GIS-gestützte Analysen zur Verbreitung von Bacillus anthracis im Etosha-Nationalpark sowie auf Wild- und Nutztierfarmen in Namibia unter Verwendung molekularepidemiologischer Methoden:
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Berlin
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INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS I
ABBILD UNGSVERZEICHNIS IV
TABELLENVERZEICHNIS V
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS VI
1 EINLEITUNG 1
2 LITERATUR 3
2.1 TAXONOMIE DES MILZBRAND-ERREGERS (BACILLUS ANTHRACIS) 3
2.2 PATHOGENESE 3
2.3 INFEKTIONSVERLAUF UND KLINISCHE MANIFESTATION VON MILZBRAND
(ANTHRAX) 5
2.3.1 WIRTSSPEKTRUM UND EMPFAENGLICHKEIT 5
2.3.2 HAUTMILZBRAND 6
2.3.3 DARMMILZBRAND 6
2.3.4 LUNGENMILZBRAND 7
2.4 EPIDEMIOLOGIE VON B. ANTHRACIS 8
2.4.1 VERBREITUNG 8
2.4.2 LEBENSZYKLUS DES ERREGERS ZWISCHEN UMWELT UND WIRT 9
2.4.3 SPORULATION IN DER UMWELT 10
2.4.4 ANATOMIE DER SPORE 10
2.4.5 GERMINATION IM WIRTSORGANISMUS 11
2.4.6 DIREKTE UEBERTRAGUNG 11
2.4.7 INDIREKTE UEBERTRAGUNG DURCH VEKTOREN 12
2.4.8 VERBREITUNG DURCH NICHT-ARTHROPODENARTIGE VEKTOREN 13
2.5 EPIDEMIOLOGISCH RELEVANTE UMWELTFAKTOREN 14
2.5.1 KLIMA 14
2.5.2 BODEN 15
2.5.3 VERHALTEN UND KONSTITUTION DES WIRTES 16
2.6 KONTROLLE UND BEKAEMPFUNG 17
2.7 PROPHYLAXE UND THERAPIE 18
2.8 KLASSISCHE MOLEKULARBIOLOGISCHE METHODEN DER CHARAKTERISIERUNG 18
2.9 MODERNE METHODEN DER STAMMTYPISIERUNG 20
2.9.1 PROGRESSIVE HIERARCHICAL RESOLVING ASSAY USING NUCLEIC ACIDS:
PHRANA 20
2.9.2 SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM-ANALYSIS (SNP-ANALYSE) 21
2.9.3 MULTIPLE LOCI OF VARIABLE NUMBERS OF TANDERN REPEAT (VNTR)
ANALYSIS
(MLVA) 23
2.9.4 SINGLE NUCLEOTIDE REPEAT-ANALYSIS (SNR-ANALYSE) 25
2.10 DER ETOSHA NATIONALPARK (ENP) 26
2.10.1 BESCHREIBUNG DES ETOSHA NATIONALPARKS 26
2.10.2 TOPOGRAPHIE 27
2.10.3 KLIMA 29
2.10.4 VEGETATION 29
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INHALTSVERZEICHNIS
2.10.5 BODENARTEN 31
2.10.6 WILD-POPULATIONSDATEN 32
2.10.7 WILDTIER-POPULATIONSDYNAMIK 33
3 MATERIAL UND METHODEN 35
3.1 MATERIAL 35
3.1.1 HERKUNFT DER TIER-TUPFERPROBEN 35
3.1.2 HERKUNFT DER UMWELTPROBEN 35
3.2 METHODEN DER PROBENENTNAHME 36
3.2.1 KADAVER 36
3.2.2 UMWELTPROBEN 36
3.2.3 TRANSPORT UND LAGERUNG 37
3.3 UNTERSUCHUNGSMETHODIK UND PROBENAUFBEREITUNG 38
3.4 SCREENING DER UMWELTPROBEN 38
3.5 ISOLATSUCHE IN UMWELTPROBEN 39
3.6 GESAMTKEIMZAHL DER AUF TSPBA ANGEZUECHTETEN SPORENBILDNER IN
UMWELTPROBEN 40
3.7 GEWINNUNG DER DNA AUS B. ANTHRACIS-KOLONIEN DER TUPFER- UND
UMWELTPROBEN 40
3.8 ANALYSE DER ISOLATE IN DER 31 MARKER MLVA 41
3.9 AUSWERTUNG DER FRAGMENTANALYSE 42
