Studien zur Synthese von Oligonucleotid-/DNA-Sequenzen: eine dynamische Theorie der Fehlsequenzen, deren Fraktalität und Experimente bei der Herstellung und Isolierung
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1994
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| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
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INHALTSVERZEICHNIS
EINLEITUNG
1
PROBLEMSTELLUNG
5
1
GRUNDLAGEN
DER
CHEMISCHEN
UND
ENZYMATISCHEN
SYNTHESE
VON
DNA
SEQUENZEN
ZUR
KONZEPTION
EINES
MODELLS
MIT
FRAKTALITAETEN
6
1.1
CHEMISCHE
SYNTHESE
VON
OLIGONUCLEOTIDEN
.
10
1.1.1
UEBERBLICK
DER
KLASSISCHEN
SYNTHESEMETHODEN
.
11
PHOSPHODIESTER
-
METHODE
.
12
PHOSPHOTRIESTER-METHODE
.
13
PHOSPHITTRIESTER-METHODE
.
14
H-PHOSPHONAT-METHODE
.
15
1.1.2
T AEGERMATERIALIEN
.
17
1.2
ZUSAMMENSETZEN
VON
GENREGIONEN
.
19
1.2.1
KHORANA-METHODE
.
21
1.2.2
CO-POLYMERISATION
VON
OLIGONUCLEOTID-BLOECKEN
.
21
1.2.3
AUFFUELL-METHODE
.
22
1.2.4
CHEMISCHE
TOTALSYNTHESE
EINER
EINZELSTRAENGIGEN
DNA
SEQUENZ
BZW.
GENREGION
.
24
1.2.5
PCR-VERMITTELTES
ZUSAMMENSETZEN
VON
GENREGIONEN
.
24
1.2.6
OLIGOMERISIERUNG
VON
GENSPEZIFISCHEN
SEQUENZEN
.
26
1.3
PCR
ZUR
ISOLIERUNG
SYNTHETISCHER
DNA-SEQUENZEN
.
27
1.3.1
EINIGE
SPEZIELLE
APPLIKATIONSPROBLEME
.
27
1.3.2
STAND
DER
PCR-METHODENFORSCHUNG
UNTER
QUALITATIVEM
ASPEKT
.
28
VERAENDERUNG
DER
REAKTIONSBEDINGUNGEN
.
29
DNA-MATRIZE
UND
PRIMER
.
30
2
THEORIE
DER
DYNAMIK
VON
FEHLSEQUENZEN
BEI
GETRIEBENEN
MULTIZYKLISCHEN
SYNTHESEN
32
2.1
MATHEMATISCHE
MODELLBILDUNG
.
35
2.1.1
KENNZEICHEN
EINER
SYNCHRON
GETRIEBENEN
MULTIZYKLISCHEN
SYNTHESE
AN
FESTEN
STARTSTELLEN
(ANNAHMEN)
.
35
II
2.1.2
NUCLEOTID-UNABHAENGIGER
VARIATIONSGENERATOR
.
37
ZAHLEN
DER
ANORDNUNGEN
ALLER
SEQUENZEN
.
37
VERSCHIEDENE
ANORDNUNGEN
ALLER
SEQUENZEN
IN
FORM
VON
AUS
BEUTEN
(IV-DIMENSIONALES
VEKTORRAUMMODELL)
.
40
WAHRSCHEINLICHKEITSMOMENTE
FUER
DIE
ANORDNUNGEN
ALLER
SE
QUENZEN
UND
IHRE
ZAHL
.
42
INVERSES
POTENZGESETZ
FUER
EINE
SYNCHRON
GETRIEBENE
MULTIZY
KLISCHE
SYNTHESE
AN
FESTEN
STARTSTELLEN
(IPLCS)
.
43
CHARAKTERISTISCHE
LAENGEN
N
VON
ZIELSEQUENZEN
.
46
2.1.3
NUCLEOTID-ABHAENGIGER
VARIATIONSGENERATOR
.
46
2.1.4
OPERATOR
DES
MOLEKULAREN
WACHSTUMS
.
47
2.1.5
FRAKTALE
DIMENSION
.
48
2.1.6
DYNAMISCHE
SYSTEMKOMPLEXITAET
.
51
2.1.7
BESCHREIBUNG
DER
ANORDNUNGEN
VON
ZIEL
UND
FEHLSEQUENZEN
DURCH
CANTOR-MENGEN
DER
LINEAREN
DIMENSION
1
.
53
2.1.8
DISKUSSION
.
55
2.2
DARSTELLUNG
DER
THEORETISCHEN
WAHRSCHEINLICHKEITSVERTEILUNG
VON
ZIEL
UND
FEHLSEQUENZEN
BEI
DER
CHEMISCHEN
OLIGONUDEOTIDSYNTHESE
AN
FESTER
PHASE
.
58
2.2.1
KONSTANTE
BEDINGUNGEN
.
58
2.2.2
NICHT-KONSTANTE
BEDINGUNGEN
.
58
2.2.3
FRAKTALE
DIMENSION
.
