Untersuchungen zur Dynamik des Vorkommens und zur Persistenz Cephalosporin- oder Fluorchinolon-resistenter Escherichia coli-Stämme in der Mastschweineproduktion:
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Ausgabe: | 1. Auflage |
| Schriftenreihe: | Édition scientifique
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | VI, 259 Seiten Illustrationen, Diagramme 21.5 cm x 15 cm, 350 g |
| ISBN: | 9783835970946 |
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INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.V
1
EINLEITUNG
.
1
2
LITERATURUEBERSICHT
.
2
2.1
ANTIBIOTIKA
.
2
2.1.1
KLASSIFIKATION
VON
ANTIBIOTIKA
.
2
2.1.2
FLUORCHINOLONE
.
4
2.1.3
CEPHALOSPORINE
DER
DRITTEN
UND
VIERTEN
GENERATION
.
5
2.2
ANTIMIKROBIELLE
RESISTENZ
.
6
2.2.1
GRENZWERTE
ZUR
DETEKTION
ANTIMIKROBIELLER
RESISTENZ
.
7
2.2.2
ERWERB
UND
TRANSFER
VON
RESISTENZGENEN
.
7
2.2.3
ENTWICKLUNG
DER
RESISTENZPROBLEMATIK
.
11
2.3
PERSISTENZ
VON
ANTIMIKROBIELLEN
RESISTENZEN
.
14
2.3.1
PERSISTENZ
VON
RESISTENZDETERMINANTEN
AUF
ZELLULAERER
EBENE
.
14
2.3.2
PERSISTENZ
VON
ANTIMIKROBIELLEN
RESISTENZEN
IN
EINER
TIERHALTUNG
.
15
2.4
ESCHERICHIA
COLI
.
18
2.4.1
VORKOMMEN
UND
TYPISIERUNG
VON
E.
.
19
2.4.2
E.
COLI
ALS
DONOR
UND
AKZEPTORSTAMM
VON
RESISTENZDETERMINANTEN
.
20
2.4.3
E.
COLI
ALS
INDIKATORKEIM
FUER
DIE
RESISTENZSITUATION
IN
EINER
POPULATION
.
20
2.5
FLUORCHINOLON-RESISTENZ.
21
2.5.1
RESISTENZMECHANISMEN
GEGENUEBER
FLUORCHINOLONEN
.
21
2.5.2
EPIDEMIOLOGIE
UND
EINFLUSSFAKTOREN
.
23
2.6
CEPHALOSPORIN-RESISTENZ.
25
2.6.1
RESISTENZMECHANISMEN
GEGENUEBER
CEPHALOSPORINEN
.
25
2.6.2
EPIDEMIOLOGIE
UND
EINFLUSSFAKTOREN
.
26
2.7
BEDEUTUNG
UND
ZIEL
DIESER
STUDIE
.28
3
MATERIAL
UND
METHODIK
.
30
3.1
GEWINNUNG
DER
SAMMELKOTPROBEN
.
30
3.1.1
VORVERSUCH
.
30
3.1.2
HAUPTVERSUCH
.
30
3.1.3
KOKZIDIENTESTUNG
.
31
3.2
FRAGEBOGEN
.
32
3.3
KOTPROBENBEARBEITUNG
.
32
3.3.1
VORVERSUCH
.
32
3.3.2
HAUPTVERSUCH
.
33
3.3.3
SCHIMMELBILDUNG
AUF
DEN
PRIMAERPLATTEN
.
36
3.3.4
AUSPLATTIEREN
DER
RUECKSTELLPROBEN
.
37
3.4
KULTURVERARBEITUNG
UND
STAMMISOLATION
.
37
3.4.1
INKUBATION
.
37
3.4.2
ANLEGEN
VON
DAUERKULTUREN:
KRYOPRAESERVATION
.
37
3.4.3
HERSTELLUNG
VON
HITZELYSATEN
.
39
3.5
STAMMIDENTIFIZIERUNG
MITTELS
MALDI-TOF
MS
ANALYSE
.
39
3.6
.
40
3.6.1
ENDPUNKT-PCR-ANALYSEN
.
41
3.6.2
.48
3.7
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
.
49
3.7.1
GELELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
PCR-AMPLIFIKATEN
.49
3.7.2
GELELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
PLASMID-DNA
.
50
3.7.3
ANALYSE
VON
GELELEKTROPHORESEN
.
51
3.8
PHAENOTYPISCHE
RESISTENZ-TESTUNG
MITTELS
BOUILLON
MIKRODILUTIONSMETHODE
.
52
3.8.1
SUSZEPTIBILITAETSTESTUNG
MIT
MICRONAUT-S
GROSSTIER
PLATTE
.
