Molekulargenetische Aufklärung von zwei Erbkrankheiten der Fleckvieh-Population:
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2013
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INHALTSVERZEICHNIS
TAHELLENVCRZCICHNIS.
IV
ABBILDTMGSRERZEICHNIS. . VI
ABKILRZUNGSVERZEICHNIS. V/W
1 EINLEITUNG ............ ...... ........... .......... 1
1.1 DAS DEUTSCHE FLECKVIEH 1
1.2 DIE ERBFEHLERPROBLEMATIK IN RINDERPOPULATIONEN 2
1.3 MOLEKULARGENETISCHE METHODEN ZUR IDENTIFIZIERUNG URSAECHLICHER
MUTATIONEN .4
1.4 BERUECKSICHTIGUNG VON ERBFEHLERN IN ZUCHTPROGRAMMEN 7
1.5 BOVINE HEREDITAERE ZINKDEFIZIENZ UND THROMBOZYTOPATHIE 9
1.5.1 BOVINE HEREDITAERE ZINKDEFIZIENZ (BHZD) 9
1.5.2 HEREDITAERE THROMBOZYTOPATHIE BEI SIMMENTAL-RINDERN (HTS) 10
1.6 ZIELSETZUNG 12
2 TIERT, MATERIAL UND METHODEN 13
2.1 TIERE 13
2.1.1 BHZD-AEHNLICHES SYNDROM 13
2.1.2 THROMBOZYTOPATHIE 13
2.1.3 FLECKVIEH-TIERE DER GENOMWEITEN RE-SEQUENZIERUNG 14
2.2 MATERIAL UND METHODEN 15
2.2.1 IN SILICO ANALYSE 15
2.2.1.1 AUSWAHL UND ANNOTATION DER KANDIDATENGENE 15
2.2.1.2 GENOMISCHE CHARAKTERISIERUNG VON KANDIDATENGENEN 15
2.2.1.3 SEQUENZ- UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 17
2.2.2 ISOLIERUNG UND EVALUIERUNG GENOMISCHER DNA 18
2.2.2.1 ISOLIERUNG GENOMISCHER DNA AUS SPERMA 18
2.2.2.2 ISOLIERUNG GENOMISCHER DNA AUS BLUT 19
2.2.2.3 ISOLIERUNG GENOMISCHER DNA AUS HAAREN 19
2.2.2.4 QUALITAETSKONTROLLE UND QUANTIFIZIERUNG VON NUKLEINSAEUREN 19
2.2.3 POLYMERASEKETTENREAKTION (PCR) 20
2.2.3.1 PRIMERDESIGN 20
2.2.3.2 STANDARD-PCR 21
2.2.3.3 PCR-OPTIMIERUNG 21
2.2.3.4 AUFI-EINIGUNG VON PCR-PRODUKTEN 22
I
HTTP://D-NB.INFO/1048370275
INHALTSVERZEICHNIS
2.2.4 DNA-RE-SEQUENZIERUNG NACH SANGER :. 22
2.2.4.
] AUFREINIGUNG UND KAPILLARGELELEKTROPHORESE AUF ABI 3130XL 22
2.2.5 GENOTYPISIERUNG 23
2.2.5.1 TAQMAN-GENOTYPISIERUNG 23
2.2.5.2 GENOMWEITE GENOTYPISIERUNG UND QUALITAETSKONTROLLE 24
2.2.5.3 GENOMWEITE ASSOZIATIONSSTUDIE 25
2.2.5.4 HAPLOTVPENANALYSE 25
2.2.6 GENOMWEITE RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 25
3 ERGEBNISSE 26
3.1 BHZD-AEHNLICHES SYNDROM 26
3.1.1 PHAENOTYPISCHE MANIFESTATION 26
3.1.2 ANALYSE DES SLC39A4-GENS 28
3.1.2.1 RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 32
3.1.3 GENOMWEITE ASSOZIATIONSSTUDIE 34
3.1.4 IDENTIFIZIERUNG DER KRANKHEITSASSOZIIERTEN REGION 35
3.1.5 ANALYSE DES CRIPI-GENS 38
3.1.5.1 RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 42
3.1.6 ANALYSE DES C/I/W-GENS 43
3.1.6.1 RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 49
3.1.7 GENOMWEITE RE-SEQUENZIERUNG EINES BETROFFENEN TIERES 51
3.1.7.1 ANALYSE DES PLD4-GENS 52
3.1.7.2 RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 58
3.1.8 TAQMAN-GENOTYPISIERUNG DER P.W21 SX-MUTATION 61
3.2 THROMBOZYTOPHATIE (TCP) 63
3.2.1 PHAENOTYPISCHE MANIFESTATION 63
3.2.2 ANALYSE DES RASGRP2-GENS 65
3.2.2.1 RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 70
3.2.3 TAQMAN-GENOTYPISIERUNG DER P.L234P-VARIANTE 73
3.2.4 GENOMWEITE ASSOZIATIONSSTUDIE 74
3.2.5 IDENTIFIZIERUNG DER KRANKHEITSASSOZIIERTEN REGION .75
3.2.6 ANALYSE DES FERMT3-GENS 77
3.2.6.1 RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 81
3.2.7 GENOMWEITE RE-SEQUENZIERUNG UND POLYMORPHISMEN-ANALYSE 82
II
INHALTSVERZEICHNIS
4 DISKUSSION 84
4.1 BHZD-AEHNLICHES SYNDROM 84
4.2 THROMBOZYTOPATHIE 88
4.3 DIE SCHWIERIGKEITEN BEI DER SUCHE NACH KAUSALEN VARIANTEN 92
4.4 SCHLUSSFOLGERUNGEN 94
5 ZUSAMMENFASSUNG 96
6 SUMMARY. 98
7 DANKSAGUNG. 100
8 LITERATUR 102
9 APPENDIX 119
9.1 ERLAEUTERUNG DER THROMBOZYTENAGGREGATIONSMESSUNG 119
9.2 PUFFER 121
9.3 OBERSICHT DER VERWENDETEN PRINTER ZUR RE-SEQUENZIERUNG 121
9.4 OBERSICHT DER ANALYSIERTEN FLECKVIEH-TIERE 126
9.5 OBERSICHT DER IDENTIFIZIERTEN POLYMORPHISMEN 130
9.6 UEBERSICHT DER GENE DES HOMOZYGOTEN BEREICHS AUF BTA29 134
9.7 UEBERSICHT DER GENIDENTIFIKATIONSNUMMEM (NCBL) .136
9.8 SCHEMATISCHE DARSTELLUNG DER HAEMOSTASE 137
9.9 NUKLEOTIDSEQUENZEN RE-SEQUENZIERTER GENE MIT BEREICHEN UNBEKANNTER
SEQUENZINFORMATI
ON 139
IN
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