RECHENALGORITHMEN ZUR ERSTELLUNG EINES PHYLOGENETISCHEN STAMMBAUMES 60
2. EXPERIMENTELLE BESTIMMUNG DER TRANSITIONS : TRANSVERSIONS RATE IN DER
18S RIBOSOMALEN RNA 63 3. DER URSPRUNG DER GRUENEN PFLANZEN: DIE
PHYLOGENETISCHE STELLUNG DER PRASINOPHYCEEN 64 3.1 ERGEBNIS DER 18S
RRNA-ANALYSEN DER UNTERSUCHTEN PRASINOPHYCEEN 64 3.2 ERGEBNIS DER
PLASTIDAEREN 16S RRNA-ANALYSEN VON MANTONIELLA SQUAMATA 71 4. DIE
VORLAEUFER DER LANDPFLANZEN: DIE PHYLOGENETISCHE STELLUNG DER
CHAROPHYCEEN 77 4.1 18S RRNA-ANALYSEN DER CHAROPHYCEEN 80 4.2
VERGLEICHENDE SEQUENZANALYSE DER PLASTIDAEREN 16S RRNA ZUR
PHYLOGENETISCHEN STELLUNG DER CHAROPHYCEAE 86 4.3 VORKOMMEN UND
VERBREITUNG VON GRUPPE II INTRONS IN DEN PLASTIDAEREN TRNA-GENEN FUER
ALANIN UND ISOLEUCIN 87 5. DIE PHYLOGENETISCHE STELLUNG DER FARNGEWAECHSE
ABGELEITET AUS VERGLEICHENDEN SEQUENZANALYSEN 18S RIBOSOMALER RNA 91 5.1
ERGEBNISSE DER 18S RRNA-ANALYSEN EINES 22-TAXA UMFASSENDEN DATENSATZES
101 5.2 ERGEBNISSE DER 18S RRNA-ANALYSEN EINES 6-TAXA UMFASSENDEN
DATENSATZES 104 5.3 ERGEBNISSE DES KISHINO-HASEGAWA-TESTS 104 5.4
ERGEBNISSE DER MAXIMUM-LIKELIHOOD-ANALYSE UNTER EINBEZIEHUNG WEITERER
UNVEROEFFENTLICHTER SEQUENZEN AUS DER DATENBANK 107 6. VERBREITUNG VON
GRUPPE I INTRONS IM 18S RRNA GEN BEI VERTRETERN DER GATTUNG
KLEBSORMIDIUM (CHAROPHYCEAE) 110 7. UNTERSUCHUNGEN ZUR
SELBSTSPLEISS-FAEHIGKEIT DES GRUPPE I INTRONS IM 18S RRNA GEN VON K.
FLACCIDUM SAG #335-2B 113 8. VORKOMMEN UNGEWOEHNLICHER INSERTIONEN IM 18S
RRNA-GEN VON PYCNOCOCCUS PROVASOLII (PRASINOPHYCEAE) 116 IV. DISKUSSION
118 1. ANALYSEMETHODEN ZUR ERSTELLUNG EINES PHYLOGENETISCHEN STAMMBAUMES
AUS MOLEKULAREN DATEN 118 2. DIE PHYLOGENETISCHE STELLUNG DER
PRASINOPHYCEAE * 119 3. DIE PHYLOGENETISCHE STELLUNG DER CHAROPHYCEAE
UND MOOSE 120 4. DIE PHYLOGENETISCHE STELLUNG DER FARNGEWAECHSE UND
GYMNOSPERMEN IM VERGLEICH ZWISCHEN MOLEKULAREN UND FOSSILEN DATEN 123 5.
DIE INTRONUNTERSUCHUNGEN 129 V. ZUSAMMENFASSUNG 132 VI.
LITERATURVERZEICHNIS 134
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