52
3.8.2
CEFQUINOM-SUSZEPTIBILITAETSTESTUNG
.
53
3.8.3
INTERPRETATION
DER
WERTE
DER
MINIMALEN
HEMMKONZENTRATIONEN
.
55
3.9
DNA-PRAEPARATION
.
57
3.9.1
PRAEPARATION
VON
PLASMID-DNA
.
57
3.9.2
PRAEPARATION
VON
GENOMISCHER
DNA
.
57
3.10
DNA-SEQUENZIERUNG
.
58
3.10.1
SEQUENZIERUNG
VON
PCR-AMPLIFIKATEN
.
58
3.10.2
VOLLGENOMSEQUENZIERUNG
AUSGEWAEHLTER
STAEMME
.
58
4
ERGEBNISSE
.
61
4.1
AUSWAHL
UND
CHARAKTERISIERUNG
VON
BETRIEBEN
FUER
DIE
STUDIENTEILNAHME
.
61
4.2
BETRIEBSMANAGEMENT
DER
FUER
DEN
HAUPTVERSUCH
AUSGEWAEHLTEN
BETRIEBE
.
67
4.2.1
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
BL
.
67
4.2.2
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
B2
.
69
4.2.3
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
KL
.
76
4.2.4
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
K2
.
78
4.3
KOKZIDIENSTATUS
.83
4.4
SHIGATOXIN-DETEKTION
.
83
4.5
QUANTITATIVE
ANALYSE
DES
WACHSTUMS
VON
GAMMAPROTEOBAKTERIEN
AUF
SELEKTIVPLATTEN
MIT
ENROFLOXACIN,
CEFTIOFUR
ODER
CEFQUINOM
.83
4.5.1
AUSPLATTIEREN
VON
RUECKSTELLPROBEN
ZUR
UEBERPRUEFUNG
DER
REPRODUZIERBARKEIT
DER
METHODE
.
85
4.5.2
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
DER
GE4-,
GF
UND
GQ-PLATTEN
PRO
ALTERSSTUFE
UND
BETRIEB
.
86
4.5.3
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
PRO
SELEKTIVPLATTENART
ZWISCHEN
DEN
ALTERSSTUFEN
UND
BETRIEBEN
.
89
4.5.4
BETRIEBSSPEZIFISCHER
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
PRO
SELEKTIVPLATTE
ZWISCHEN
MAST
BZW.
ABSETZERDURCHGAENGEN
.
90
4.5.5
BETRIEBSSPEZIFISCHER
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
ZWISCHEN
DEN
SELEKTIVPLATTEN
PRO
MAST
BZW.
ABSETZERDURCHGANG
.
95
4.6
QUALITATIVE
ANALYSE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTEN
E
COLI-STAEMME
.
97
4.6.1
ANZAHL
ISOLIERTER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTER
E.
COLI-STAEMME
.
100
4.6.2
MLVA-PROFI
LE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTEN
E.
COLI-STAEMME
.
101
4.6.3
GRUPPIERUNG
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTEN
E.
COLI-STAEMME
BASIEREND
AUF
IHREN
MLVA-PROFILEN
.
103
4.6.4
ANTIBIOTIKARESISTENZ-PROFILE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON
RESISTENTEN
E.
COLI-STAEMME
.
109
4.6.5
GENETISCHER
HINTERGRUND
DER
RESISTENZEN
GEGENUEBER
FLUORCHINOLONEN
SOWIE
CEPHALOSPORINEN
DER
DRITTEN
UND
VIERTEN
GENERATION
.
129
4.6.6
GEL-BASIERTE
PLASMID-PROFILE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON
RESISTENTEN
E,
COLI-STAEMME
.
132
4.7
ANALYSE
DER
VOLLGENOMSEQUENZEN
.
133
4.7.1
DIVERSITAET
DER
SEQUENZIERTEN
STAEMME
.
134
4.7.2
VORKOMMEN
VON
ANTIBIOTIKARESISTENZ-VERMITTELNDEN
DETERMINANTEN
.
142
4.7.3
PLASMIDSEQUENZEN
.
149
4.7.4
PERSISTENZ
DER
CEPHALOSPORIN
UND
FLUORCHINOLON-RESISTENZ
.
154
5
DISKUSSION
.
169
5.1
DYNAMIK
DES
VORKOMMENS
DER
ENROFLOXACIN-,
CEFTIOFUR
UND
CEFQUINOM-RESISTENZPRAEVALENZ
UEBER
DEN
BEPROBUNGSZEITRAUM.
