Molekulardynamische Simulationen zur Strukturuntersuchung von Intermediärfilamenten in a-Keratinen:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Aachen
Shaker
1995
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| Ausgabe: | Als Ms. gedr. |
| Schriftenreihe: | Berichte aus der Chemie
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| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | Zugl.: Aachen, Techn. Hochsch., Diss., 1995 |
| Beschreibung: | 154 S. graph. Darst. |
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
UND
PROBLEMSTELLUNG
15
2
THEORETISCHE
GRUNDLAGEN
DER
SIMULATIONEN
23
2.1
KRAFTFELDER
23
2.1.1
DASCVFF
24
2.1.2
DASCFF91
26
2.1.3
DER
WIRKUNGSRADIUS
(CUTOFF-RADIUS)
28
2.2
MOLEKULARDYNAMISCHE
(MD-)
SIMULATIONEN
30
2.2.1
BESCHREIBUNG
DES
ALGORITHMUS
30
2.2.2
UNTERSCHIEDLICHE
VERFAHREN
33
2.2.3
BEHANDLUNG
DER
TEMPERATUR
IN
MD-SIMULATIONEN
33
2.2.3.1
ERZEUGUNG
EINES
ANFANGSZUSTANDES
34
2.2.3.2
TEMPERATURKONTROLLE
WAEHREND
DER
MD-SIMULATION
35
2.3
RANDBEDINGUNGEN
DER
MD-SIMULATIONEN
36
2.3.1
DIE
VAKUUMRANDBEDINGUNG
36
2.3.2
PERIODISCHE
RANDBEDINGUNGEN
(PBC)
37
2.4
AEUSSERE
RESTRIKTIONEN
39
3
DURCHFUEHRUNG
DER
SIMULATIONSEXPERIMENTE
41
3.1
GRUNDSAETZLICHE
PROBLEMATIK
BEI
DER
SIMULATION
VON
PROTEINEN
41
3.2
AUSWAHL
DER
SEGMENTE
43
3.3
BESCHREIBUNG
DER
SIMULATIONSPARAMETER
44
3.3.1
ANFANGSKONFORMATION
DER
IF-SEGMENTE
45
3.3.2
BESTIMMUNG
EINES
GEEIGNETEN
CUTOFF-RADIUS
47
3.3.3
PARAMETER
DER
MD-SIMULATIONEN
48
50
4
ERGEBNISSE
UND
DISKUSSION
DER
SIMULATIONEN
IM
VAKUUM
4.1
MD-SIMULATIONEN
MIT
DEM
CVFF
50
4.1.1
IF-SEGMENTE
50
4.1.2
POLY-L-ALANIN
53
4.2
MD-SIMULATIONEN
MIT
DEM
CFF91
IM
VAKUUM
58
4.2.1
VARIATION
DER
SIMULATIONSTEMPERATUR
58
4.2.1.1
QUALITATIVE
BETRACHTUNG
DER
KONFORMATIONEN
58
4.2.1.2
BESTIMMUNG
EINER
UEBERGANGSTEMPERATUR
FUER
DEN
HELIXZERFALL
59
4.2.1.3
DER
KETTENENDENABSTAND
64
4.2.2
UEBERPRUEFUNG
DES
EINFLUSSES
DER
KETTENLAENGE
67
4.2.3
SIMULATIONEN
MIT
RAEUMLICH
FIXIERTEN
ATOMEN
68
4.2.4
UNTERSUCHUNG
WEITERER
NICHT
KRISTALLINER
IF-SEGMENTE
71
4.2.4.1
LINKER
LI
72
4.2.4.2
LINKER
L2
75
4.2.4.3
N-TERMINUS
TI
4.2.5
SIMULATIONEN
MIT
GELADENEN
SEITENKETTEN
79
4.2.6
DIE
LINKSGAENGIGE
A-HELIX
81
4.2.7
REPRODUZIERBARKEIT
DER
ERGEBNISSE
84
4.3
VERGLEICH
DER
KRAFTFELDER
ANHAND
DER
SIMULATIONSERGEBNISSE
IM
VAKUUM
89
6
ERGEBNISSE
UND
DISKUSSION
DER
SIMULATIONEN
IN
WASSER
96
5.1
MD-SIMULATIONEN
MIT
UMGEBENDEM
WASSER
96
5.2
SIMULATIONEN
MIT
PERIODISCHEN
RANDBEDINGUNGEN
99
5.2.1
UEBERPRUEFUNG
DER
SIMULATIONSGUETE
FUER
WASSER
99
5.2.1.1
DIE
RADIALE
PAAR-VERTEILUNGSFUNKTION
100
5.2.1.2
DER
SELBSTDIFFUSIONSKOEFFIZIENT
102
5.2.2
SIMULATIONEN
MIT
DEM
CVFF
104
5.2.3
SIMULATIONEN
MIT
DEM
CFF91
105
5.2.3.1
SEGMENT
1
A
IN
EINER
WASSERBOX
106
5.2.3.1
LINKERSEGMENT
LI,
2
IN
EINER
WASSERBOX
108
5.2.3.3
BEEINFLUSSUNG
DER
WASSEREIGENSCHAFTEN
DURCH
DIE
PROTEIN-WASSER
WECHSELWIRKUNGEN
110
LEBENSLAUF
6
ABSCHLIESSENDER
VERGLEICH
DER
SIMULATIONSERGEBNISSE
AUS
VAKUUM
UND
WASSERSIMULATIONEN
113
7
LITERATURVERZEICHNIS
115
8
ANHANG
ANHANG
AL:
KRAFTFELDPARAMETER
DES
CVFF
ANHANG
A2:
KRAFTFELDPARAMETER
DES
CFF91
ANHANG
B:
C-PROGRAMME
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