Strukturmotive für die Prozessierung des Viroids der Kartoffel-Spindelknollensucht (PSTVD):
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| Sprache: | German |
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2001
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I
NHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
I
E
INLEITUNG
1
11
EINE
PARASITIERENDE
RNA
ALS
PHYTOPATHOGEN
1
12
DIE
NATIVE
"STAEBCHENSTRUKTUR"
UND
IHRE
FUNKTIONALEN
DOMAENEN
3
13
ZELLULAERE
WECHSELWIRKUNGSPARTNER
4
14
DER
REPLIKATIONSZYKLUS
ALS
STRUKTURZYKLUS
5
1.4.1
REPLIKATION
NACH
DEM
ROLLING-CIRCLE-MECHANISMUS
5
1.4.2
METASTABILE
KONFORMATIONEN
ALS
ERKENNUNGSMOTIVE
FUER
WIRTSFAKTOREN
6
15
DER
PROZESSIERUNGSMECHANISMUS
7
1.5.1
NUT
EINE
METASTABILE
KONFORMATION
IST
SUBSTRAT
FUER
DIE
PTOZESSIERUNG
IN
VITRO
8
1.5.2
DIE
AKTIVE
SUBSTRATSTRUKTUR
ENTHAELT
EINE
ALTERNATIVE
ZUM
LOOP
E
9
1.5.3
DIE
UMFALTUNG
IN
DIE
THERMODYNAMISCH
OPTIMALE
STAEBCHEN-STRUKTUR
IST
ESSENTIELLER
BESTANDTEIL
DES
PROZESSIERUNGSMECHANISMUS
10
16
SEKUNDAER
UND
TERTIAERSTTUKTURELEMENTE
ALS
FUNKTIONALE
MODULE
VON
RNA-STRUKTUR
12
1.6.1
DAS
G:U-WOBBLE-BASENPAAR
13
1.6.2
DER
GNRA-TETRALOOP
14
1.6.3
DAS
LOOP
E-ELEMENT
16
17
THEMENSTELLUNG
18
II
M
ATERIAL
UND
M
ETHODEN
21
2.1
MATERIAL
21
2.1.1
BEZUGSQUELLENVERZEICHNIS
21
2.1.2
ALLGEMEINES
ZU
CHEMIKALIEN
UND
LOESUNGEN
22
2.1.3
ALLGEMEINE
PUFFER
UND
LOESUNGEN
22
2.1.4
OLIGONUKLEOTIDE
23
2.1.5
PLASMIDE
23
2.2
BIOCHEMISCH-ENZYMATISCHE
METHODEN
26
2.2.1
EINFACHE
STANDARDMETHODEN
26
2.2.1.1
PRAEZIPITATION
VON
NUKLEINSAEURE
26
2.2.1.2
EINFACHE
ENZYMATISCHE
REAKTIONEN
26
II
I
NHALTSVERZEICHNIS
2.2.2
RADIOAKTIVE
5-PHOSPHORYLIERUNG
VON
DNA-OLIGONUKLEOTIDEN
26
2.2.3
IN
W/RO-TRANSKNPUON
27
2.2.4
POLYMERASE-KETTENREAKTION
(PCR)
28
2.2.5
REVERSE-TRANSKRIPTION
UND
RT-PCR
29
2.2.6
PRIMER-EXTENSION-ANALYSE
30
2.2.7
DNA-SEQUENZIERUNG
30
2.2.8
PROZESSIERUNG
IM
KEMEXTRAKT
31
2.3
BIOPHYSIKALISCHE
METHODEN
32
2.3.1
QUANTIFIZIERUNG
VON
NUKLEINSAEURE
32
2.3.2
GELELEKTROPHORESE
VON
NUKLEINSAEURE
32
2.3.2.1
AGAROSEGELE
32
2.3.2.2
NATIVE
POLYAAJLANND-GELELEKTROPHORESE
32
2.3.2.3
DENATURIERENDE
POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE
FWATTGELE")
33
2.3.2.4
SEQUENQIERGELE
33
2.3.2.5
TEMPERATURGRADIENTEN-GELELEKTROPHORESE
(TGGE)
34
2.3.2.6
GELELUTTON
VON
NUKLEINSAEURE
35
2.3.2.7
SILBERFAERBUNG
VON
POLYACRYLAMID-GELEN
36
2.3.2.8
AUTORADIOGRAPHIE
VON
NUKLEINSAEURE-GELEN
36
22S.2S
STRUKTUREINSTELLUNG
VON
IN
W/RO-TRANSKRIPTEN
36
2.3.4
QUERVEMETZUNG
VON
RNA
DURCH
UV-CROSSLINKS
36
2.4
PRAEPARATIVE
METHODEN
38
2.4.1
KLONIERUNG
DER
MINIMAL-RNA
CDNAS
38
2.4.2
HALTUNG
UND
PRAEPARATION
VON
PLASMIDEN
39
2.4.3
PRAEPARATION
EINES
KEMPROTEINEXTRAKTES
ZUR
IN
W7Z-PROZESSIERUNG
VON
PSTVD-RNA
40
III
ERGEBNISSE
43
3.1
UNTERSUCHUNG
EINER
NATUERLICHEN
MUTANTE
DES
LOOP
E
AN
MEHR-ALS-EINHEITSLAENGE
