Charakterisierung von cheW-Deletionsmutanten des Archaeons Halobacterium salinarum:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
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2003
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| Beschreibung: | München, Univ., Diss., 2004 |
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| adam_text | DISSERTATION ZUR ERLANGUNG DES DOKTORGRADES DER FAKULTAET FUER CHEMIE UND
PHARMAZIE DER LUDWIG-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET MUENCHEN CHARAKTERISIERUNG
VON C/?EW-DELETIONSMUTANTEN DES ARCHAEONS HALOBACTERIUM SALINARUM MIRJAM
AREGGER AUS ZUERICH/SCHWEIZ 2003 INHALTSVERZEICHNIS VII 1 EINLEITUNG 1
1.1 MECHANISMEN DER SIGNALTRANSDUKTION 1 1.2 TAXIE BEI PROKARYOTEN 4 1.3
CHEMOTAXIE IN E.COLI 5 1.3.1 CHEMOTAKTISCHES VERHALTEN VON E. COLI 6
1.3.2 REIZ-AUFNAHME DURCH REZEPTOREN 7 1.3.3 INTRAZELLULAERE
REIZ-WEITERLEITUNG 10 1.3.3.1 DASCHEMOTAXIE-PROTEIN CHEW ALS
ADAPTORPROTEIN 12 1.3.4 ADAPTATION 13 1.4 SIGNALTRANSDUKTION UND
ADAPTATION IN H. SALINARUM 16 1.4.1 DER ORGANISMUS H. SALINARUM 16 1.4.2
TAKTISCHES VERHALTEN VON H. SALINARUM 19 1.4.3 REZEPTOREN IN H.
SALINARUM 20 1.4.3.1 REZEPTOREN FUER CHEMOTAXIE 21 1.4.3.2 REZEPTOREN FUER
AEROTAXIE 23 1.4.3.3 REZEPTOREN FUER PHOTOTAXIE 23 1.4.4 INTRAZELLULAERE
REIZUEBERTRAGUNG UND ADAPTATION 25 1.5 ZIELSETZUNG DER ARBEIT 26 2
MATERIAL UND METHODEN 27 2.1 MATERIAL 27 2.1.1 STAEMME 27 2.1.2
NAEHRMEDIEN 27 2.1.3 PUFFER UND LOESUNGEN 28 2.1.4 VEKTOREN UND PLASMIDE
29 2.1.5 OLIGONUKLEOTIDE 29 2.1.6 CHEMIKALIEN UND VERBRAUCHSMATERIAL 31
2.1.7 ENZYME 32 2.2 MIKROBIOLOGISCHE UND MOLEKULARBIOLOGISCHE METHODEN
32 2.2.1 KULTIVIERUNG UND AUFBEWAHRUNG VON ZELLEN 32 2.2.1.1 UMGANG MIT
E. COLI 32 VIII INHALTSVERZEICHNIS 2.2.1.2 UMGANG MIT H. SALINARUM 33
2.2.2 TRANSFORMATION VON ZELLEN MIT PLASMID-DNA 33 2.2.2.1
TRANSFORMATION VON F. COLI 33 2.2.2.2 TRANSFORMATION VON H. SALINARUM 34
2.2.3 ISOLIERUNG VON NUKLEINSAEUREN AUS ZELLEN 35 2.2.3.1 ISOLIERUNG VON
PLASMID-DNA AUS E. COLI 35 2.2.3.2 ISOLIERUNG GENOMISCHER DNA AUS H.
