Entwicklung von Möglichkeiten zum Nukleinsäurenachweis auf der Basis Zielsequenz-spezifischer Signalverstärkung:
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1994
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I
NHALTSVERZEICHNIS
V
ERZEICHNIS
DER
A
BKUERZUNGEN
V
T
EIL
I:
E
INLEITUNG
1
1.
DER
EINSATZ
DER
NUKLEINSAEURE-ANALYTIK
IN
DER
DIAGNOSTIK
1
2.
NICHTRADIOAKTIVE
MARKIERUNG
UND
NACHWEIS
VON
NUKLEINSAEUREN
1
3.
IN
VFRO-AMPIIFIKATIONSVERFAHREN
ZUM
NACHWEIS
SPEZIFISCHER
NUKLEINSAEURESEQUENZEN
3
3.1
VERMEHRUNG
DER
ZIELSEQUENZ
4
32
ZIELSEQUENZSPEZIFISCHE
SIGNALVERSTAERKUNG
8
3.3
DIE
"CYCLING
PROBE"-REAKTION
IM
VERGLEICH
MIT
ANDEREN
AMPLIFIKATIONSTECHNIKEN
10
4.
PROBLEMSTELLUNG
UND
LOESUNGSANSAETZE
13
T
EIL
N:
M
ATERIAL
UND
M
ETHODEN
14
5.
MATERIAL
14
5.1
CHEMIKALIEN
14
5.2
ENZYME
14
5.3
NUKLEOTIDE
14
6.
STANDARDMETHODEN
14
6.1
HERSTELLUNG
VON
RNASE-FREIEN
LOESUNGEN
15
6.2
ENTFERNUNG
VON
PROTEINEN
AUS
LOESUNGEN
DURCH
PHENOLEXTRAKTION
15
6.3
DEGRADATION
VON
ENZYMEN
MITTELS
PROTEINASE
K
15
6.4
FAELLUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
MIT
ETHANOL
15
6.5
BESTIMMUNG
DER
KONZENTRATION
VON
NUKLEINSAEURELOESUNGEN
16
6.6
MESSUNG
VON
BANDENINTENSITAETEN
AUF
ROENTGENFILMEN
16
6.7
ZUSAMMENSTELLUNG
DER
VERWENDETEN
GELELEKTROPHORESEMETHODEN
16
6.7.1
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
16
6.7.2
DENATURIERENDE
POLYACRYLAMID-GELE
18
6.7.3
SEQUENZGELE
18
6.8
BERECHNUNGEN
VON
SCHMELZTEMPERATUREN
UND
SEKUNDAERSTRUKTUREN
19
7.
IN
VUERO-TRANSKRIPTIONEN
19
7.1
IN
VIIRO-TRANSKRIPTIONEN
ZUR
SYNTHESE
VON
MARKIERTEN
POLYRIBONUKLEOTIDEN
19
7.2
ANALYTISCHE
OLIGONUKLEOTID-TRANSKRIPTION
20
7.3
PRAEPARATIVE
IN
V/ZRO-TRANSKRIPTIONSANSAETZE
ZUR
HERSTELLUNG
VON
RNA-OLIGONUKLEOTIDEN
21
8.
ENZYMATISCHE
VERAENDERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
22
8.1
TERMINALE
DESOXYNUKLEOTIDYL-TRANSFERASE
22
8.2
POLY(A)POLYMERASE
23
8.3
DNA-POLYMERASEN
23
8.4
DEPHOSPHORYLIERUNG
MITTELS
ALKALISCHER
PHOSPHATASE
23
8.5
RADIOAKTIVE
ENDMARKIERUNGEN
24
8.6
RNA-EINZELSTRANGSPALTUNG
25
8.7
RESTRIKTIONSENZYMSPALTUNGEN
DOPPELSTRAENGIGER
DNA
27
8.8
ENZYMATISCHE
DEGRADATION
VON
NUKLEINSAEUREMOLEKUELEN
27
I
NHALTSVERZEICHNIS
9.
SYNTHETISCHE
OLIGONUKLEOTIDE
28
9.1
ABSPALTUNG
VON
SCHUTZGRUPPEN
28
9.2
AUFREINIGUNG
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
29
10.
IMMOBILISIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
30
10.1
UEBERTRAGUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
AUS
GELEN
AUF
MEMBRANEN
30
10.2
DIREKTER
AUFTRAG
VON
NUKLEINSAEUREN
AUF
MEMBRANEN
31
10.3
IMMOBILISIERUNG
AN
BESCHICHTETEN
OBERFLAECHEN
31
11.
NICHTRADIOAKTIVE
DETEKTION
IMMOBILISIERTER
NUKLEINSAEUREN
32
11.1
DIREKTER
NACHWEIS
MEMBRANGEBUNDENER
NICHTRADIOAKTIV
MARKIERTER
NUKLEINSAEUREN
32
11.2
HYBRIDISIERUNG
MIT
NICHTRADIOAKTIV
MARKIERTEN
SONDEN
33
11.3
NACHWEIS
NICHTRADIOAKTIV
MARKIERTER
NUKLEINSAEUREN
IN
BESCHICHTETEN
MTP
34
12.
