SNP-Screening in Kandidatengenen auf Chromosom 2 und 12 für die Resistenz gegen Actinobacillus pleuropneumoniae beim Schwein:
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Gießen
VVB Laufersweiler Verlag
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|---|---|
| adam_text | INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS IV
TABELLEN
VERZEICHNIS VII
ABBILDUNGSVERZEICHNIS VIII
1. EINLEITUNG 1
2. LITERATURUEBERSICHT 2
2.1. ACTINOBACILLUS PLEUROPNEUMONIAE 2
2.1.1. AETIOLOGIE . . 2
2.1.2. EPIDEMIOLOGIE 2
2.1.3. VIRULENZFAKTOREN UND PATHOGENESE 3
2.1.4. KLINIK 3
2.1.5. PATHOMORPHOLOGIE 4
2.1.6. THERAPIE UND PROPHYLAXE 5
2.2. GENETISCHE KRANKHEITSRESISTENZ 7
2.2.1. KRANKHEITSRESISTENZ BEIM NUTZTIER 8
2.2.2. KRANKHEITSRESISTENZ BEIM SCHWEIN 8
2.2.3. NUTZEN DER GENETISCHEN KRANKHEITSRESISTENZ IN DER TIERZUCHT 11
2.3. FORSCHUNGSSTAND ZUR KRANKHEITSSRESISTENZ GEGEN A. PLEUROPNEUMONIAE
13
2.4. QTL-ANALYSE 17
2.4.1. PRINZIP DER QTL-ANALYSE 17
2.4.2. VORAUSSETZUNG FUER DIE QTL-ANALYSE 17
2.4.3. AUSWAHL GEEIGNETER MARKER 18
2.4.4. ZIEL DER QTL-ANALYSE 19
2.5. AUSWIRKUNGEN VON SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS 20
2.6. AUSWAHL DER KANDIDATENGENE 22
2.6.1. CD14 23
2.6.2. NR3C1 25
2.6.3. RPL38 27
2.6.4. GRB2 27
2.6.5. INTERLEUKIN 4 28
2.6.6. INTERLEUKIN 5 29
2.6.7. INTERLEUKIN 9 30
2.6.8. STAT3 31
2.6.9. LMNB1 32
3. FRAGESTELLUNG 33
4. MATERIAL UND METHODEN 34
I
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4.1. PROJEKTABLAUF 34
4.2. VERSUCHSTIERE 35
4.3. MATERIAL 36
4.3.1. GERAETE UND LABORMATERIAL 36
4.3.2. CHEMIKALIEN UND ENZYME 36
4.3.3. LOESUNGEN UND PUFFER 37
4.3.4. DATENBANKEN UND COMPUTERPROGRAMME 38
4.4. METHODEN 39
4.4.1. DATENBANKRECHERCHE 39
4.4.2. PRIMERDESIGN 40
4.4.3. KONZENTRATIONSBESTIMMUNG PRIMER 46
4.4.4. DNA-EXTRAKTION 46
4.4.5. WHOLE GENOME AMPLIFICATION (WGA) 47
4.4.6. POLYMERASEKETTENREAKTION (PCR) 48
4.4.7. AGAROSEGELELEKTROPHORESE 49
4.4.8. VORBEREITUNG DER PCR-PRODUKTE FUER DIE SEQUENZIERUNG 49
4.4.9. SEQUENZIERUNG VON AMPLIFIKATEN DER FO-TIERE 50
4.4.10. IDENTIFIZIERUNG VON SNPS UND AUSWAHL DER SNPS FUER DIE
PYROSEQUENZIENMG.... 50
4.4.11. PRIMERDESIGN FUER DIE PYROSEQUENZIENMG 50
4.4.12. POLYMERASEKETTENREAKTION FUER DIE PYROSEQUENZIENMG 52
4.4.13. PYROSEQUENZIENMG 53
4.4.14. STATISTISCHE AUSWERTUNG 54
4.4.15. KARTIERUNG DER KANDIDATENGENE 54
4.4.16. QTL-ANALYSE 54
5. ERGEBNISSE 55
5.1. GENSEQUENZEN 55
5.2. SNPS IN DEN SEQUENZIERTEN BEREICHEN 58
5.2.1. CD14 58
5.2.2. NR3C1 58
5.2.3. RPL38 60
5.2.4. GRT 2 60
5.2.5. IL-4 61
5.2.6. IL-5 61
5.2.7. IL-9 62
5.2.8. STAT3 64
5.2.9. LMNB1 66
5.3. PYROSEQUENZIENMG 69
II
5.3.1. AUSWAHL DER SNPS FUER DIE PYROSEQUENZIERUNG 69
5.3.2. GENOTYP-VERTEILUNG IN DER
F2
-GENERATION 73
5.4 ASSOZIATION ZWISCHEN PHAENOTYP UND SNP IN DER
F2
-GENERATION 74
5.5. KARTIERUNG DER KANDIDATENGENE FUER DIE QTL-ANALYSE 84
5.6. QTL-ANALYSE UND STATISTIK 85
6. DISKUSSION 110
7. ZUSAMMENFASSUNG 117
8. SUMMAIY 119
9. LITERATURVERZEICHNIS 120
10. ANHANG 134
III
|
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