Untersuchungen zu Nucleinsäure-Protein-Wechselwirkungen unter Verwendung von partikelständigen Oligonucleotid-Bibliotheken:
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INHALTSVERZEICHNIS
5
INHALTSVERZEICHNIS
SEITE
1.
EINLEITUNG
.
9
2.
THEORIETEIL
.
11
2.1.
O
LIGONUCLEOTIDSYNTHESE
.
11
2.2.
C
HEMIE
DER
N
UCLEINSAEUREN
.
15
2.2.1
STRUKTUR
DER
DNA
.
15
2.2.2
OLIGONUCLEOTIDE
.
17
2.3.
T
RAEGERMATERIALIEN
.
20
2.3.1.
TENTAGEL
.
20
2.3.2.
NOVASYN
.
21
2.3.3.
CPG
.
22
2.4.
B
LUTGERINNUNGSKASKADE
.
23
2.4.1.
ALLGEMEINES
.
23
2.4.2.
FAKTOR
XA
.
24
2.5.
K
OMBINATORISCHE
C
HEMIE
.
26
2.5.1.
ARTEN
VON
BIBLIOTHEKEN
.
27
2.5.1.1.
REKOMBINANTE
BIBLIOTHEKEN
.
27
2.5.I.2.
'TEA-BAG'
TECHNIK
.
'.TI
2.5.1.3.
PARTIKELSTAENDIGE
BIBLIOTHEKEN
.
27
2.5.1.4.
SCHRITTWEISE
SYNTHESE
.
29
2.5.I.5.
ARRAYS
.
29
2.5.2.
METHODEN
DES
SCREENING
.
30
2.5.2.1.
FACS
.
30
2.5.2.2.
MACS
.
31
2.5.2.3.
MIKROMANIPULATOR
.
31
2.5.2.4.
SELEX.
31
2.6.
S
EQUENZIERUNG
VON
O
LIGONUCLEOTIDEN
.
34
2.6.1.
SANGER-COULSON
.
34
2.6.2.
MAXAM-GILBERT
.
35
2.6.3.
MALD1-TOF
MASSENSPEKTROMETRIE
.
37
2.6.4.
BESONDERE
METHODEN
DER
OLIGONUCLEOTIDSEQUENZIERUNG
.
42
3.
AUFGABENSTELLUNG
.
44
4.
ERGEBNISSE
.
45
4.1.
O
LIGONUCLEOTIDSYNTHESEN
.
45
4.1.1.
TENTAGEL
.
45
4.1.2.
NOVASYN
.
52
4.1.3.
AMINOPROPYL
CPG
.
54
4.1.4.
TRIAZINYLMODIFIZIERTES
CPG
.
62
4.2.
S
YNTHESE
VON
O
LIGONUCLEOTIDBIBLIOTHEKEN
.
65
4.2.1.
SYNTHESE
AUF
TENTAGEL
.
65
4.2.2.
SYNTHESE
AUF
AMINOPROPYL
CPG
.
68
4.3.
F
AKTOR
X
A
.
71
4.3.1.
MARKIERUNG
DURCH
FLUORESZENZFARBSTOFF.
.
71
4.3.2.
IDENTITAETSPRUEFUNG
.
72
4.4.
.S
CREENING
1
.
75
4.4.1.
MIKROSKOP
.
75
4.4.2.
FACS
.
76
4.4.3.
FLUORESZENZDETEKTION
.
79
4.5.
S
EQUENZIERUNG
.
82
5.
DISKUSSION
.
91
5.1.
O
LIGONUCLEOTIDSYNTHESEN
.
91
6
5.1.1.
TENTAGEL
.
92
5.1.2.
NOVASYN
.
95
5.1.3.
AMINOPROPYL
CPG
.
95
5.1.3.1.
EIGENSCHAFTEN
.
95
5.I.3.2.
BEDINGUNGEN
DER
SYNTHESE
.
97
5.1.4.
TRIAZINYLMODIFIZIERTES
CPG
.
99
5.2.
O
LIGONUCLEOTIDBIBLIOTHEKEN
.
100
5.2.1.
SYNTHESE
AUF
TENTAGEL
.
100
5.2.2.
SYNTHESE
AUF
AMINOPROPYL
CPG
.
102
5.3.
F
AKTOR
X
A
.
103
5.3.1.
MARKIERUNG
MIT
FLUORESZENZFARBSTOFF.
.
103
5.3.2.
IDENTITAETSPRUEFUNG
.
104
5.4.
.S
CREENING
"
.
105
5.4.1.
MIKROSKOP
.
105
5.4.2.
FACS
.
106
5.4.3.
FLUORESZENZDETEKTION
.
108
5.5.
O
LIGONUCLEOTIDSEQUENZIERUNG
.
110
5.5.1.
ALLGEMEINE
BETRACHTUNG
.
110
5.5.2.
SEQUENZIERVERSUCHE
.
111
5.5.3.
ERMITTLUNG
DER
SEQUENZ
EINES
APTAMERS
.
113
6.
ZUSAMMENFASSUNG
.
117
7.
MATERIALIEN
UND
METHODEN
.
118
7.1.
C
HEMIKALIEN
.
118
7.2.
G
ERAETE
.
121
7.3.
M
ETHODEN
.
.-.
.
121
7.3.1.
OLIGONUCLEOTIDSYNTHESEN
.
121
7.3.1.1.
MESSUNG
DER
BELADUNG VON
TRAEGERMATERIALIEN
.
123
7.3.2.
MALDI-TOF
MS
.
123
7.3.2.I.
PROBENPRAEPARATION
.
123
7.3.2.2.
EINSTELLUNGEN
.
123
7.3.3.
KAPILLARELEKTROPHORESE
.
124
7.3.4.
FAKTOR
XA
UND
FITC
.
125
7.3.4.I.
FLUORESZENSMARKIERUNG
.
125
7.3.4.2.
SDS-PAGE
VON
PROTEINEN
.
125
7.3.4.3.
ANFAERBUNG
DER
SDS-PAGE
.
125
7.3.5.
PAGE
VON
OLIGONUCLEOTIDEN
.
126
7.3.6.
.SCREENING
"
.
126
7.3.7.
SEQUENZIERUNG
DER
OLIGONUCLEOTIDE
.
126
8.
LITERATUR
.
127
9.
ANHANG
.
131 |
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