169
5.1.1
METHODISCHE
ASPEKTE
DER
QUANTITATIVEN
ERGEBNISSE
.
171
5.1.2
QUANTITATIVE
DATEN
VOR
DEM
HINTERGRUND
ANTIBIOTISCHER
INTERVENTIONEN
AUF
DEN
BETRIEBEN
.
173
5.2
DIVERSITAET
DER
CEPHALOSPORIN
BZW.
FLUORCHINOLON-RESISTENZ
KODIERENDEN
ELEMENTE
.
180
5.3
GENETISCHER
HINTERGRUND
DER
RESISTENZEN
GEGENUEBER
FLUORCHINOLONEN
SOWIE
CEPHALOSPORINEN
DER
DRITTEN
UND
VIERTEN
GENERATION
.
183
5.4
PERSISTENZ
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENZ.
185
5.4.1
KO-SELEKTION
UND
KREUZ-RESISTENZ
.
188
5.4.2 PERSISTENZ
RESISTENZDETERMINIERENDER
GENETISCHER
ELEMENTE
.
190
5.4.3
EIGENSCHAFTEN
PERSISTENTER
STAEMME
.
193
5.5
SCHLUSSFOLGERUNG
.
199
6
ZUSAMMENFASSUNG
.
201
7
SUMMARY
.203
8
LITERATURVERZEICHNIS
.
205
9
ANHANG
.229
9.1
UEBERSICHT
UEBER
VERWENDETE
VERBRAUCHSMATERIALIEN,
GERAETE,
SOFTWARE
PROGRAMME,
CHEMIKALIEN,
OLIGONUKLEOTIDE
UND
STANDARDS
.
229
9.1.1
VERWENDETE
PUFFER
UND
LOESUNGEN
.
234
9.1.2
VERWENDETE
OLIGONUKLEOTID-PRIMER
SOWIE
STANDARD
UND
MARKER
E.
COLI-STAEMME
.
236
9.2
FRAGEBOEGEN
.242
9.2.1
ABSETZERFERKEL-FRAGEBOGEN
.
242
9.2.2
LAEUFERSCHWEIN
/FIATDECK
FRAGE
BOGEN
.
246
9.2.3
MASTSCHWEIN-FRAGEBOGEN
.
249
9.3
RNA-BANDEN
IN
PLASMIDGELEN
.
252
ABBILDUNGSVERZEICHNIS.
254
TABELLENVERZEICHNIS
.
258
DANKSAGUNG
.
260 |
| adam_txt |
INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.V
1
EINLEITUNG
.
1
2
LITERATURUEBERSICHT
.
2
2.1
ANTIBIOTIKA
.
2
2.1.1
KLASSIFIKATION
VON
ANTIBIOTIKA
.
2
2.1.2
FLUORCHINOLONE
.
4
2.1.3
CEPHALOSPORINE
DER
DRITTEN
UND
VIERTEN
GENERATION
.
5
2.2
ANTIMIKROBIELLE
RESISTENZ
.
6
2.2.1
GRENZWERTE
ZUR
DETEKTION
ANTIMIKROBIELLER
RESISTENZ
.
7
2.2.2
ERWERB
UND
TRANSFER
VON
RESISTENZGENEN
.
7
2.2.3
ENTWICKLUNG
DER
RESISTENZPROBLEMATIK
.
11
2.3
PERSISTENZ
VON
ANTIMIKROBIELLEN
RESISTENZEN
.
14
2.3.1
PERSISTENZ
VON
RESISTENZDETERMINANTEN
AUF
ZELLULAERER
EBENE
.
14
2.3.2
PERSISTENZ
VON
ANTIMIKROBIELLEN
RESISTENZEN
IN
EINER
TIERHALTUNG
.
15
2.4
ESCHERICHIA
COLI
.
18
2.4.1
VORKOMMEN
UND
TYPISIERUNG
VON
E.
.
19
2.4.2
E.
COLI
ALS
DONOR
UND
AKZEPTORSTAMM
VON
RESISTENZDETERMINANTEN
.
20
2.4.3
E.
COLI
ALS
INDIKATORKEIM
FUER
DIE
RESISTENZSITUATION
IN
EINER
POPULATION
.
20
2.5
FLUORCHINOLON-RESISTENZ.
21
2.5.1
RESISTENZMECHANISMEN
GEGENUEBER
FLUORCHINOLONEN
.
21
2.5.2
EPIDEMIOLOGIE
UND
EINFLUSSFAKTOREN
.
23
2.6
CEPHALOSPORIN-RESISTENZ.
25
2.6.1
RESISTENZMECHANISMEN
GEGENUEBER
CEPHALOSPORINEN
.