HERSTELLUNG
REKOMBINANTER
EINZELSTRANG-DNA
35
12.1
HERSTELLUNG
KOMPETENTER
ZELLEN
35
12.2
INSERTION
EINES
FRAGMENTES
IN
DEN
KLONIERUNGSVEKTOR
M13MP9
36
12.3
TRANSFORMATION
37
12.4
PROPAGIERUNG
DER
REKOMBINANTEN
PHAGEN
UND
UEBERPRUEFUNG
DER
INSERTION
37
12.5
PRAEPARATION
DER
REKOMBINANTEN
EINZELSTRAENGIGEN
DNA
38
13.
DNA-SEQUENZIERUNG
39
T
EIL
III:
E
RGEBNISSE
40
14.
DER
NACHWEIS
NICHTRADIOAKTIV
MARKIERTER
NUKLEINSAEUREMOLEKUELE
IN
MIKROTITERPLATTEN
40
14.1
DAS
PRINZIP
DER
NACHWEISMETHODE
40
14.2
SYNTHESE
UND
NACHWEIS
VON
DOPPELT-MARKIERTEN
IN
VI/RO-TRANSKRIPTEN
41
15.
DIE
"CYCLING
PROBE"-REAKTION
ALS
NACHWEISMETHODE
VON
DNA-SEQUENZEN
44
15.1
DAS
PRINZIP
DER
CPR
45
15.2
SYNTHESE
UND
MARKIERUNG
DER
RNA-SONDEMNOLEKUELE
47
15.2.1
BEURTEILUNG
DER
CHEMISCH
SYNTHETISIERTEN
UND
MARKIERTEN
RNA
SONDENMOLEKUELE
47
15.2.2
SYNTHESE
MODIFIZIERTER
RNA-OLIGONUKLEOTIDE
MITTELS
DER
IN
VITRO
TRANSKRIPTION
50
15.2.3
EINFUEHRUNG
EINER
ZWEITEN
MARKIERUNG
AUF
ENZYMATISCHEM
WEGE
AM
3'
-ENDE
IM
ANSCHLUSS
AN
DIE
SYNTHESE
51
15.2.3.1
DIE
POLY(A)POLYMERASE
52
15.2.3.2
DNA-ABHAENGIGE
DNA-POLYMERASEN
52
15.2.3.3
DIE
MARKIERUNGSREAKTION
MITTELS
TERMINALER
DESOXYNUKLEOTIDYL-TRANSFERASE
55
15.2.3.3.1
CHARAKTERISIERUNG
DER
REAKTIONSPRODUKTE
55
15.2.3.3.2
EINFLUSS
DER
SEKUNDAERSTRUKTUR
DER
RNA-MOLEKUELE
AUF
DIE
EFFIZIENZ
DER
MARKIERUNG
57
15.2.3.3.3
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
SENSITIVITAET
AUF
MEMBRANEN
UND
IN
MIKROTITERPLATTEN
60
15.2.3.3.4
MARKIERUNG
VON
POLYRIBONUKLEOTIDEN
61
15.2.4
ZUSAMMENFASSUNG
DER
ERGEBNISSE
ZUR
SYNTHESE
UND
MARKIERUNG
DER
RNA
SONDENMOLEKUELE
62
I
NHALTSVERZEICHNIS
15.3
DER
SPEZIFISCHE
NACHWEIS
VON
DNA-SEQUENZEN
DURCH
DIE
"CYCLING
PROBE"-REAKTION
63
15.3.1
UEBERPRUEFUNG
DER
REAKTIONSBEDINGUNGEN
63
15.3.2
NICHTRADIOAKTIVER
NACHWEIS
DER
CPR-PRODUKTE
IM
MIKROTITERPLATTENFORMAT
66
15.3.2.1
DIE
SENSITIVITAET
DES
NACHWEISES
VON
DNA-OLIGONUKLEOTIDEN
66
15.3.2.2
MOEGLICHKEITEN
ZUR
ERHOEHUNG
DER
SENSITIVITAET
69
15.3.2.3
DIE
SPEZIFITAET
DES
NACHWEISES
VON
DNA-OLIGONUKLEOTIDEN
70
15.3.2.4.
NACHWEIS
DOPPELSTRAENGIGER
DNA
73
16.
DER
NACHWEIS
VON
DNA-SEQUENZEN
DURCH
DIE
"CYCLING
ELONGATION"-REAKTION
74
16.1
DAS
PRINZIP
DES
NACHWEISSYSTEMS
74
16.2
CHIMAERE
RNA-DNA-OLIGONUKLEOTIDE
ALS
SONDENMOLEKUELE
75
16.3
DIE
OPTIMIERUNG
DER
AUFFULLREAKTION
79
16.4
DIE
SENSITIVITAET
DER
CER
84
16.5
DIE
VERWENDUNG
EINER
LANGEN,
ALS
MATRIZE
DIENENDEN
DNA-SEQUENZ
86
16.6
DIE
SPEZIFITAET
DER
CER
90
17.
