Bioinformatik: ein Leitfaden für Naturwissenschaftler ; [Datenbanken, Online-Tools, Websites, Glossar]
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| Format: | Book |
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| Published: |
Basel [u.a.]
Birkhäuser
2004
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Inhaltsverzeichnis
Vorwort 5
1 Einstieg in die Sequenzanalyse 7
2 Primäre Datenbanken 9
2.1 Genbank am NCBI. 11
2.2 EMBL. 13
2.3 DDBJ. 15
2.4 Nicht-redundante primäre Datenbanken. 16
3 Sequenzformate 21
3.1 Elektropherogramme. 21
3.2
FASTA
. 22
3.3 Umwandlung von Sequenzformaten. 23
4 Einfache
Alignments
25
4.1 Substitutionsmatrizen. 27
4.1.1 PAM-Matrizen. 30
4.1.2 BLOSUM-Matrizen . 32
4.2 Dotplot. 35
4.2.1 Fenster-Methode als Dotplot-Filter. 36
4.2.2 Wort-Methode als Dotplot-Filter. 37
4.3 Das globale
Alignment
. 41
4.4 Das lokale
Alignment
. 45
4.4.1 Lokales
Alignment
von Protein- mit Nukleotidsequenzen . 46
5 Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich 49
5.1
FASTA
. 49
5.1.1 Suchalgorithmus. 50
5.1.2 Besondere Formen von
FASTA
. 53
5.2 BLAST. 54
5.2.1 Suchalgorithmus. 55
5.2.2 Bit
Score
und E-Wert. 56
5.2.3 Was steht in einem BLAST-Ergebnis?. 57
1
INHALTSVERZEICHNIS
5.2.4 Welche Substitutionsmatrix verwendet man?. 57
5.2.5 Was bedeutet
Filtering
beim BLAST?. 58
5.2.6 Besondere Formen von BLAST. 58
5.2.7 PSI-BLAST. 60
5.2.8 PHI-BLAST . 62
5.2.9 Alternativen zu BLAST. 63
Multiple
Alignments
67
6.1 Globale multiple
Alignments
. 68
6.1.1 Progressives
Alignment
nach
Feng
& Doolittle . 68
6.1.2 CLUSTALW. 69
6.1.3
Divide and Conquer
- simultanes
Alignment
. 73
6.2 Lokale multiple
Alignments
. 74
6.2.1 Block
Maker
. 74
6.3 Darstellung des multiplen
Alignments
. 76
Phylogenetische Analysen 81
7.1
Topologie phylogenetischer
Bäume. 82
7.2 Methoden zur Berechnung. 83
7.2.1 Berechnung von Distanzbäumen. 84
7.2.2 Das Parsimony-Prinzip . 87
7.2.3
Bootstrapping
- Bewertung der Bäume. 90
7.2.4 Maximum
Likelihood
Bäume. 93
Abgeleitete Datenbanken 103
8.1 Motiv-Datenbanken . 103
8.1.1 PROSITE - Muster von Proteinen. 104
8.1.2
PRINTS
- Fingerabdrucke von Proteinen. 105
8.1.3
CDD
- PSSMs von Proteinen. 105
8.1.4 PFAM - HMMs von Proteinen. 106
8.1.5 InterPro - eine Metadatenbank. 107
8.2 Datenbanken für Stoffwechselwege. 108
8.2.1 ENZYME - Nomenklatur-Datenbank. 109
8.2.2 BRENDA. 109
8.2.3 KEGG. 109
8.3 Vorhersage-Datenbanken. 109
8.3.1 CBS - Center
for Biological Sequence Analysis
. 109
8.3.2
PREDICTPROTEIN
. 110
Primerdesign
113
9.1
Design
von exakten Primern. 114
9.2 Design von degenerierten Primern . 114
9.3 Design von Primern zur Mutagenese. 115
9.4 Design von Primern für die Amplifizierung von Exons. 115
INHALTSVERZEICHNIS 3
10 Genomanalyse 117
10.1 Genvorhersage . 117
10.1.1 Ab initio Genvorhersage. 118
10.1.2 Homologie-basierte Genvorhersage. 120
10.1.3 Kombination beider Methoden. 121
10.1.4 Kombination mehrerer Programme. 121
10.2 Funktionelle Analyse. 122
10.2.1 Homologiesuche. 122
10.2.2 Motivsuche. 123
10.2.3 Punktionelle Kataloge. 123
10.2.4 Lokalisierung. 124
10.2.5 Automatische Vorhersage. 125
Glossar 129
Weblinks 135
Literaturverzeichnis 143
Index 153 |
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