25
2.6.2
EPIDEMIOLOGIE
UND
EINFLUSSFAKTOREN
.
26
2.7
BEDEUTUNG
UND
ZIEL
DIESER
STUDIE
.28
3
MATERIAL
UND
METHODIK
.
30
3.1
GEWINNUNG
DER
SAMMELKOTPROBEN
.
30
3.1.1
VORVERSUCH
.
30
3.1.2
HAUPTVERSUCH
.
30
3.1.3
KOKZIDIENTESTUNG
.
31
3.2
FRAGEBOGEN
.
32
3.3
KOTPROBENBEARBEITUNG
.
32
3.3.1
VORVERSUCH
.
32
3.3.2
HAUPTVERSUCH
.
33
3.3.3
SCHIMMELBILDUNG
AUF
DEN
PRIMAERPLATTEN
.
36
3.3.4
AUSPLATTIEREN
DER
RUECKSTELLPROBEN
.
37
3.4
KULTURVERARBEITUNG
UND
STAMMISOLATION
.
37
3.4.1
INKUBATION
.
37
3.4.2
ANLEGEN
VON
DAUERKULTUREN:
KRYOPRAESERVATION
.
37
3.4.3
HERSTELLUNG
VON
HITZELYSATEN
.
39
3.5
STAMMIDENTIFIZIERUNG
MITTELS
MALDI-TOF
MS
ANALYSE
.
39
3.6
.
40
3.6.1
ENDPUNKT-PCR-ANALYSEN
.
41
3.6.2
.48
3.7
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
.
49
3.7.1
GELELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
PCR-AMPLIFIKATEN
.49
3.7.2
GELELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
PLASMID-DNA
.
50
3.7.3
ANALYSE
VON
GELELEKTROPHORESEN
.
51
3.8
PHAENOTYPISCHE
RESISTENZ-TESTUNG
MITTELS
BOUILLON
MIKRODILUTIONSMETHODE
.
52
3.8.1
SUSZEPTIBILITAETSTESTUNG
MIT
MICRONAUT-S
GROSSTIER
PLATTE
.
52
3.8.2
CEFQUINOM-SUSZEPTIBILITAETSTESTUNG
.
53
3.8.3
INTERPRETATION
DER
WERTE
DER
MINIMALEN
HEMMKONZENTRATIONEN
.
55
3.9
DNA-PRAEPARATION
.
57
3.9.1
PRAEPARATION
VON
PLASMID-DNA
.
57
3.9.2
PRAEPARATION
VON
GENOMISCHER
DNA
.
57
3.10
DNA-SEQUENZIERUNG
.
58
3.10.1
SEQUENZIERUNG
VON
PCR-AMPLIFIKATEN
.
58
3.10.2
VOLLGENOMSEQUENZIERUNG
AUSGEWAEHLTER
STAEMME
.
58
4
ERGEBNISSE
.
61
4.1
AUSWAHL
UND
CHARAKTERISIERUNG
VON
BETRIEBEN
FUER
DIE
STUDIENTEILNAHME
.
61
4.2
BETRIEBSMANAGEMENT
DER
FUER
DEN
HAUPTVERSUCH
AUSGEWAEHLTEN
BETRIEBE
.
67
4.2.1
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
BL
.
67
4.2.2
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
B2
.
69
4.2.3
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
KL
.
76
4.2.4
BEPROBUNGSSCHEMA
BETRIEB
K2
.
78
4.3
KOKZIDIENSTATUS
.83
4.4
SHIGATOXIN-DETEKTION
.
83
4.5
QUANTITATIVE
ANALYSE
DES
WACHSTUMS
VON
GAMMAPROTEOBAKTERIEN
AUF
SELEKTIVPLATTEN
MIT
ENROFLOXACIN,
CEFTIOFUR
ODER
CEFQUINOM
.83
4.5.1
AUSPLATTIEREN
VON
RUECKSTELLPROBEN
ZUR
UEBERPRUEFUNG
DER
REPRODUZIERBARKEIT
DER
METHODE
.
85
4.5.2
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
DER
GE4-,
GF
UND
GQ-PLATTEN
PRO
ALTERSSTUFE
UND
BETRIEB
.
86
4.5.3
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
PRO
SELEKTIVPLATTENART
ZWISCHEN
DEN
ALTERSSTUFEN
UND
BETRIEBEN
.
89
4.5.4
BETRIEBSSPEZIFISCHER
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
PRO
SELEKTIVPLATTE
ZWISCHEN
MAST
BZW.
ABSETZERDURCHGAENGEN
.
