Ustavni okvir i Zakon o slobodi vjere i pravnom položaju crkava i vjerskih zajednica u BiH, Normativna projekcija bosanskohercegovačkog sekularizma - Begović, Nedim (Fondacija Centar za javno pravo, 2015)
S obzirom na značaj prava na slobodu vjere ili uvjerenja kao temeljnog ljudskog prava i potrebu da se osigura ravnopravnost svih građana BiH u pogledu zaštite i uživanja ovog prava, najvažniji pravni standardi koji uređuju položaj vjere u društvu uspostavljeni su na državnom nivou. Ustavni dokumenti BiH i njenih entiteta pružaju opće garancije vjerske slobode uz pozivanje na važnije međunarodne instrumente ljudskih prava ili njihovo izravno inkorporiranje. Ove opće garancije dalje su razrađene kroz Zakon o slobodi vjere i pravnom položaju crkava i vjerskih zajednica i sporazume kojima se pobliže uređuju odnosi između pojedinačnih vjerskih zajednica i države. Općenito, može se kazati da su odredbe o slobodi vjere i njenog manifestiranja usklađene sa normama međunarodnog prava, da su veoma široko postavljene i da omogućavaju i pojedincima i vjerskim kolektivitetima, tj.
crkvama i vjerskim zajednicama, da slobodno postupaju i djeluju u skladu sa vjerskim načelima uz uvjet da se time ne krše pozitivni zakonski propisi. Prema važećim pravnim standardima u BiH je sa snazi saradnički ili hibridni model uređenja odnosa između države i vjere. Suština ovog modela može se izraziti dvama načelima: (a) institucionalna i funkcionalna odvojenost države i crkava/ vjerskih zajednica i (b) saradnja države i crkava/ vjerskih zajednica na područjima od zajedničkog interesa koja se reguliše zakonima i posebnim sporazumima. Nedostatak izričitih ustavnih odredbi o odvajanju države i vjere nadomješten je Zakonom o slobodi vjere koji propisuje da niti jedna vjera u BiH ne može biti proglašena državnom, niti jedna crkva ili vjerska zajednica ne može uživati povlašten status u odnosu na druge te da su crkve i vjerske zajednice neovisne i samostalne u svom organiziranju i djelovanju.
Također, praksa Ustavnog suda BiH potvrdila je da je odvajanje vjere, s jedne strane, i države i njenog pravnog sistema, s druge strane, suštinsko obilježje njihovog odnosa te osporila preferencijalistički tretman kojeg je Ustav RS, prije amandmanskih izmjena, pružao Srpskoj pravoslavnoj crkvi. Premda su država i crkve odnosno vjerske zajednice suštinski odvojene, to ne isključuje mogućnost njihove saradnje na određenim poljima od zajedničkog interesa, kao što su odgoj i obrazovanje, kultura, socijalna zaštita, zdravstvo i dr. Takva saradnja pobliže se uređuje posebnim sporazumima, zakonima ili podzakonskim pravnim aktima. Dvije crkve, Katolička i Srpska pravoslavna, već su zaključile sporazume o saradnji sa državom, dok je Islamska zajednica na putu prema ostvarenju istog cilja.
Da bi ispoštovala zakonske odredbe koje zabranjuju dodjeljivanje privilegovanog tretmana određenim crkvama ili vjerskim zajednicama, država je dužna u budućnosti omogućiti svim zainteresiranim vjerskim zajednicama da pristupe ugovornom reguliranju vlastitog položaja te vjerskih prava i sloboda svojih pripadnika