Mutationsanalyse des DHPS- und DHFR-Gens von Pneumocystis jirovecii Isolaten:
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2015
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|---|---|
| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS 8
1 EINLEITUNG 9
1.1 HISTORISCHER UEBERBLICK 9
1.2 DER ERREGER 10
1.2.1 TAXONOMIE 10
1.2.2 LEBENSZYKLUS 11
1.3 KLINISCHE RELEVANZ 13
1.3.1 EPIDEMIOLOGIE 13
1.3.2 ERREGERRESERVOIR 15
1.3.3 INFEKTIONSMODUS: REAKTIVIERUNG VERSUS REINFEKTION 16
1.3.4 PATHOGENESE 17
1.3.5 KLINIK, LABORVERAENDERUNGEN UND BILDGEBUNG 19
1.3.6 MORTALITAET 22
1.4 DIAGNOSTIK 22
1.4.1 FAERBETECHNISCHE MIKROSKOPISCHE METHODEN 22
1.4.2 POLYMERASEKETTENREAKTION 24
1.5 THERAPIE 25
1.5.1 COTRIMOXAZOL (TMP-SMX) 26
1.5.2 PENTAMIDIN 28
1.5.3 CLINDAMYCIN-PRIMAQUIN 29
1.5.4 KORTIKOSTEROIDE 29
1.6 PROPHYLAXE 30
1.7 RESISTENZENTWICKLUNG GEGENUEBER COTRIMOXAZOL 32
1.7.1 RESISTENZENTWICKLUNG GEGENUEBER SULFAMETHOXAZOL 32
1.7.2 RESISTENZENTWICKLUNG GEGENUEBER TRIMETHOPRIM 35
1.8 ZIELSETZUNG UND FRAGESTELLUNG DER ARBEIT 37
2 MATERIAL UND METHODEN 38
2.1 PATIENTENPROBEN 38
2.2 SUBSTANZEN 38
2.3 KITS 39
2.4 OLIGONUKLEOTIDE (PRIMER) 39
2.5 VERBRAUCHSMATERIALIEN 40
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INHALTSVERZEICHNIS
2.6 GERAETE 40
2.7 SOFTWARE 40
2.8 INANSPRUCHNAHME VON LEISTUNGEN ANDERER EINRICHTUNGEN 41
2.9 POLYMERASE KETTENREATION (PCR) 41
2.10 AGAROSE GELELEKTROPHORESE 43
2.11 AUFREINIGUNG DER PCR-PRODUKTE 44
2.12 NESTED PCR / HEMI-NESTED PCR 45
2.13 PHOTOMETRISCHE DNS-KONZENTRATIONSBESTIMMUNG 49
2.14 CYCLE SEQUENCING 49
2.15 AUSWERTUNG DER DNS-SEQUENZEN 52
2.16 STATISTISCHE ARBEIT 53
3 ERGEBNISSE 58
3.1 BESCHREIBUNG DES PATIENTENKOLLEKTIVS 58
3.1.1 GRUNDERKRANKUNG 58
3.1.2 CD4
+
-ZELLZAHLEN BEI DER PCP-DIAGNOSE 59
3.1.3 MORTALITAET 60
3.2 PCR, SEQUENZIERUNG UND MUTATIONSANALYSE DES DHPS-GENS 61
3.3 PCR, SEQUENZIERUNG UND MUTATIONSANALYSE DES DHFR-GENS 63
3.4 DHPS- UND DHFR-SNPS DER UNTERSUCHTEN PROBEN 64
3.5 ZUSAMMENHAENGE ZWISCHEN KLINISCHEN DATEN UND SNPS 67
3.5.1 VORHERIGE COTRIMOXAZOL-PROPHYLAXE 67
3.5.1.1 SNPS UND VORHERIGE COTRIMOXAZOL-PROPHYLAXE 67
3.5.1.2 KONKRETE SNPS UND VORHERIGE COTRIMOXAZOL-PROPHYLAXE 68
3.5.1.3 PNEUMOCYSTIS STAEMME UND VORHERIGE COTRIMOXAZOL-PROPHYLAXE 69
3.5.2 NOTWENDIGKEIT DER THERAPIEUMSTELLUNG 69
3.5.2.1 SNPS UND NOTWENDIGKEIT DER THERAPIEUMSTELLUNG 71
3.5.2.2 KONKRETE SNPS UND NOTWENDIGKEIT DER THERAPIEUMSTELLUNG 71
3.5.2.3 P. JIROVECII STAEMME UND NOTWENDIGKEIT DER THERAPIEUMSTELLUNG 72
3.5.3 MORTALITAET 72
3.5.3.1 SNPS ALLGEMEIN UND MORTALITAET 73
3.5.3.2 KONKRETE SNPS UND MORTALITAET 73
3.5.3.3 P. JIROVECII STAEMME UND MORTALITAET 73
3.5.4 THERAPIEDAUER 74
3.5.4.1 SNPS UND THERAPIEDAUER 74
6
INHALTSVERZEICHNIS
3.5.4.2 KONKRETE SNPS UND THERAPIEDAUER 75
3.5.4.3 P. JIROVECII STAEMME THERAPIEDAUER 75
3.6 FALLBESCHREIBUNGEN 76
3.6.1 DIE NICHT-SYNONYMEN P. JIROVECII DHPS-MUTATIONEN CODON 55 UND 57
76
3.6.2 DIE NICHT-SYNONYME P. JIROVECII DHFR-MUTATION IN CODON 67 76
4 DISKUSSION 77
4.1 PCR UND SEQUENZIERUNG 77
4.2 DAS VORHANDENSEIN VON ZWEI BASEN AN EINER POSITION (MISCHTYPEN) 78
4.3 KLINISCHE DATENERHEBUNG 80
4.3.1 GRUNDERKRANKUNGEN 80
4.3.2 CD4+-ZELLZAHL 80
4.3.3 MORTALITAET 81
4.3.4 NICHT-SYNONYME DHPS-MUTATIONEN IN CODON 55 UND 57 82
4.3.5 NICHT-SYNONYME DHFR-MUTATION ALA67VAL 85
4.3.6 SYNONYME SNPS 85
4.4 VERSCHIEDENE P. JIROVECII STAEMME 87
5 SCHLUSSFOLGERUNG UND AUSBLICK 89
6 ZUSAMMENFASSUNG 91
7 LITERATURVERZEICHNIS 94
8 ANHANG 110
8.1 ABBILDUNGSVERZEICHNIS 110
8.2 TABELLENVERZEICHNIS 111
8.3 TABELLEN UND STATISTISCHE TESTS 112
8.3.1 BESCHREIBUNG DES PATIENTENKOLLEKTIVS 112
8.3.2 MUTATIONEN UND VORHERIGE COTRIMOXAZOL-PROPHYLAXE 114
8.3.3 THERAPIEUMSTELLUNG UND MUTATIONEN 118
8.3.4 MUTATIONEN UND MORTALITAET 122
8.3.5 SNPS UND THERAPIEDAUER 125
9 LEBENSLAUF 128
7
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