90
4.5.5
BETRIEBSSPEZIFISCHER
VERGLEICH
DER
QUOTIENTENWERTE
ZWISCHEN
DEN
SELEKTIVPLATTEN
PRO
MAST
BZW.
ABSETZERDURCHGANG
.
95
4.6
QUALITATIVE
ANALYSE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTEN
E
COLI-STAEMME
.
97
4.6.1
ANZAHL
ISOLIERTER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTER
E.
COLI-STAEMME
.
100
4.6.2
MLVA-PROFI
LE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTEN
E.
COLI-STAEMME
.
101
4.6.3
GRUPPIERUNG
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENTEN
E.
COLI-STAEMME
BASIEREND
AUF
IHREN
MLVA-PROFILEN
.
103
4.6.4
ANTIBIOTIKARESISTENZ-PROFILE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON
RESISTENTEN
E.
COLI-STAEMME
.
109
4.6.5
GENETISCHER
HINTERGRUND
DER
RESISTENZEN
GEGENUEBER
FLUORCHINOLONEN
SOWIE
CEPHALOSPORINEN
DER
DRITTEN
UND
VIERTEN
GENERATION
.
129
4.6.6
GEL-BASIERTE
PLASMID-PROFILE
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON
RESISTENTEN
E,
COLI-STAEMME
.
132
4.7
ANALYSE
DER
VOLLGENOMSEQUENZEN
.
133
4.7.1
DIVERSITAET
DER
SEQUENZIERTEN
STAEMME
.
134
4.7.2
VORKOMMEN
VON
ANTIBIOTIKARESISTENZ-VERMITTELNDEN
DETERMINANTEN
.
142
4.7.3
PLASMIDSEQUENZEN
.
149
4.7.4
PERSISTENZ
DER
CEPHALOSPORIN
UND
FLUORCHINOLON-RESISTENZ
.
154
5
DISKUSSION
.
169
5.1
DYNAMIK
DES
VORKOMMENS
DER
ENROFLOXACIN-,
CEFTIOFUR
UND
CEFQUINOM-RESISTENZPRAEVALENZ
UEBER
DEN
BEPROBUNGSZEITRAUM.
169
5.1.1
METHODISCHE
ASPEKTE
DER
QUANTITATIVEN
ERGEBNISSE
.
171
5.1.2
QUANTITATIVE
DATEN
VOR
DEM
HINTERGRUND
ANTIBIOTISCHER
INTERVENTIONEN
AUF
DEN
BETRIEBEN
.
173
5.2
DIVERSITAET
DER
CEPHALOSPORIN
BZW.
FLUORCHINOLON-RESISTENZ
KODIERENDEN
ELEMENTE
.
180
5.3
GENETISCHER
HINTERGRUND
DER
RESISTENZEN
GEGENUEBER
FLUORCHINOLONEN
SOWIE
CEPHALOSPORINEN
DER
DRITTEN
UND
VIERTEN
GENERATION
.
183
5.4
PERSISTENZ
DER
CEPHALOSPORIN
/
FLUORCHINOLON-RESISTENZ.
185
5.4.1
KO-SELEKTION
UND
KREUZ-RESISTENZ
.
188
5.4.2 PERSISTENZ
RESISTENZDETERMINIERENDER
GENETISCHER
ELEMENTE
.
190
5.4.3
EIGENSCHAFTEN
PERSISTENTER
STAEMME
.
193
5.5
SCHLUSSFOLGERUNG
.
199
6
ZUSAMMENFASSUNG
.
201
7
SUMMARY
.203
8
LITERATURVERZEICHNIS
.
205
9
ANHANG
.229
9.1
UEBERSICHT
UEBER
VERWENDETE
VERBRAUCHSMATERIALIEN,
GERAETE,
SOFTWARE
PROGRAMME,
CHEMIKALIEN,
OLIGONUKLEOTIDE
UND
STANDARDS
.
229
9.1.1
VERWENDETE
PUFFER
UND
LOESUNGEN
.
234
9.1.2
VERWENDETE
OLIGONUKLEOTID-PRIMER
SOWIE
STANDARD
UND
MARKER
E.
COLI-STAEMME
.
236
9.2
FRAGEBOEGEN
.242
9.2.1
ABSETZERFERKEL-FRAGEBOGEN
.
242
9.2.2
LAEUFERSCHWEIN
/FIATDECK
FRAGE
BOGEN
.
246
9.2.3
MASTSCHWEIN-FRAGEBOGEN
.
249
9.3
RNA-BANDEN
IN
PLASMIDGELEN
.
252
ABBILDUNGSVERZEICHNIS.
254
TABELLENVERZEICHNIS
.
258
DANKSAGUNG
.
260 |
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Inhaltsverzeichnis