SALINARUM 35 2.2.3.3 RNA-ISOLIERUNG AUS H. SALINARUM 36 2.2.4 ARBEITEN
MIT DNA 37 2.2.4.1 BESTIMMUNG DER DNA-KONZENTRATION IN WAESSRIGER LOESUNG
37 2.2.4.2 AGARQSE-GELELEKTROPHORESE 37 2.2.4.3 ISOLIERUNG VON
DNA-FRAGMENTEN AUS AGAROSEGELEN 38 2.2.4.4 RESTRIKTIONSSPALTUNG VON DNA
38 2.2.4.5 LIGATION 38 2.2.4.6 IN VITRO AMPLIFIKATION VON DNA MITTELS
POLYMERASE-KETTENREAKTION 39 2.2.4.7 EINFUEHRUNG VON
RESTRIKTIONSSCHNITTSTELLEN DURCH POLYMERASE-KETTENREAKTION (PCR) 40
2.2.4.8 DNA-SEQUENZIERUNG 40 2.2.4.9 HERSTELLUNG DIGOXYGENIN-MARKIERTER
DNA-SONDEN 41 2.2.4.10 SOUTHERN-BLOT-VERFAHREN 43 2.2.5 ARBEITEN MIT RNA
46 2.2.5.1 BESTIMMUNG DER RNA-KONZENTRATION IN WAESSRIGER LOESUNG 46
2.2.5.2 DNASEL-VERDAU VON RNA-PRAEPARATIONEN 46 2.2.5.3
NORTHERN-BLOT-VERFAHREN 47 2.2.5.4 CDNA-SYNTHESE MITTELS REVERSER
TRANSKRIPTION 48 2.2.6 ECHTZEIT-PCR ( REAL-TIME DETECTION PCR ) 49
2.2.6.1 OPTIMALE WAHL DER PRIMER 50 2.2.6.2 EVALUATION DER OPTIMALEN
PRIMER-KONZENTRATIONEN 50 2.2.6.3 ERMITTLUNG DER CY-WERTE FUER DIE GENE
CHEW , CHE N2 UND FDX 52 2.2.6.4 ERSTELLEN EINER STANDARDKURVE 53 2.3
VERHALTENSSTUDIEN : 54 2.3.1 SELEKTION MOTILER H. SALINARUM-ZEUEN 54
2.3.2 MESSUNG DES CHEMOTAKTISCHEN VERHALTENS 55 2.3.2.1 KAPILLAR-VERSUCH
55 2.3.2.2 CHEMICAL IN PLUG -VERSUCH 56 2.3.2.3 LUFTBLASEN-VERSUCH 58
INHALTSVERZEICHNIS IX 2.3.2.4 MESSUNG DES PHOTOTAKTISCHEN VERHALTENS
DURCH COMPUTER-GESTEUERTE BEWEGUNGSANALYSE 58 2.3.3 RADIOAKTIVE
MARKIERUNG VON H. SALINARUM-ZEWEN UND ANSCHLIESSENDE MESSUNG DER
FREIGESETZTEN MENGE AN METHANOL 59 2.4 BIOINFORMATIK 60 2.4.1
SEQUENZVERGLEICHE ZWISCHEN PROTEINEN ( ALIGNMENTS ) 60 2.4.2 DARSTELLUNG
VON PROTEINSTRUKTUREN UND MODELLIERUNG VON OBERFLAECHENSTRUKTUREN 61 3
ERGEBNISSE 62 3.1 DIE GENOMISCHE ORGANISATION DER CHEMOTAXIE-GENE 62 3.2
NACHWEIS UND ANALYSE DER C/IE-GENTRANSKRIPTE 64 3.2.1 DIE
MRNA-TRANSKRIPTE DER GENE DES C/IE-GENCLUSTERS 66 3.2.1.1 DAS
MRNA-TRANSKRIPT DES GENS C/IEW1 66 3.2.1.2 DIE MRNA-TRANSKRIPTE DER GENE
CHEY, CHEA, C/IEB, EHE], CHE 3 UND CHER 67 3.2.2 DAS MRNA-TRANSKRIPT DES
GENS CHEW2 69 3.3 QUANTIFIZIERUNG DER MRNA-TRANSKRIPTE VON C/IEW1 UND
C/IEW2 DURCH ECHTZEIT (REAL-TIME)-PCR-ANALYSE 72 3.3.1 ERMITTLUNG DER
OPTIMALEN PRIMER-KONZENTRATIONEN 73 3.3.2 ERSTELLEN DER STANDARDKURVEN
74 3.3.3 ERMITTLUNG DER ABSOLUTEN MRNA-KOPIENZAHL 77 3.4 DIE PROTEINE
CHEW1 UND CHEW2 83 3.4.1 MODELLIERUNG DER PROTEINE CHEW1 UND CHEW2 84
3.4.2 VERGLEICH DER AMINOSAEURESEQUENZEN VON CHEW-PROTEINEN AUS
VERSCHIEDENEN ORGANISMEN 86 3.4.3 VERGLEICH DER AMINOSAEURESEQUENZEN VON
CHEA UND CHEW 88 3.5 DELETION DER GENE C/IEW1 UND CHEW2 IN H.
SALINARUNR. DIE HERSTELLUNG VON KNOCKOUF -MUTANTEN 92 3.5.1 HERSTELLUNG
DES PLASMIDS PUS-AC/IEW1 95 3.5.2 HERSTELLUNG DES PLASMIDS PUS-AC/)EW2
98 3.5.3 TRANSFORMATION VON H. SALINARUM MIT DEN
C/?EW-DELETIONSKONSTRUKTEN, SELEKTION DER MUTANTEN UND DEREN
VERIFIZIERUNG MITTEL SOUTHERN-
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