Wiley-Schnellkurs Bioinformatik für Anwender: Datenmassen richtig fassen
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Weinheim
Wiley
2016
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| Series: | Wiley Schnellkurs
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| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
VORWORT VON MICHAEL BOELKER
13
VORWORT VON DIETHARD TAUTZ
15
VORWORT DES AUTORS
17
1 EINLEITUNG
19
1.1 WAS SIE UEBER BIOINFORMATIK WISSEN - SOLLTEN
19
1.2 MEINE LESER 27
1.3 NOTWENDIGES VORWISSEN
28
1.4 ZIEL DES BUCHES
29
1.5 README
34
1.6 WAS BEDEUTET WAS 35
1 VORBEREITEN
2 LEBENSWISSENSCHAFTEN UND DATEN 37
2.1 SEQUENZDATEN
38
2.2 STRUKTURDATEN
42
2.3 ANDERE DATEN
42
3 DATEN UND LINUX 43
3.1 WER ODER WAS IST LINUX?
43
3.2 INSTALLATION EINER VIRTUELLEN MASCHINE
44
3.3 DIE BASH-KOMMANDOZEILE
50
3.4 HEIMARBEIT - FERNVERBINDUNG 57
3.5 TEXTDATEIEN EDITIEREN
60
3.6 TEXTDATEIEN ANZEIGEN UND ANALYSIEREN
65
3.7 REGULAERE AUSDRUECKE 66
3.8 DATENSTROEME MIT SED BEARBEITEN
70
3.9 SPIELEN MIT DATEN 72
3.10 SOFTWARE/PAKETE VERWALTEN 72
3.11 UEBERSICHT DER BASH-BEFEHLE
74
4 PROGRAMMIERUNG 77
4.1 WAS WOLLEN WIR ERREICHEN? 77
4.2 SCHNELLSTART MIT AWK 77
4.3 WIE GEHT ES WEITER?
92
II ARBEITEN
5 FORENSISCHE MIKROBIOLOGIE - WAS IST SO SCHLIMM AN
EHEC? 95
5.1 HINTERGRUND
95
5.2 VORBEREITUNG: WERKZEUGE UND DATEN
96
5.3 VORGEHEN
97
6 RNASEQ UND BIOGAS - IDENTIFIKATION
BIOGAS-PRODUZIERENDER BAKTERIEN 103
6.1 HINTERGRUND
103
6.2 VORBEREITUNG: WERKZEUGE UND DATEN
104
6.3 VORGEHEN
108
7 VOM GEN ZUM METHAN - EXPRESSIONSDATEN AUF
STOFFWECHSELKARTEN PROJIZIEREN 117
7.1 HINTERGRUND
117
7.2 VORBEREITUNG: WERKZEUGE UND DATEN
118
7.3 VORGEHEN
119
8 BIO(T)ERROR - GEFAEHRLICHE MUTATIONEN DES
H1N1-SCHWEINEGRIPPEVIRUS 127
8.1 HINTERGRUND
127
8.2 VORBEREITUNG: WERKZEUGE UND DATEN
129
8.3 VORGEHEN
136
9 EBOLA - DETEKTION VON VARIATION DURCH
RESEQUENZIERUNG 145
9.1 HINTERGRUND
145
9.2 VORBEREITUNG: WERKZEUGE UND DATEN
147
9.3 VORGEHEN
154
III VEROEFFENTLICHEN
10 DATEN IN DIE DATENBANK
10.1 WARUM NICHT EXCEL?
165
10.2 MYSQL UND MARIADB
166
11 DATEN BESCHREIBEN & DARSTELLEN MIT R
187
11.1 INSTALLATION VON R UND RSTUDIO
187
11.2 ERSTE RECHENUEBUNGEN
189
11.3 MIT GRAPHIKEN INTERAGIEREN
194
11.4 GRAPHIKEN IN EINE DATEI SCHREIBEN
195
11.5 DATEN AUS UND IN DATEIEN LADEN
196
11.6 DATEN AUS MYSQL IMPORTIEREN
199
11.7 UEBERSICHT UEBER DIE DATEN GEWINNEN
201
11.8 ZEITREIHEN IN HEATMAPS
205
11.9 STATISTIK
209
11.10 R IN DER BASH
213
11.11 REGRESSION
213
11.12 PAKETE INSTALLIEREN
217
11.13 ZUSAMMENFASSUNG DER R-BEFEHLE
218
12 ES ALLEN ZEIGEN 221
12.1 TEXTE MIT LATPX ERSTELLEN
221
12.2 WEBSEITEN MIT DYNAMISCHEN DATEN ERSTELLEN
225
IV ANTWORTEN UND LITERATUR
13 ANTWORTEN 243
LITERATURVERZEICHNIS 247
INDEX 251
WHITESPACE 255
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