Untersuchung genetischer Ursachen der unterschiedlichen Empfänglichkeit für die Paratuberkulose des Rindes anhand von Mikrosatelliten- und Kandidatengenanalysen:
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Gießen
VVB Laufersweiler
2009
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 1
2 LITERATURUEBERSICHT 3
2.1 PARATUBERKULOSE BEIM RIND 3
2.1.1 AETIOLOGIE 3
2.1.2 GEOGRAFISCHE VERBREITUNG 3
2.1.3 PATHOGENESE 4
2.1.3.1 VERLAUF DER IMMUNANTWORT 6
2.1.4 KLINIK 7
2.1.5 NACHWEIS 7
2.1.5.1 DIREKTER NACHWEIS 8
2.1.5.1.1 KOTKULTUR 8
2.1.5.1.2 MIKROSKOPIE 8
2.1.5.1.3 POLYMERASEKETTENREAKTION (PCR) 8
2.1.5.1.4 UNTERSUCHUNG DES ILEOZAEKALLYMPHKNOTENS 8
2.1.5.2 INDIREKTER NACHWEIS 9
2.1.5.2.1 SEROLOGIE 9
2.1.5.2.2 SONSTIGE METHODEN 10
2.1.6 THERAPIE UND IMPFUNG 10
2.1.7 ERBLICHKEIT 11
2.1.8 WIRTSCHAFTLICHE BEDEUTUNG 12
2.2 PARATUBERKULOSE BEI ANDEREN WIEDERKAEUERN 12
2.3 PARATUBERKULOSE BEI NICHTWIEDERKAEUERN 13
2.4 MORBUS CROHN - PARATUBERKULOSE BEIM MENSCHEN? 13
2.5 ZUCHT AUF KRANKHEITSRESISTENZ BEIM RIND 15
2.5.1 VORAUSSETZUNGEN FUER GENETISCHE STUDIEN 16
2.6 KANDIDATENGENANSATZ 17
2.6.1 INTERLEUKIN-12(/I/2) 19
2.6.2 NATURAL RESISTANCE ASSOCIATED MACROPHAGE PROTEIN 1 (NRAMP1) 19
2.6.3 INTERFERON-Y (IFNG) 20
I
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN HTTP://D-NB.INFO/99476183X
DIGITALISIERT DURCH
IMAGE 2
INHALTSVERZEICHNIS
2.6.4 INTERLEUKIN-4 (1L4) 20
2.6.5 INTERLEUKIN-18(//8) 20
2.6.6 INTERLEUKIN-10(/70) 21
2.6.7 TUMOR NECROSIS FACTOR-A (TNF) 21
2.6.8 TOLL-LIKE-REZEPTOREN (TLR) 21
2.6.9 CASPASE RECRUITMENT DOMAIN, MEMBER 15 (CARD15) 22
2.6.10 INTERLEUKIN-2 (1L2) 23
2.6.11 GATA BINDING PROTEIN 3 (GATA3) 23
2.7 MIKROSATELLITENANALYSE 24
3 MATERIAL UND METHODEN 26
3.1 TIERE UND PROBCNMATERIAL 26
3.1.1 VERGLEICHSGRUPPE 26
3.1.2 PROBEN VERSCHIEDENER RINDERRASSEN 26
3.1.3 PROBEN VON TIEREN MIT MAP-STATUS 26
3.1.3.1 AUSWAHL DER PROBEN FUER ASSOZIATIONSANALYSEN 29
3.2 VERBRAUCHSMATERIALIEN 30
3.2.1 CHEMIKALIEN UND PUFFER 30
3.2.2 REAKTIONSKITS 31
3.2.3 ENZYME 31
3.2.4 OLIGONUKLEOTIDE 32
3.2.5 LAENGEN- UND KONZENTRATIONSSTANDARDS 32
3.2.6 PLASTIKWAREN, GLASWAREN, HANDSCHUHE, FILTER UND TUECHER 32
3.3 GERAETE 33
3.4 DOKUMENTATION 34
3.5 COMPUTERPROGRAMME 34
3.5.1 MOLEKULARGENETIK 34
3.5.2 STATISTISCHE ANALYSEN 34
3.6 LABORS 34
3.7 VERWENDETE REIERENZSEQUENZEN 35
3.8 MOLEKULARBIOLOGISCHE METHODEN 36
II
IMAGE 3
INHALTSVERZEICHNIS
3.8.1 ISOLATION VON DNA AUS VOLLBLUT UND GEWEBE 36
3.8.2 ISOLATION VON KERN-DNA AUS VOLLBLUT 36
