Untersuchungen zur dreidimensionalen Struktur der ribosomalen RNAs: Anwendung von Quervernetzungsmethoden mit dem Ribosom von Escherichia coli und Analyse der dadurch betroffenen Stellen an der ribosomalen RNA
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| adam_text | UNTERSUCHUNGEN SUR DREIDIMENSIONALEN STRUKTUR DER RITOSOMALEN RNAS *
ANWENDUNG? VON QUERVERNETZIUNGFSMETNODEN MIT DEM RIBOSOM VON ESCNERICHIA
COLI UND ANALYSE DER DADURCN BETROFFENEN STELLEN AN DER RITOSOMALEN RNA
DISSERTATION ZUR ERLANGUNG DES DOKTORGRADES DER
MATHEMATHISCH-NATURWISSENSCHAFTLICHEN FACHBEREICHE DER
GEORG-AUGUST-UNIVERSITAET ZU GOETTINGEN VORGELEGT VON THOMAS DOERING AUS
FREIBURG/ELBE GOETTINGEN 1992 INHALTSVERZEICHNIS ABKUERZUNGEN I
ABBILDUNGSVERZEICHNIS HI 1 ZUSAMMENFASSUNG 1 2 EINLEITUNG 3 2.1
MOLEKULARER AUFBAU VON RIBOSOMEN 3 2.2 TOPOGRAPHISCHE UNTERSUCHUNGEN AM
RIBOSOM VON ESCHERICHIA COLI 5 2.3 WECHSELWIRKUNGEN ZWISCHEN RIBOSOMALEN
KOMPONENTEN 10 2.4 ZIELSETZUNG 18 3 MATERIAL UND METHODEN 19 3.1
MATERIAL 19 3.2 ALLGEMEINE METHODEN 19 3.2.1 RADIOAKTIVITAETSMESSUNGEN 19
3.2.2 PRAEZIPITATION VON RIBOSOMALEN UNTEREINHEITEN UND NUKLEINSAEUREN 20
3.2.3 PHENOLEXTRAKTION 20 3.2.4 AUTORADIOGRAPHIE 21 3.2.5 PRAEPARATION
VON OLIGODESOXYNUKLEOTIDEN 21 3.2.6 RADIOAKTIVE 5 -MARKIERUNG VON
OLIGODESOXYRIBONUKLEOTIDEN MIT [Y-32P]-ATP 22 3.3 SPEZIELLE METHODEN 22
3.3.1 ISOLIERUNG VON GLEICHMAESSIG PPJ-MARKIERTEN RIBOSOMALEN
UNTEREINHEITEN 22 3.3.2 ISOLIERUNG VON POLYSOMEN UND 70S RIBOSOMEN 24
3.3.3 QUERVERNETZUNGSREAKTIONEN 24 3.3.4 ISOLIERUNG QUERVERNETZTER
RIBOSOMALER RNA 25 3.3.5 UNGERICHTETE RNASE H HYDROLYSE VON RRNA MIT
EINEM DEKANUKLEOTID GEMISCH 25 3.3.6 GERICHTETE RNASE H HYDROLYSE MIT
AUSGEWAEHLTEN DEKANUKLEOTIDEN (,4IRECTED DIGEST ) 26 3.3.7 ISOLIERUNG
QUERVERNETZTER RRNA KOMPLEXE DURCH ZWEIDIMENSIONALE
POLYACRYLAMIDGELELEKTROPHORESE 26 3.3.8 ISOLIERUNG VON RRNA-FRAGMENTEN
AUS EINEM 2 D GEL 27 3.3.9 SEQUENZBESTIMMUNG VON RNA FRAGMENTEN 28
3.3.9.1 VOLLSTAENDIGE RNASE HYDROLYSE 28 3.3.9.2 TRENNUNG VON
RNA-OLIGONUKLEOTIDEN DURCH ZWEIDIMENSIONALE DUENNSCHICHTCHROMATOGRAPHIE
(,JFINGERPRINTS ) 28 3.3.9.3 SEKUNDAERANALYSE VON RNASE TI UND RNASE A
ENDPRODUKTE 29 3.3.9.4 VOLLSTAENDIGE RNA HYDROLYSE MIT RNASE T2 30 3.3.10
RNA-SEQUENZIERUNG UND PRINTER EXTENSION 30 3.3.11 SEQUENZGELE 31 4
ERGEBNISSE 32 4.1 VORBEMERKUNGEN ZUR ANALYSE VON QUERVERNETZTER
RIBOSOMALER RNA 32 4.1.1 RNA HYDROLYSE MIT RNASE H 32 4.1.2 PRINZIP DER
SEQUENZANALYSE VON RN A-FRAGMENTEN 40 4.2 ANALYSE VON
N-METHYL-FCW-(2-CHLORETHYL)-AMIN (N-LOST) INDUZIERTEN QUERVERNETZUNGEN
INNERHALB DER 23S RNA 43 4.2.1 AUSFUEHRLICHE SEQUENZANALYSE DER
VERNETZUNG N4 43 4.2.2 SEQUENZANALYSE DER VERNETZUNG NL 49 4.2.3
SEQUENZANALYSE DER VERNETZUNG N2 51 4.2.4 LOKALISIERUNG DER VERNETZUNGEN
NL, N2 UND N4 IN DER SEKUNDAERSTRUKTUR DER 23S RNA 53 4.2.5
SEQUENZANALYSE DER VERNETZUNGEN N3 UND N7 55 4.2.6 SEQUENZANALYSE DER
VERNETZUNGEN N5 UND N6 60 4.2.7 SEQUENZANALYSE DER VERNETZUNGEN N8, N9
UND N10 65 4.2.8 SEQUENZANALYSE DER VERNETZUNGEN NL 1 UND N13 70 4.2.9
SEQUENZANALYSE DER VERNETZUNGEN N14.N15 UND D 73 4.3 ANALYSE DER
VERNETZUNG N12 DURCH ,JPRIMER-EXTENSION 79 4.4 ZUSAMMENFASSUNG DER
QUERVERNETZUNGEN IN DER 23S RNA 84 4.5 ANALYSE VON UV INDUZIERTEN
VERNETZUNGEN INNERHALB DER 3 -ENDREGION DER 16S RNA 88 4.6
ZUSAMMENFASSUNG DER QUERVERNETZUNGEN IN DER 16S RNA 97 5 DISKUSSION 101
5.1 VERWENDETE QUERVERNETZUNGSMETHODEN 102 5.2 ZUSTAND DES
QUERVERNETZUNGSSUBSTRATES 104 5.3 ANALYSE DER DURCH N-LOST INDUZIERTEN
INTRA-RNA VERNETZUNGEN INNERHALB DER 23S RNA 105 5.4 ANALYSE UV-LICHT
INDUZIERTER INTRA-RNA VERNETZUNGEN INNERHALB DER 3 -ENDREGION DER 16S
RNA 114 6 LITERATURVERZEICHNIS 121 7 DANKSAGUNG 130 8 ANHANG 131 8.1
TABELLE 5: SEQUENZ DER ESCHERICHIA COLI 23S RRNA 131 8.2 TABELLE 6:
RNASE TI OLIGONUKLEOTID KATALOG DER 23S RRNA VON ESCHERICHIA COLI 135
8.3 TABELLE 7: SEQUENZ DER ESCHERICHIA COLI 16S RRNA 139 9 LEBENSLAUF
142
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