Untersuchungen zur Verwendung inkompletter DNA-Bindungsdaten-Matrizen in der systematischen Bakteriologie, mit besonderer Berücksichtigung des Problems der Abgrenzung der Gattung Actinobacillus Brumpt 1910:
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3
INHALTSVERZEICHNIS
VERZEICHNIS DER ABKUERZUNGEN 7
ZUSAMMENFASSUNG 8
EINLEITUNG
1. DNA-BASENSEQUENZBESTIMMUNG ALS TAXONOMISCHES KRITERIUM BEI BAKTERIEN
1.1. HISTORISCHER UEBERBLICK 9
1
.
2
.
MIKROBIOLOGISCHE METHODEN ZUR BESTIMMUNG DER BASENSEQUENZAEHNLICHKEIT
BESTIMMUNG DER DNA (INDIREKTE VERFAHREN) 10
1.2.1. DNA-AGAR-TECHNIK/NITROZELLULOSE-FILTER-TECHNIK 10
1.2.2. HYDROXYAPATIT-METHODE 10
1.2.3. S 1-NUCLEASEN-METHODE 10
1.2.4. OPTISCHE-ODER RENATURIERUNGSMETHODE 11
2. FAMILIE
PASTEURELLACEAE. POHL 1981 11
3. GENUS
ACTINOBACILLUS. BRUMPT 1910
3.1. GESCHICHTE DES GENUS ACTINOBACILLUS 13
3.2. PHAENOTYPISCHE UND KULTURELLE EIGENSCHAFTEN 15
4. ZIEL DER ARBEIT 15
MATERIAL UND METHODEN
5. BAKTERIENSTAEMME 16
5.1. AUSWAHL DER BAKTERIENSTAEMME 16
5.2. MORPHOLOGIE, KULTURVERHALTEN UND PATHOGENETISCHE BEDEUTUNG DER
UNTERSUCHTEN BAKTERIEN
5.2.1.
ACTINOBACILLUS UREAE NCTC 10219^ 17
5.2.2.
ACTINOBACILLUS EQUULI NCTC 8529T 18
5.2.3.
ACTINOBACILLUS-AEHNLICHES ISOLAT V. PFERD (TAXON 11 N. BISGAARD) 19
5.2.4.
ACTINOBACILLUS CAPSULATUS NCTC 11048^ 19
T
5.2.5.
ACTINOBACILLUS SUIS CCM 5586 20
T
5.2.6.
ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE NCTC 5869 20
5.2.7.
ACTINOBACILLUS LIENIERESII NCTC 4189^ 21
5.2.8.
ACTINOBACILLUS MURIS HIM 728-7/9 22
5.2.9.
ACTINOBACILLUS-AEHNLICH TAXON 8 NACH BISGAARD HIM 796-3 23
5.2.10.
ACTINOBACILLUS-AEHNLICH TAXON 5 NACH BISGAARD HIM 797-5 23
5.2.11.
ACTINOBACILLUS ROSSII ATCC 27027 23
5.2.12. AVIAERES HAEMOLYSIERENDES ACTINOBACILLUS-AEHNLICHES ISOLAT NCTC
11410 23
5.2.13. PASTEURELIA PNEUMOTROPICA TVP JAWETZ NCTC 8141T 24
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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4
5.2.14.
ACTINOBACILLUS HOMINIS FSK 928 25
5.2.15.
ACTINOBACILLUS HOMINIS MANNOSE-POSITIV (HIM 890-1) 25
5 2.16.