60
2.3
EXPERIMENTELLE
VERIFIZIERUNG
.
64
2.3.1
HAEUFIGKEITSVERTEILUNG
BEI
DER
CHEMISCHEN
FESTPHASENSYNTHESE
KURZER
OLIGONUCLEOTIDE
.
65
2.3.1.1
CHEMISCHE
SYNTHESE
UND
NACHWEIS
.
65
2.3.1.2
SIMULATION
DER
HAEUFIGKEITSVERTEILUNG
BEI
DER
CHEMI
SCHEN
FESTPHASENSYNTHESE
KURZER
OLIGONUCLEOTIDE
.
.
65
2.3.2
SYNTHESE
EINER
DNAYY-EXPRESSIONSKASSETTE
.
69
2.3.2.1
DESIGN
UND
AUFBAU
DER
238A7
DNA-SEQUENZ
.
70
2.3.2.2
SPLINT-LIGIERUNG
UND
KLONIERUNG
ZUR
SYNTHESE
DER
238
VI
DNA-SEQUENZ
.
71
2.3.2.2.1
SPLINT-LIGIERUNG
OHNE
VORHERIGE
PCR
.
73
2.3.2.2.2
SPLINT-LIGIERUNG
MIT
VORHERIGER
PCR
.
73
2.3.2.3
CHEMISCHE
TOTALSYNTHESE
UND
VERSUCHE
ZUM
NACHWEIS
DER
238NT
DNA-SEQUENZ
.
79
2.3.2.3.2
CHEMISCHE
TOTALSYNTHESE
.
79
2.3.2.3.2
PCR-REAKTION
UND
ELEKTROPHORETISCHE
ANALYSE
DER
AMPLIFIZIERTEN
PRODUKTE
.
79
2.3.2.3.3
SEQUENZIERUNG
DER
AMPLIFIZIERTEN
PRODUKTE
.
91
2.3.2.3.4
CLUSTER
(YYAGGREGAT
"
)
ANALYSE
.
92
2.3.2.3.5
KONSENSUS-SEQUENZ
.
93
2.3.2.3.Q
KOMBINATION
VON
HPLC
UND
PCR
.
93
III
2.3.2.4
MESSUNG
DER
HAEUFIGKEITSVERTEILUNG
DER
FEHLSEQUENZEN
102
2.3.2.4.1
DENATURIERENDE
PAGE
.
102
2.3.2.4.2
HPLC
.
102
2.3.2.4.3
KAPILLARELEKTROPHORESE
.
102
2.3.2.4.4
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
.
102
2.3.2.5
SIMULATION
DER
HAEUFIGKEITSVERTEILUNG
BEI
DER
CHEMI
SCHEN
FESTPHASENSYNTHESE
UNGEWOEHNLICH
LANGER
OLI
GONUCLEOTIDE
.
104
2.3.2.6
DISKUSSION
.
106
2.3.3
SYNTHESE
EINES
GENS
FUER
EIN
DER
KOLLAGENSTRUKTUR
ENTLEHNTES
POLYPEPTID
.
110
2.3.3.1
DESIGN
UND
AUFBAU
DER
REPETITIVEN
DNA-SEQUENZ
.
.
111
2.3.3.2
MESSUNG
DER
HAEUFIGKEITSVERTEILUNG
VON
DNA
SEQUENZEN
BEI
DER
CO-POLYMERISATION
IN
LOESUNG
.
112
2.3.3.2.1
CO-POLYMERISATION
VON
OLIGONUCLEOTID-BLOECKEN
.
112
2.3.3.3
MESSUNG
DER
HAEUFIGKEITSVERTEILUNG
VON
DNA
SEQUENZEN
BEI
DER
CO-POLYMERISATION
AN
FESTER
PHASE
117
2.3.3.3.1
CO-POLYMERISATION
VON
OLIGONUCLEOTID-BLOECKEN
.
.
.
117
2.3.3.3.2
CO-POLYMERISATION
VON
EINZELNEN
OLIGONUCLEOTIDEN
.
119
2.3.3.4
KLONIERUNG,
TRANSKRIPTION
UND
EXPRESSION
.
122
2.3.3.OE
DISKUSSION
.
127
3
EXPERIMENTELLE
METHODEN
131
3.1
REAGENZIEN
UND
CHEMIKALIEN
.
131
3.2
SPLINT-LIGIERUNG
UND
KLONIERUNG
ZUR
SYNTHESE
DER
238
NT
DNA
EXPRESSIONSKASSETTE
.
132
3.2.1
SPLINT-LIGIERUNG
.
132
3.2.2
KLONIERUNG
.
133
3.3
CHEMISCHE
SYNTHESE
VON
OLIGONUCLEOTIDEN
BZW.
VON
EINZELSTRAENGI
GEN
DNA-SEQUENZEN
AN
FESTER
PHASE
.
133
3.3.1
30NT
UND
2ONT
SYNTHESEN
.
133
3.3.2
2387VT
UND
119NT
SYNTHESEN
.