3.8.3 ERMITTLUNG DER QUALITAET BZW. QUANTITAET VON DNA 36
3.8.4 SEQUENZANALYSE SPEZIFISCHER REGIONEN IN KANDIDATENGENEN 37
3.8.4.1 PRIMERAUSWAHL 37
3.8.4.2 PCR-AMPLIFIKATION VON DNA-FRAGMENTEN FUER SEQUENZANALYSEN 38
3.8.4.3 DIREKTSEQUENZIERUNG VON PCR-FRAGMENTEN 39
3.8.4.3.1 AUFREINIGUNG VON PCR-PRODUKTEN 39
3.8.4.3.2 DURCHFUEHRUNG DER SEQUENZIERREAKTION 40
3.8.4.3.3 HERSTELLUNGEINES POLYACRYLAMIDGELS FUER DIE SEQUENZIERUNG 40
3.8.4.4 KLONIERUNG VON PCR-PRODUKTEN 41
3.8.5 GENOTYPISIERUNGSMETHODEN 42
3.8.5.1 FRAGMENTLAENGENANALYSEN 42
3.8.5.1.1 MIKROSATELLITENANALYSE 42
3.8.5.1.2 ANALYSE DER INSERTION IM INTERLEUKIN2-GEN (IL2) 46
3.8.5.2 PCR-RFLP UND ACRS-ANALYSEN 46
3.8.5.2.1 AUSWAHL DER RESTRIKTIONSENZYME 46
3.8.5.2.2 AUSWAHL DER PRIMER FUER PCR-RFLP 47
3.8.5.2.3 DURCHFUEHRUNG DER POLYMERASEKETTENREAKTION (PCR) 48
3.8.5.2.4 SPALTUNG VON DNA MITTELS RESTRIKTIONSENZYMEN 49
3.8.5.3 TETRA-PRIMER AMPLIFICATION-REFRACTORY-MUTATION-SYSTEM-PCR 50
3.9 BIOINFORMATISCHE ANALYSE VON NUKLEOTIDSEQUENZDATEN 50
3.10 STATISTISCHE METHODEN 51
3.10.1 VARIANZKOMPONENTENSCHAETZUNG 51
3.10.2 HARDY-WEINBERG-GLEICHGEWICHT 52
3.10.3 ASSOZIATIONSSTUDIEN 52
4 ERGEBNISSE 53
4.1 ZUSAMMENHAENGE ZWISCHEN VERSCHIEDENEN PARAMETERN UND MAP-STATUS 53
4.1.1 EINFLUSS DES MAP-STATUS AUF DIE MILCHLEISTUNG 53
4.1.2 EINFLUSS VON BETRIEB UND ALTER AUF DEN MAP-STATUS 53
III
IMAGE 4
INHALTSVERZEICHNIS
4.1.3 VARIANZKOMPONENTENSCHAETZUNG UND HERITABILITAETEN 56
4.2 MIKROSATELLITENANALYSE 58
4.2.1 TYPISIERBARKEIT DER MIKROSATELLITEN 58
4.2.2 VERGLEICHSTIERE 58
4.2.3 FALL- UND KONTROLLGRUPPE 59
4.3 KANDIDATENGENE 61
4.3.1 NATURAL RESISTANCE ASSOCIATED MACROPHAGE PROTEIN 1 (NRAMP1) 61
4.3.1.1 PCR UND SEQUENZIERUNG 61
4.3.1.2 DARSTELLUNG DES BASENAUSTAUSCHES NRAMP1 E5(+165) MITTELS
PCR-RFLP 62
4.3.2 TOLL-LIKE RECEPTOR 4 (TLR4) 63
4.3.2.1 PCR UND SEQUENZIERUNG 63
4.3.2.2 NACHWEIS DES BASENAUSTAUSCHES TLR4 E3+1040 DURCH PCR-RFLP 63
4.3.2.3 NACHWEIS DES BASENAUSTAUSCHES 7ZAE4E3+2021 DURCH TETRA-PRIMER
AMPLIFICATION-REFRACTORY-MUTATION-SYSTEM-PCR 65
4.3.3 CASPASE RECRUITMENT DOMAIN FAMILY, MEMBER 15 (CARD15) 65
4.3.3.1 VERGLEICH AUSGEWAEHLTER BEREICHE DER BOVINEN
CARD15-PROTEINSEQUENZ MIT SEQUENZEN ANDERER SPEZIES 65
4.3.3.2 PCR UND SEQUENZIERUNG 66
4.3.3.3 NACHWEIS DER BASENAUSTAUSCHE IM CARD!5-GEN 70
4.3.3.3.1 DARSTELLUNG DES SNP E4+921 IN EXON IV DURCH PCR-RFLP 70
4.3.3.3.2 DARSTELLUNG DES SNP EL 1(-14) IM INTRON 10 DURCH
PCR-RFLP-ANALYSE70
4.3.4 INTERLEUKIN 2 (1L2) 72
4.3.5 GATA-BINDING PROTEIN 3 (GATA 3) 72
4.3.5.1 PCR UND SEQUENZIERUNG 72