ACTINOBACILLUS-AEHNLICHES ISOLAT VON GRAEVENITZ VA 20838 (HIM 854-1) 26
5-2.17. PASTEURELLA PNEUMOTROPICA TYP HEVL ATCC 12555 26
6. KULTURMEDIEN
6.1 PROTEOSE-PEPTONMEDIUM 27
6.2. KOCHBLUTAGAR 27
6.3. BLUTAGAR 27
6.4. ENDO-AGAR 27
6.5. MACCONKEY-AGAR 28
6.6. OXIDASEREAKTION (TMPD) 28
6.7. KATALASEREAKTION 28
6.8. V/X-FAKTORBEDUERFTIGKEIT
6.8.1. V-FAKTORBEDUERFTIGKEIT 28
6.8.2. X-FAKTORBEDUERFTIGKEIT 29
7. PHAENOTYPISCHE CHARAKTERISIERUNG 29
7.1 KOHLENHYDRATVERWERTUNG 29
7.2. AMINOSAEUREVERWERTUNG 29
7.3. UREASE 29
7.4. CITRAT 30
7.5. NITRATREDUKTION 30
7.6. OF-MEDIEN 30
7.7. INDOL 30
7.8. GELATINASE 30
7.9. ALKALISCHE PHOSPHATASE 31
7.10. SS-GLUCOSIDASE (ONPG) 31
8. API-20-E SCHNELLTEST SYSTEM 31
9. SENSIBILITAET DER BAKTERIENSTAEMME AUF VERSCHIEDENE ANTIBIOTIKA IM
AGAR-DIFFUSIONS-TEST 31
10. ATMUNGSCHINONE 31
11. ANZUECHTUNG / KULTURVERFAHREN
11.1. ANZUECHTUNG DER BAKTERIEN 3 2
11.2. KULTURELLE EIGENSCHAFTEN 3 2
11.2.1. MIKROMORPHOLOGIE 32
11.2.2. KULTURMORPHOLOGIE, PIGMENTBILDUNG 33
11.3. PRODUKTION VON ZELLMASSE FUER DIE DNA-EXTRAKTION
11.3.1. VORKULTUR 33
11.3.2. MASSENKULTUR IM BATCH-VERFAHREN 33
11.3.3. REINHEITSKONTROLLE 3 4
11.3.4. ERTRAG 34
11.3.5. ERNTE 34
12
.
CHEMIKALIEN ZUR EXTRAKTION DER DNA
5
12.1. CROMBACH-PUFFER 3 5
12.2. NATRIUM-LAURYLSULFAT (SDS) 35
12.3. PRONASE P 35
12.4. RIBONUCLEASE 35
12.5. PHENOL-KRESOL-MISCHUNG 3 5
12.6. KALIUMPHOSPHAT-PUFFER 36
12.7. NATRIUMCHLORID-NATRIUMCITRAT-(SSC-) PUFFER 36
12.8. WEITERE REAGENTIEN 36
13. DNA-PRAEPARATION 36
13.1. BAKTERIENAUFSCHLUSS
13.1.1. INAKTIVIERUNG 36
13.1.2. LYSE 37
13.2. DNA-EXTRAKTION
13.2.1. REINIGUNG 3-7
13.2.2. ENZYMATISCHE RNA-ENTFEMUNG 3G
14. QUALITAET DER DNA-LOESUNGEN 39
14.1. REINHEITSKONTROLLE DER DNA-LOESUNGEN 39
14.2. KONZENTRATIONSERMITTLUNG DER DNA-LOESUNGEN 40
15. THERMISCHE DENATURIERUNG DER DNA 40
15.1 THERMISCHE DENATURIERUNG DER DNA ZUR TM-WERTBESTIMMUNG 40
15.2. THERMISCHE DENATURIERUNG DER DNA ZUR G+C-WERTBESTIMMUNG 41
16. FRAGMENTIERUNG DER DNA 41
16.1. DNA-DNA-HYBRIDISIERUNG IM VERSUCH 41
17. AUSWERTUNG DER RENATURIERUNGSKURVEN 43
18. BESTIMMUNG DER GENOMMASSEN 43
19. TAXOMETRISCHE AUSWERTUNG DER HYBRIDISIERUNGSDATEN 43
19.1. SUBSTITUTION UND MAXIMIN INTERPOLATION 44
19.2. EIGENWERTBESTIMMUNG BEI VORLIEGEN VON GEWICHTEN 45
19.3. BEZUG AUF REFERENZSTAEMME 45
19.4. AUF ANNAHME EINER ULTRAMETRIK BERUHENDE METHODEN 46
ERGEBNIS SE
20. FERMENTATIVES VERHALTEN UND RESPIRATORISCHE CHINONE
DER UNTERSUCHTEN STAEMME 47
20.1.