3.10 SEQUENZIERUNG VON NEU AUFTAUCHENDEN ALLELEN 42
3.11 DOPPELINFEKTIONEN MIT B. ANTHRACIS-STAEMMEN 43
3.12 ENTWICKLUNG EINER IN ARCGIS GENUTZTEN ACCESS-DATENBANK 43
3.13 KARTOGRAPHIE DER ISOLATE UND STATISTISCHE AUSWERTUNGEN 44
4 ERGEBNISSE 45
4.1 PROBENUMFANG UND ZUSAMMENSETZUNG 45
4.2 POSITIVE UND NEGATIVE NACHWEISE VON ANTHRAX IM ETOSHA NATIONALPARK
46
4.2.1 VERTEILUNG AUF TIERGEBUNDENE VARIABLEN 46
4.2.2 VERTEILUNG DER NACHWEISE UNTER EINBEZUG VON KLIMAELEMENTEN 48
4.2.3 NACHWEISVERTEILUNG AUF (NATUR-) RAEUMLICHE KATEGORIEN UND
BEZUGSGROESSEN 51
4.3 GENOTYPEN NACH SNP-ANALYSE 56
4.4 GENOTYPEN NACH DER MLVA 31 MARKER 56
4.4.1 VERTEILUNG DER GENOTYPEN AUF WILDSPEZIES IM ENP 57
4.4.2 VERTEILUNG DER GENOTYPEN AUF (NATUR-) RAEUMLICHE KATEGORIEN UND
BEZUGSGROESSEN DES ENP 58
4.4.3 GENETISCHE UND RAEUMLICHE DISTANZ DER ENP-GENOTYPEN 60
4.4.4 DOPPELINFEKTIONEN 60
4.5 AUSWERTUNG DER UMWELTPROBEN 61
4.6 GENOTYPEN-VERGLEICH DER TIER- UND UMWELTISOLATE 65
4.7 CLUSTERANALYSEN 68
4.7.1 CLUSTER POSITIVER NACHWEISE 68
4.7.2 CLUSTER NACH DER MLVA 31 MARKER 70
4.8 VERTEILUNG DER GENOTYPEN NACH SNR-ANALYSE 73
4.8.1 ANALYSEN DER GT AUSSERHALB DES ENP 73
4.8.2 ANALYSEN DER GT IM ENP 79
II
INHALTSVERZEICHNIS
5 DISKUSSION 84
5.1 ZIELSETZUNG UND UNTERSUCHUNGSAUSLAGE 84
5.2 SPEZIES-ABHAENGIGE VERTEILUNG DER NACHWEISE 85
5.3 SAISONALITAET DES AUFTRETENS VON MILZBRAND 88
5.4 DOPPELINFEKTIONEN 90
5.5 LANGZEITSTUDIE DER UMWELTPROBEN 91
5.6 WASSERSTELLEN ALS POTENTIELLE INFEKTIONSQUELLE 96
5.7 AUSSAGEKRAFT DER DREI GENOTYPISIERUNGS-METHODEN IM VERGLEICH 98
6 ZUSAMMENFASSUNG 104
7 SUMMARY 106
LITERATURVERZEICHNIS IX
ANHANG 1 ANTHRAX-AUSBRUECHE IN AFRIKANISCHEN LAENDERN XXVI
ANHANG 2 AUSGEWAEHLTE ENP-POPULATIONSZAHLEN DER WILDZAEHLUNG 2005 XXVII
ANHANG 3 NAEHRMEDIEN, DIAGNOSTISCHE TESTS, PROBENAUFBEREITUNG UND
QUALITAETSKONTROLLE
DER GEWONNENEN DNA XXVIII
ANHANG 4 PROTOKOLLE ZUR DURCHFUEHRUNG DER DIAGNOSTISCHEN PCR (RT-PCR)
ANSATZ DER
PRIMER UND SONDEN UND DES PRIMER/SONDEN-MASTERMIX XXX
ANHANG 5 MLVA 31 MARKER XXXI
ANHANG 6 COPY CODE TABELLEN DER MLVA 31 MARKER XXXV
ANHANG 7 ZUORDNUNG DER COPY CODES ZU EINEM GENOYTPEN XXXVII
ANHANG 8 NAMIBISCHE ISOLATE AUS NUTZ- UND WILDTIEREN ISOLATE DER
VERDACHTSPROBEN
AUS DEM ENP XXXVIII
ANHANG 9 ANTHRAX-POSITIVE UND NEGATIVE NACHWEISE AUS ENP XXXIX
ANHANG 10 GENOTYPENVERTEILUNG NACH ISOLIERUNGSJAHR, HERKUNFT UND SPEZIES
XL
ANHANG 11 LABORERGEBNISSE DER LANGZEITSTUDIE DER UMWELTPROBEN XLII
ANHANG 12 SNR-TYPEN UND MARKER FUER DIE GT 105, 123, 129, 136 UND 138 XLV
EIGENE PUBLIKATIONEN XLVI
DANKSAGUNG XLVII
SELBSTAENDIGKEITSERKLAERUNG XLVI
11
III |
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