Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender: Datenmassen richtig fassen
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Weinheim
Wiley
2016
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| adam_text | Titel: Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender
Autor: Wünschiers, Röbbe
Jahr: 2016
Inhaltsverzeichnis
Vorwort von Michael Bölker
Vorwort von Diethard Tautz
Vorwort des Autors
1 Einleitung
1.1 Was Sie über Bioinformatik wissen - sollten
1.2 Meine Leser 27
1.3 Notwendiges Vorwissen 28
1.4 Ziel des Buches 2.9
1.5 RLADMl 21
I.B Was bedeutet was 3.5
1 Vorbereiten
2 Lebenswissenschaften und Daten
2.1 Sequenzdaten 28
2.2 Strukturdaten 12
2.3 Andere Daten 22
3 Daten und Linux
.3.1 Wer oder was ist Linux? 12
3.2 Installation einer virtuellen Maschine 1-1
3.3 Die Bash-Kommandozeile ,50
3.1 Heimarbeit = Lernverbindung 57
3.5 Textdateien editieren 00
3.0 Textdateien an/eigen und analysieren 0.5
3.7 Reguläre Ausdrücke 08
3.8 Datenströme mit Sed bearbeiten 70
.3.9 Spielen mit Daten 72
3.10 Software Pakete verwalten 72
3.11 Übersicht der Bush-Befehle 71
Inhaltsverzeichnis
4 Programmierung
4.1 Was wollen wir erreichen ! 77
4.2 Schnellstart mit AWK 77
4.3 Wie geht es weiter? 92
II Arbeiten
5 Forensische Mikrobiologie - Was ist so schlimm an
EHEC?
5.1 Hintergrund .9.5
5.2 Vorbereitung: Werk/enge und Otiten 9(
5.3 Vorgehen .97
6 RNASeq und Biogas - Identifikation
Biogas-produzierender Bakterien
6.1 Hintergrund 103
6.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daum 104
6.3 Vorgehen 108
7 Vom Gen zum Methan - Expressionsdaten auf
Stoffwechselkarten projizieren
7.1 Hintergrund 117
7.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 118
7.3 Vorgehen //:9
8 Bio(t)error - Gefährliche Mutationen des
H1N1-Schweinegrippevirus
8.1 Hintergrund 127
8.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten 129
8.3 Vorgehen 136
9 Ebola - Detektion von Variation durch
Resequenzierung
9.1 Hintergrund 145
9.2 Vorbereitung: Werkzeuge und Daten I I
9.3 Vorgehen 154
Inhaltsverzeichnis 11
III Veröffentlichen
10 Daten in die Datenbank
10.1 Warum nicht Excel? 165
10.2 MySQL und MariaDB 166
165
11 Daten beschreiben darstellen mit R
187
11.1 Installation von R und RStudio 187
11.2 Erste Rechenübungen 189
11.3 Mit Graphiken interagieren 194
11.4 Graphiken in eine Datei schreiben 195
11.5 Daten aus und in Dateien laden 196
11.6 Daten aus MySQL importieren 199
11.7 Übersicht über die Daten gewinnen 201
11.8 Zeitreihen in Heatmaps 205
11.9 Statistik 209
11.10 R in der Bash 213
11.11 Regression 213
11.12 Pakete installieren 217
11.13 Zusammenfassung der R-Befehle 218
12 Es allen zeigen 221
12.1 Texte mit LATpX erstellen 221
12.2 Webseiten mit dynamischen Daten erstellen 225
IV Antworten und Literatur
13 Antworten 243
Literaturverzeichnis 247
Index
251
Whitespace
255
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