Phylogenetische und diagnostische Analysen an mikroskopischen Pilzen: molekulare Strategien zwischen Stammtypisierung und Großgruppensystematik
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MOLEKULARE STRATEGIEN ZWISCHEN STAMMTYPISIERUNG UND
GROSSGRUPPENSYSTEMATIK HABILITATION ZUR ERLANGUNG DES AKADEMISCHEN GRADES
DOCTOR RERUM NATURALIUM HABILITATUS (DR. RER. NAT. HABIL.) IM FACH:
MIKROBIOLOGIE - PHYLOGENETIK VORGELEGT DEM RAT DER
BIOLOGISCH-PHARMAZEUTISCHEN FAKULTAET DER FRIEDRICH-SCHILLER UNIVERSITAET
JENA VON R DR. RER. NAT. DIPL.-BIOL. KERSTIN VOIGT GEBOREN AM 9. MAI
1969 IN BAD LANGENSALZA/THUERINGEN INHALTSVERZEICHNIS VORWORT 1 1.
THEORETISCHER TEIL 2 1.1. DER *BAUM DES LEBENS 2 1.2. DER URSPRUNG DER
EUKARYOTA 5 1.3. DIE PILZE - MERKMALE UND VIELFALT 5 1.3.1. DIE
EVOLUTION DER PILZE IST AN DIE DER PFLANZEN GEKOPPELT 7 1.3.2. DIE
VORFAHREN DER EUMYCOTA 8 1.3.3. FOSSILE PILZE - IHR VORKOMMEN IN
ZEITLICHEN MASSSTAEBEN 9 1.3.4. EUMYCOTA- DIE REZENTE DIVERSITAET 11 1.3.5.
DIE GENOMSTRUKTUR DER EUMYCOTA 12 1.3.6. IMPAKT VON HORIZONTALEM
GENTRANSFER IN DER EVOLUTION VON PILZEN 12 1.3.7. DIE REKONSTRUKTION DER
PHYLOGENIE DER PILZE 12 1.3.7.1. BIOCHEMISCHE ANALYSEN 12 1.3.7.2.
PHYLOGENETISCHE ANALYSEN AUF DER BASIS DER GENE DER KLEINEN UNTEREINHEIT
DER RIBOSOMALENRNA (18S RDNA) 13 1.3.7.3. PHYLOGENETISCHE ANALYSEN AUF
DER BASIS PROTEIN-KODIERENDER GENE 14 1.3.7.3.1. KONSERVIERTE GENE DES
ZYTOSKELETTS UND DES PRIMAERSTOFFWECHSELS 15 1.3.7.3.2.
ENTWICKLUNGSBEZOGENE GENE: DAS *EVO-DEVO-KONZEPT 15 1.4. EIN BEITRAG
ZUR SYSTEMATIK DER PILZE 19 1.4.1. DIE GROSSGRUPPENSYSTEMATIK DER
ZYGOMYCETES - EIN UNGELOESTES RAETSEL 19 1.4.1.1. DIE WIRTSCHAFTLICHE
BEDEUTUNG DER ZYGOMYCETES 19 1.4.1.2. KLASSISCHE SYSTEMATIK MIT HILFE
TRADITIONELLER KRITERIEN AUF DER BASIS
MORPHOLOGISCH-PHYSIOLOGISCH-OEKOLOGISCHER MERKMALE 20 1.4.1.3.
DIMORPHISMUS ALS KURIOSITAET DER MORPHOGENESE DER ZYGOMYCETES 21 1.4.1.4.
THERMOPHILIE BEI ZYGOMYCETEN: BESONDERHEITEN UND BEDEUTUNG 22 2.
EXPERIMENTELLE 1 * ARBEITEN 23 2.1. ZIELE * 23 2.2. MATERIAL UND
METHODEN ). 24 2.2.1. MATERIAL 24 2.2.1.1. PILZ-STAEMME 24 2.2.1.2.