133
3.3.3
SYNTHESEN
DER
VERWENDETEN
PRIMER
UND
DER
OLIGONUCLEOTIDE
ZUM
AUFBAU
REPETITIVER
DNA-SEQUENZEN
.
134
3.3.4
ABSPALTUNG
VOM
TRAEGER,
ENTSCHUETZEN
SOWIE
REINIGUNG
DER
EINZELSTRAENGIGEN
DNA-SEQUENZEN
BZW.
OLIGONUCLEOTIDE
.
.
.
134
3.4
BESTIMMUNG
DER
OLIGONUCLEOTIDKONZENTRATION
.
135
3.5
DENATURIERENDE
PAGE
DER
ROHPRODUKTE
KURZER
OLIGONUCLEOTIDE
.
.
135
3.6
ANIONEN-AUSTAUSCHER
HPLC
ANALYSE
.
135
3.6.1
ROHPRODUKTE
DER
20
NT
UND
3ONT
SYNTHESEN
.
135
3.6.2
ROHPRODUKTE
DER
238NT
SYNTHESEN
.
135
3.7
PCR-REAKTION
DER
238
NT
ROHPRODUKTE
.
136
3.8
DENATURIERENDE
PAGE
DER
238
NT
ROHPRODUKTE
.
136
IV
3.9
KAPILLARELEKTROPHORESE
DER
238NT
ROHPRODUKTE
.
136
3.10
QUANTITATIVE
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
MIT
ETHIDIUMBROMID
FLUO
RESZENZ
DETEKTION
DER
238VI
ROHPRODUKTE
.
137
3.11
SEQUENZANALYSE
DER
238
NT
ROHPRODUKTE
(SIEHE
DESIGN
238
NT
DNA)
137
3.12
CLUSTER
(YYAGGREGAT
"
)-ANALYSE
DER
2381V/
SEQUENZDATEN
.
138
3.13
PHOSPHORYLIERUNG
DURCH
KINASE
.
138
3.14
BINDUNG
VON
BIOTINYLIERTEN
EINZELSTRAEGIGEN
DNA-SEQUENZEN
BZW.
OLIGONUCLEOTIDEN
AN
DYNABEADS
M-280
STREPTAVIDIN
.
138
3.14.1
IMMOBILISIERUNG
.
138
3.14.2
TERMINAL-TRANSFERASE-REAKTION
.
138
3.15
GEN-POLYMERISATION
IN
LOESUNG
.
140
3.16
GEN-POLYMERISATION
AN
FESTER
PHASE
.
140
3.17
GROSSMENGEN-PRAEPARATION
VON
PLASMID-DNA
IM
CSCL
ETHIDIUM
BROMID
GRADIENTEN
.
141
3.18
MINI/MIDI/MAXI-PRAEPARATIONEN
VON
PLASMID
DNA
.
144
3.19
DIREKTE
KLONIERUNG
SYNTHETISCHER,
DER
KOLLAGENSTRUKTUR
ENTLEHNTER
DNA-SEQUENZEN
.
144
3.19.1
PLASMID
PACSIO
VERDAU
MIT
BAMHI
UND
PSTL
.
144
3.19.2
PLASMID-DNA
REINIGUNG
NACH
ENZYMATISCHER
MODIFIKATION
.
145
3.19.3
DNA-ISOLIERUNG
AUS
AGAROSEGELEN
.
145
3.19.4
LIGIERUNG
.
145
3.19.5
ELEKTROPORATION
.
145
3.19.6
FILTER-HYBRIDISIERUNG
.
145
3.19.7
DIREKTE
HYBRIDISIERUNG
DER
AGAROSEGELE
.
145
3.19.8
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
UNTER
AUSNUTZUNG
DES
YYBAND
SHIFT"
-PHAENOMENS
.
146
3.19.9
RESTRIKTIONSFRAGMENT-ANALYSE
.
146
3.20
TRANSKRIPTION
EINER
SYNTHETISCHEN,
DER
KOLLAGENSTRUKTUR
ENTLEHNTEN
DNA-SEQUENZ
.
146
3.21
EXPRESSION
EINER
SYNTHETISCHEN,
DER
KOLLAGENSTRUKTUR
ENTLEHNTEN
DNA-SEQUENZ
.
146
3.21.1
PROTEINBIOSYNTHESE
.
146
3.21.2
SDS-POLYACRYLAMID-GELEKTROPHORESE
MIT
SILBERFAERBUNG
.
.
.
147
ABSCHLIESSENDE
DISKUSSION
148
ZUSAMMENFASSUNG
153
LITERATURVERZEICHNIS
156
ANHANG
I.
THERMODYNAMISCHE
BERECHNUNG
DER
T
M
-WERTE
177
ANHANG
II.
SOFTWARE-PAKET
ZUR
SIMULATION
DER
CHEMISCHEN
OLIGONUCLEOTID
SYNTHESE
AN
FESTER
PHASE
179 |
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| author | Földes-Papp, Zeno |
| author_facet | Földes-Papp, Zeno |
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