TRANSKRIPTEN
43
3.1.1
VERGLEICHENDE
SEKUNDAERSTRUKTURUNTERSUCHUNG
MIT
DER
TEMPERATURGRADIENTEN
GELELEKTTOPHORESE
44
3.1.2
VERGLEICHENDE
IN
W/RA-PROZESSIERUNG
IN
KEMEXTRAKTEN
AUS
SOLANUM
TUBEROSUM
UND
NICOTIANA
TABACUM
45
3.2
ERZEUGUNG
EINER
MINIMAL-RNA
DER
CCR
VON
PSTVD
ZUR
PROZESSIERUNG
IN
VITRO
48
3.2.1
KONZEPT
DER
MINIMAL-RNA
48
3.2.2
SYNTHESE
DER
MINIMAL-RNA
UND
IHRER
PROZESSIERUNGSINTERMEDIAEREN
50
3.3
STRUKTUR
UND
FUNKTIONSUNTERSUCHUNG
DER
MINIMAL-RNA
52
I
NHALTSVERZEICHNIS
III
3.3.1
ANALYSE
DER
SEKUNDAERSTRUKTURBILDUNG
MITTELS
TGGE:
KINETISCHE
VS
THERMODYNAMISCHE
STRUKTUREINSTELLUNG
52
3.3.2
KONFORMATIONSSPEZIFISCHER
NACHWEIS
DES
LOOP
E-ELEMENTS
DURCH
UV-QUERVEMETZUNG
54
3.3.3
KONFORMATIONSSPEZIFISCHE
PROZESSIERUNG
DER
MINIMAL-RNA
IM
NUKLEAEREN
KEMEXTRAKT
55
3.4
UNTERSUCHUNG
VON
MUTATIONEN
DES
GNRA-TETRALOOP/LOOP
E-ELEMENTS
IN
DER
MINIMAL-RNA
57
3.4.1
AUSWAHL
UND
SYNTHESE
DER
MUTATIONEN
IM
GNRA-TETRALOOP/LOOP
E-ELEMENT
57
3.4.2
UNTERSUCHUNG
DES
EINFLUSSES
DER
TETRALOOP/LOOP
E-MUTATIONEN
AUF
DIE
STRUKTURBILDUNG
60
3.4.2.1
STRUKTURANALYSE
MITTELS
TGGE
61
3.4.2.2
ABHAENGIGKEIT
DER
SEKUNDAERSTRUKTURBILDUNG
NON
DER
LONENSTAERKE:
WILDTYP
VS.
A4-MUTANTE
62
3.4.3
UNTERSUCHUNG
DES
EINFLUSSES
DER
GNRA-TETRALOOP/LOOP
E-MUTATIONEN
AUF
DIE
UV-QUERVEMETZUNG
64
3.4.4
UNTERSUCHUNG
DES
EINFLUSSES
DER
GNRA-TETRALOOP/LOOP
E-MUTATIONEN
AUF
DIE
PROZESSIERUNG
IN
VITRO
65
35
UNTERSUCHUNG
VON
MUTATIONEN
DES
G:U-WOBBLE-BASENPAARES
IN
DER
MINIMAL-RNA
67
3.5.1
AUSWAHL
UND
SYNTHESE
DER
MUTANTEN
DES
G:U-WOBBLE
BASENPAARES
68
3.5.2
UNTERSUCHUNG
DES
EINFLUSSES
DER
MUTATIONEN
DES
G:U-WOBBLE-BASENPAARES
AUF
DIE
SEKUNDAERSTRUKTURBILDUNG
70
3.5.3
UNTERSUCHUNG
DES
EINFLUSSES
DER
MUTATIONEN
DES
G:U-WOBBLE-BASENPAATES
AUF
DIE
PROZESSIERUNG
IN
VITRO
75
3.6
MINIMAL-RNAS
DER
LI
UND
L2-PROZESSIERUNGSINTERMEDIAEREN
77
3.6.1
AUSWAHL
DER
LI-UND
L2-MINIMAL-RNAS
77
3.6.2
SEKUNDAERSTRUKTURBILDUNG
DER
LI-UND
L2-MINIMAL-RNAS
79
3.6.3
UV-QUERVEMETZUNG
DER
LI-UND
L2-MINIMAL-RNAS
81
3.6.4
IN
W/N -PROZESSIERUNG
DER
LI
UND
L2-MINIMAL-RNAS
83
3.7
VERIFIZIERUNG
DES
LOOP
E-CTOSSLINKS
86
3.8
IDENTIFIZIERUNG
DER
MINIZIRKEL
88
IV
D
ISKUSSION
91
4.1
EINE
MINIMAL-RNA
IST
SUBSTRAT
FUER
DIE
PROZESSIERUNG
IN
VITRO
91
4.1.1
ETABLIERUNG
EINER
GEEIGNETEN
MINIMAL-RNA
91
4.1.2
SYNTHETISCHE
INTERMEDIAERE
ALS
SUBSTRAT
FIIR
DIE
PROZESSIERUNG
92
4.1.3
DIE
CCR
ALS
"PROZESSIERUNGSDOMAENE"
94
IV
I
NHALTSVERZEICHNIS
4.2
MUTATIONSANALYSE
DER
STRUKTURELEMENTE
95
4.2.1
DER
GAAA-TETRALOOP
95
4.2.1.1
ERKENNUNG
DURCH
WIRTSFAKTOREN
96
4.2.1.2
EERTIAERSTRUKIURBILDUNG
91
4.2.1.3
DER
GNRA-TETRALOOP
ALS
STRUKTURNUKLEUS
99
4.2.2
DAS
LOOP
E-ELEMENT
102
4.2.3
DAS
G:U-WOBBLE-BASENPAAR
106
4.3
SEQUENZ
UND
STRUKTURHOMOLOGIE
DER
CCR
ZUR
5S
RRNA
110
V
Z
USAMMENFASSUNG
115
VI
L
ITERATURVERZEICHNIS
117 |
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