DER
NACHWEIS
VON
DNA-SEQUENZEN
DURCH
DIE
"CYCLING
PROMOTER"-REAKTION
92
17.1
DIE
"CYCLING
PROMOTER"-REAKTION
NACH
DEM
ABBAU
EINER
TRANSKRIPTIONSBLOCKADE
92
17.1.1
DAS
PRINZIP
DES
NACHWEISSYSTEMS
92
17.1.2
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
TRANSKRIPTION
EINER
OLIGONUKLEOTID-TRANSKRIPTIONSEINHEIT
95
17.1.2.1
MINIMIERUNG
DER
UNSPEZIFISCHEN
TRANSKRIPTION
ALS
VORAUSSETZUNG
FUER
DEN
NACHWEIS
SPEZIFISCHER
PRODUKTE
96
17.1.2.2
ANALYSE
UND
NACHWEIS
DER
TRANSKRIPTE
99
17.1.3
MOEGLICHE
POSITIONEN
EINES
SCHNITTES
IN
EINEM
STRANG
DER
TRANSKRIPTIONSEINHEIT
106
17.1.4
MIMMALSEQUENZ
FUER
DIE
FUNKTIONSFAEHIGKEIT
DER
TRANSKRIPTIONSEINHEIT
107
17.1.5
EINFLUSS
VON
UEBERHAENGEN
IN
DER
TRANSKRIPTIONSEINHEIT
AUF
DIE
TRANSKRIPTION
111
17.1.6
VERWENDUNG
VON
CHIMAEREN
DNA-RNA-OLIGONUKLEOTIDEN
114
17.2
DIE
"CYCLING
PROMOTER"-REAKTION
NACH
VERVOLLSTAENDIGUNG
DES
PROMOTORS
117
17.2.1
DAS
PRINZIP
DER
REAKTION
117
17.2.2
PROMOTORKONSTRUKTIONEN
118
17.2.3
DIE
FUNKTIONSFAEHIGKEIT
DER
KONSTRUKTIONEN
121
17.2.4
DIE
SENSITIVITAET
DER
NICHTRADIOAKTIVEN
"CYCLING
PROMOTER"-REAKTION
128
T
EIL
IV:
D
ISKUSSION
130
ANSPRUECHE
DER
T7-RNA-POLYMERASE
AN
IHREN
PROMOTOR
130
AUSWIRKUNGEN
EINES
SCHNITTES
IM
PROMOTOR
AUF
DIE
TRANSKRIPTION
130
DIE
DEFINITION
DER
MINIMALSEQUENZ
132
DIE
BETEILIGUNG
EINES
RNA-UEBERHANGES
IM
PROMOTOR
AN
DER
KONFORMATIONSAENDERUNG
DER
T7-RNA-POLYMERASE
134
AMPLIFIKATIONSSYSTEME
UNTER
EINBEZIEHUNG
RNASE
H-KATALYSIERTER
REAKTIONEN
136
DIE
"CYCLING
PROMOTER"-REAKTION
136
DIE
"CYCLING
ELONGATION"-REAKTION
137
DIE
"CYCLING
PROBE"-REAKTION
138
BEREITSTELLUNG
VON
SONDENMOLEKUELEN
FUER
DIE
CPR
13
9
OPTIMIERUNGSPOTENTIAL
DER
CPR,
CER
UND
CYPER
141
ALTERNATIVE
ANSAETZE
FUER
DIE
ENTWICKLUNG
WEITERER
VARIANTEN
144
I
NHALTSVERZEICHNIS
BEURTEILUNG
DER
CPR,
DER
CER
UND
DER
CYPER
IM
VERGLEICH
MIT
DEN
ANDEREN
AMPLIFIKATIONSSYSTEMEN
146
SENSITIVITAET
UND
HINTERGRUND
KONTAMINATIONSGEFAHR
UND
ZUVERLAESSIGKEIT
DES
NACHWEISES
NACHWEIS
VON
PUNKTMUTATIONEN
EINSATZ
IN
ROUTINE-TESTS
UND
QUANTIFIZIERBARKEIT
ZUSAMMENFASSENDE
BEURTEILUNG
146
148
149
150
151
T
EIL
V:
Z
USAMMENFASSUNG
154
T
EIL
VI:
L
ITERATURVERZEICHNIS
156 |
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spelling | Rosemeyer, Viola Verfasser aut Entwicklung von Möglichkeiten zum Nukleinsäurenachweis auf der Basis Zielsequenz-spezifischer Signalverstärkung vorgelegt von Viola Rosemeyer 1994 IX, 169 S. Ill., graph. Darst. txt rdacontent n rdamedia nc rdacarrier München, Univ., Diss., 1994 Nachweis (DE-588)4115334-0 gnd rswk-swf DNS-Sequenz (DE-588)4150352-1 gnd rswk-swf Nucleinsäuren (DE-588)4172117-2 gnd rswk-swf (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content Nucleinsäuren (DE-588)4172117-2 s Nachweis (DE-588)4115334-0 s DNS-Sequenz (DE-588)4150352-1 s DE-604 DNB Datenaustausch application/pdf http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=006713652&sequence=000001&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA Inhaltsverzeichnis |
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