4.3.5.2 NACHWEIS DES BASENAUSTAUSCHES DURCH PCR-RFLP 72
4.3.6 VERGLEICHENDE /-S/7/CO-ANALYSE VON POLYMORPHISMEN 73
4.3.7 ZUSAMMENFASSUNG DER NACHWEISMETHODEN 74
4.3.8 ALLEL- UND GENOTYPFREQUENZEN 75
DISKUSSION 78
5.1 ZUSAMMENHAENGE ZWISCHEN MILCHLEISTUNG, BETRIEB, ALTER UND MAP-STATUS
78
IV
IMAGE 5
INHALTSVERZEICHNIS
5.1.1 MILCHLEISTUNG 78
5.1.2 EINFLUSS VON BETRIEB UND ALTERAUF DEN MAP-STATUS 78
5.2 AUSWAHL DER PROBEN UND TIERE FUER DIE ASSOZIATIONSANALYSEN 79
5.3 HERITABILITAETSSCHAETZUNG 82
5.4 MIKROSATELLITENANALYSE 83
5.5 KANDIDATENGENANALYSE 85
5.6 ZUCHTZIEL PARATUBERKULOSERESISTENZ? 89
6 ZUSAMMENFASSUNG 93
7 SUMMARY 95
8 LITERATURVERZEICHNIS 97
9 ANHANG 115
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| spelling | Hinger, Michaela Verfasser (DE-588)138020205 aut Untersuchung genetischer Ursachen der unterschiedlichen Empfänglichkeit für die Paratuberkulose des Rindes anhand von Mikrosatelliten- und Kandidatengenanalysen Michaela Hinger 1. Aufl. Gießen VVB Laufersweiler 2009 XIV, 119 S. Ill., graph. Darst. txt rdacontent n rdamedia nc rdacarrier Edition scientifique Zugl.: Gießen, Univ., Diss., 2009 mycobacterium avium subsp paratuberculosis cabt paratuberculosis cabt bacterial diseases cabt microsatellites cabt genes cabt dairy cattle cabt heritability cabt germany cabt holstein friesian cabt thuringia cabt antibodies cabt elisa cabt serology cabt immune response cabt case studies cabt genetic polymorphism cabt alleles cabt frequency cabt genotypes cabt (DE-588)4522595-3 Fallstudiensammlung gnd-content (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content http://library.vetmed.fu-berlin.de/ResourceList/details/208263 lizenzfrei Abstract DNB Datenaustausch application/pdf http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=022452261&sequence=000001&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA Inhaltsverzeichnis |
| spellingShingle | Hinger, Michaela Untersuchung genetischer Ursachen der unterschiedlichen Empfänglichkeit für die Paratuberkulose des Rindes anhand von Mikrosatelliten- und Kandidatengenanalysen mycobacterium avium subsp paratuberculosis cabt paratuberculosis cabt bacterial diseases cabt microsatellites cabt genes cabt dairy cattle cabt heritability cabt germany cabt holstein friesian cabt thuringia cabt antibodies cabt elisa cabt serology cabt immune response cabt case studies cabt genetic polymorphism cabt alleles cabt frequency cabt genotypes cabt |
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