A. UREAE 47
20.2. A.
EQUULI 4G
20.3. A.-AEHNLICHES ISOL. V. PFERD, TAXON 11 4G
20.4. IA
CAPSULATUS 4G
20.5.
A. SUIS 4G
20.6. A^
PLEUROPNEUMONIAE 49
20.7. A.
LIENIERESII 49
6
20.8.
A. MURIS 49
20.9. A.-AEHNLICH. TAXON 8 49
20.10. A.-AEHNLICH. TAXON 5 49
20.11.
A. ROSSII 50
20.12. AV. HAEMOL. A-AEHNL. ISOL. 50
20.13. P.
PNEUMOTROPICA TVP JAWETZ 50
20.14.
A. HOMINIS FSK 928 50
20.15.
ACTINOBACILLUS HOMINIS MANNOSE-POSITIV 51
20.16. A.-AEHNLICHES ISOL VA 20838 51
20.17. P.
PNEUMOTROPICA TYP HEVL 51
20.18. ZUSAMMENFASSUNG
20.18.1 AEHNLICHKEITEN AUFGRUND DER FERMENTATIVEN EIGENSCHAFTEN 52
20.18.2. AEHNLICHKEITEN AUFGRUND DER CHINONE 52
21. MOLEKULARBIOLOGISCHE KRITERIEN
21.1. BASENZUSAMMENSETZUNG DER DNA
21.1.1. BEDEUTUNG DES G+C-GEHALTES 53
21.1.2. BEDEUTUNG DER GENOMMASSEN 54
22. HYBRIDISIERUNGSERGEBNISSE
22.1. A. UREAE 54
22.2. A.
EQUULI 55
22.3. A.-AEHNLICHES ISOL. V. PFERD, TAXON 11 55
22.4.
A. CAPSULATUS 55
22.5.
A. SUIS 55
22.6. A,.
PLEUROPNEUMONIAE 56
22.7. A.
LIGNIERESII 56
22.8.
A. MURIS 56
22.9. A.-AEHNLICH. TAXON 8 56
22.10. A.-AEHNLICH. TAXON 5 56
22.11. AJ. ROSSII 57
22.12. AVIAERES HAEMOLYTISCHES A.-AEHNLICHES ISOLAT 57
22.13. R
PNEUMOTROPICA TYP JAWETZ 57
22.14.
HOMINIS FSK 928 57
22.15.
ACTINOBACILLUS HOMINIS MANNOSE-POSITIV 5 7
22.16. IA-AEHNLICHES ISOLAT VA 20838 58
22.17. R
PNEUMOTROPICA TYP HEYL 58
22.18. VERGLEICH DER ERGEBNISSE DER KOMPLETTEN UND DER VIER
INKOMPLETTEN DATENMATRIZEN 58
22.19. IMPLEMENTIERUNG UND ERPROBUNG EINER REIHE NUMERISCH-TAXONOMISCHER
VERFAHREN 60
22.20. HAUPTKOMPONENTENANALYSE DER KOMPLETTEN DATENMATRIX 61
DISKUSSION
23. DNA-QUALITAET HINSICHTLICH DER DNA-DNA HYBRIDISIERUNG
23.1. REINHEIT 62
23.2. DNA-FRAGMENTGROESSE 62
24. DNA-DNA-HYBRIDISIERUNGSMETHODE 63
7
25. VERWENDBARKEIT DER ANGEWENDETEN NUMERISCH-TAXONOMISCHEN VERFAHREN
26. TAXOMETRISCHE ANALYSE DER MOLEKULAREN DATEN
27. KORRELATIVE BEWERTUNG PHAENOTYPISCHER MERKMALE
UND DER DNA-BINDUNGSWERTE
28. TAXONOMISCHE STRUKTUR DER ACTINOBACILLUS-GRUPPE
LITERATURVERZEICHNIS
TABELLEN
ABBILDUNGEN
63
64
64
65
68 |
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