GERAETE UND CHEMIKALIEN 24 2.2.2. METHODEN 25 2.2.2.1. PRAEPARATION VON
GENOMISCHER DNA 25 2.2.2.2. AMPLIFIKATIONEN VON GENOMISCHEN
DNA-FRAGMENTE MIT HILFE VON PCR 25 2.2.2.3. SEQUENZIERUNG DER
DNA-FRAGMENTE 25 2.2.2.4. SEQUENZ-VERGLEICHE .26 2.2.2.5.
PHYLOGENETISCHE ANALYSEN : 26 2.2.2.6. STAMMBAUM-STATISTIK 27 2.2.2.7.
INCONGRUENZ-TESTS 27 2.3. ERGEBNISSE 27 2.3.1. PHYLOGENETISCHE
EINORDNUNG DER EUMYCOTA IN DIE EUKARYOTA 27 2.3.2. DIAGNOSE
PHYTOPATHOGENER PILZE 29 2.3.2.1. DER RAPS-PATHOGENE PILZ LEPTOSPHAERIA
MACULANS - VORSTELLUNG DES MODELLSYSTEMS 29 2.3.2.2. ENTWICKLUNG
MOLEKULARER SONDEN FUER DIE DIAGNOSTIK DES RAPS-PATHOGENEN ASCOMYCETEN
LEPTOSPHAERIA MACULANS UND ANDEREN PILZPATHOGENEN DES
*SCHWARZBEINIGKEITS-KOMPLEXES 30 2.3.2.3. ETABLIERUNG EINER STRATEGIE
ZUR ENTWICKLUNG TAXON-SPEZIFISCHER PRIMERPAARE 31 2.3.2.4.
STAMMTYPISIERUNG UND VALIDIERUNG DER GEWONNENEN TAXON-SPEZIFISCHEN
PRIMERPAARE FUER LEPTOSPHAERIA MACULANS, DES WICHTIGSTEN PARASITISCHEN
PILZES DES *SCHWARZBEINIGKEITS-KOMPLEXES 32 2.3.2.5. DAS
MULTI-SPEZIES-KONZEPT VON LEPTOSPHAERIA MACULANS: IMPLIKATIONEN FUER
PHYLOGENETISCHE ASPEKTE 33 2.3.3. DIAGNOSE HUMANPATHOGENER PILZE 34
2.3.3.1. HUMANPATHOGENE ZYGOMYCETEN UND IHRE BEDEUTUNG IN DER AETIOLOGIE
VON KRANKHEITEN 34 2.3.3.2. KONSTRUKTION SPEZIES-SPEZIFISCHER
PRIMERPAARE ZUR S IDENTIFIKATION UND DIAGNOSTIK HUMANPATHOGENER
ZYGOMYCETEN 34 2.3.4. SUCHE NACH ZIEL-GENEN FUER DIE PHYLOGENETISCHE
ANALYSE DER ZYGOMYCETES 35 2.3.4.1. DIE ZYTOSKELETT-GENE 36 2.3.4.1.1.
DIE AMPLIFIKATION DES SS-TUBULIN-GENS 36 2.3.4.1.2. DIE AMPLIFIKATION DES
AKTIN-GENS: IMPLIKATIONEN FUER PHYLOGENETISCHE ANALYSEN ZUR
FAMILIENSTRUKTUR DER ZYGOMYCETES 37 2.3.4.2.
DAS4-DIHYDROMETHYLTRISPORAT-DEHYDROGENASE-GEN 40 2.3.4.2.1. NACHWEIS DES
4-DIHYDROMETHYLTRISPORAT-DEHYDROGENASE-GENS MIT HILFE
SOUTHERN-HYBRIDISIERUNG 40 2.3.4.2.2 DIE KONSTRUKTION VON
OLIGONUKLEOTID-PRIMERN 41 2.3.4.2.3. AMPLIFIKATION UND DIE
PHYLOGENETISCHE ANALYSE DES 4-DIHYDROMETHYLTRISPORAT-DEHYDROGENASE-GENS
42 2.3.4.2.4. STAMMBAUM-KONSTRUKTIONEN AUF DER BASIS DES TDH-GENS IN
KOMBINIERTEN ANALYSEN MIT ANDEREN PROTEIN-KODIERENDEN GENEN 46 2.4.
DISKUSSION 48 2.4.1. ENTWICKLUNG DIAGNOSTISCHER MARKER FUER DIE HUMAN-,
TIER- UND PFLANZENMEDIZIN 48 2.4.2. DIE VERBINDUNG VON MOLEKULARER
DIAGNOSTIK UND MOLEKULARER PHYLOGENETIK 49 2.4.3. DIE MOLEKULARE
PHYLOGENIE DES LEPTOSPHAERIA MACULANS-SPEZIES-KOMPLEXES 49 2.4.4. DIE
REKONSTRUKTION DER EVOLUTION DER ZYGOMYCETES AUF DER BASIS MULTIPLER
GENE 50 3. RESUME 52 4. LITERATURVERZEICHNIS 53 5. PUBLIKATIONEN DER
HABILITATIONSSCHRIFT 64 5.1. PUBLIKATION 1: 64 VOIGT K & WOESTEMEYER J
(2002) IN: KEMPKEN F (ED.) THE MYCOTA VOL. XI: AGRICULTURAL
APPLICATIONS. SPRINGER VERLAG BERLIN, PP. 193-216 5.2. PUBLIKATION 2: 88
VOIGT K (2002) IN: KEMPKEN F (ED.) THE MYCOTA VOL. XI: AGRICULTURAL
APPLICATIONS. SPRINGER VERLAG, BERLIN, PP. 217-242 5.3. PUBLIKATION 3:
114 SCHLEIER S, VOIGT K & WOESTEMEYER (1997) J. PHYTPPATHOLOGY 145: 81-87
5.4. PUBLIKATION 4: 123 VOIGT K, SCHLEIER S & WOESTEMEYER J (1996) IN:
DEHNE ET AL. (EDS.) DEVELOPMENTS IN PLANT PATHOLOGY - DIAGNOSIS AND
IDENTIFICATION OF PLANT PATHOGENS. VOL. 11. KLUWER ACADEMIC PUBLISHERS
DORDRECHT, PP 195-198 5.5. PUBLIKATION 5: 128 VOIGT K & WOESTEMEYER J
(1995) MICROBIOL. RES. 150:373-377 5.6. PUBLIKATION 6: 133 VOIGT K,
SCHLEIER S & WOESTEMEYER J (1998) J. PHYTOPATHOLOGY 146: 567-576 5.7.
PUBLIKATION 7: -. 144 VOIGT K, JEDRYCZKA M & WOESTEMEYER J (2001)
MICROBIOL. RES. 156: 169-177 5.8. PUBLIKATION 8: 154 VOIGT K, CIGELNIK E
& O DONNELL K (1999) J. CLIN. MICROBIOL. 37: 3957-3964. 5.9. PUBLIKATION
9: 163 VOIGT K, MATTHAEI A & WOESTEMEYER J (1999) COUR. FORSCH.-INST.
SENCKENBERG 215:207-213 5.10. PUBLIKATION 10: .171 EINAX E & VOIGT K
(2002) ORG. DIVERS. EVOL.: ZUR PUBLIKATION EINGEREICHT 5.11. PUBLIKATION
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5.13. PUBLIKATION 13: 209 WOESTEMEYER J, WOESTEMEYER A & VOIGT K (1997)
IN: ANDREWS JH, TOMMERUP IC & CALLOW JA (EDS.) ADV. BOT. RES. 24:
399-429 THESEN DANKSAGUNG SELBSTAENDIGKEITSERKLAERUNG ERKLAERUNG UEBER
FRUEHERE ODER LAUFENDE HABILITATIONSVERFAHREN CURRICULUM VITAE LISTE DER
WISSENSCHAFTLICHEN VEROEFFENTLICHUNGEN UND WISSENSCHAFTLICHEN VORTRAEGE
LISTE DER GELEISTETEN LEHRAUFGABEN
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