Grundlagen der phylogenetischen Systematik:
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| Format: | Book |
| Language: | German |
| Published: |
München
Pfeil
2001
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| Edition: | 2., überarb. Aufl. |
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| adam_text | GRUNDLAGEN DER PHYLOGENETISCHEN SYSTEMATIK JOHANN-WOLFGANG WAEGETE 2.,
UEBERARBEITETE AUFLAGE VERLAG DR. FRIEDRICH PFEIL MUENCHEN, SEPTEMBER 2001
ISBN 3-931516-93-8 INHALT EINLEITUNG ; 9 1. WISSENSCHAFTSTHEORETISCHE
GRUNDLAGEN 11 1.1 WAS IST »ERKENNTNIS? 11 1.2 KLASSIFIKATION UND DIE
FUNKTION DER SPRACHE 12 1.3 WAS GIBT ES AUSSERHALB UNSERES
ERKENNTNISAPPARATES? WAS IST »REAL EXISTENT? 17 1.3.1 OBJEKTE DER
NATUR, DAS »DING AN SICH 18 1.3.2 SYSTEME 19 1.3.3 MATERIELLES OBJEKT
UND SYSTEM 20 1.3.4 WAS IST EIN »SYSTEM DES TIERREICHES? 20 1.3.5 WAS
IST INFORMATION? 22 1.3.6 QUANTIFIZIEREN VON »INFORMATION 25 1.3.7 WAS
IST EIN MERKMAL? 27 1.4 ERKENNTNISGEWINN DER WISSENSCHAFTEN 30 1.4.1 WAS
IST »WAHRHEIT? 30 1.4.2 DEDUKTION UND INDUKTION 31 1.4.3
HYPOTHETIKO-DEDUKTIVE METHODE 34 1.4.4 GESETZE UND THEORIEN 35 1.4.5
WAHRSCHEINLICHKEIT UND SPARSAMKEITSPRINZIP 36 1.4.6 PHAENOMENOLOGIE 42
1.4.7 DIE ROLLE DER LOGIK 42 1.4.8 ALGORITHMEN UND ERKENNTNISGEWINN 43
1.5 EVOLUTIONAERE ERKENNTNISTHEORIE 44 2. DER GEGENSTAND DER
PHYLOGENETISCHEN SYSTEMATIK 46 2.1 TRANSFER GENETISCHER INFORMATION
ZWISCHEN ORGANISMEN 47 2.1.1 HORIZONTALER GENTRANSFER 47 2.1.2 KLONALE
FORTPFLANZUNG 47 2.1.3 BISEXUELLE FORTPFLANZUNG 48 2.1.4 DER SONDERFALL
DER ZU ORGANELLEN EVOLVIERTEN ENDOSYMBIONTEN 49 2.2 DIE POPULATION 50
2.3 DIE »BIOLOGISCHE ART 54 2.3.1 DER ARTBEGRIFF ALS WERKZEUG DER
PHYLOGENETIK 58 2.3.2 ERKENNEN VON ARTEN 64 2.4 DAS UEBERGANGSFELD
ZWISCHEN ARTEN 66 2.5 DIE SPEZIATION ALS SCHLUESSELEREIGNIS 69 2.5.1
BEGRIFFE UND REALE PROZESSE 69 2.5.2 DICHOTOMIE UND POLYTOMIE 69 2.6
MONOPHYLA 70 2.7 DIE EVOLUTIONSTHEORIE UND EVOLUTIONSMODELLE ALS
GRUNDLAGE DER SYSTEMATIK 74 2.7.1 VARIABILITAET UND EVOLUTION
MORPHOLOGISCHER STRUKTUREN 76 2.7.2 VARIABILITAET UND EVOLUTION VON
MOLEKUELEN 82 2.7.2.1 VERAENDERUNGEN IN POPULATIONEN 82 2.7.2.2 THEORIE
DER NEUTRALEN EVOLUTION 84 2.7.2.3 DIE MOLEKULARE UHR 85 2.7.2.4
EVOLUTIONSRATEN 89 2.8 ZUSAMMENFASSUNG: KONSTRUKTE, PROZESSE UND SYSTEME
97 INHALT 3. STAMMBAUMDIAGRAMME UND BENENNUNG VON ABSCHNITTEN 98 3.1
ONTOLOGIE UND BEGRIFFE 98 3.2 TOPOLOGIE 100 3.2.1 DARSTELLUNG
KOMPATIBLER MONOPHYLIEHYPOTHESEN 100 3.2.2 DARSTELLUNG INKOMPATIBLER
MONOPHYLIEHYPOTHESEN 102 3.2.3 DARSTELLUNG VON LESRICHTUNGS- UND
APOMORPHIEHYPOTHESEN 102 3.3 KONSENSUSDENDROGRAMME 104 3.4 ZAHL DER
ELEMENTE EINES DENDROGRAMMS UND ZAHL DER TOPOLOGIEN 106 3.5 DASTAXON :
107 3.6 DIE STAMMLINIE 109 3.7 LINNESCHE KATEGORIEN 112 4. DIE SUCHE
NACH INDIZIEN FUER MONOPHYLIE 115 4.1 WAS IST INFORMATION IN DER
SYSTEMATIK? 115 4.2 KLASSEN VON MERKMALEN 117 4.2.1 AEHNLICHKEITEN 117
4.2.2 KLASSEN VON HOMOLOGIEN 120 4.2.3 GRUPPENBILDUNG DURCH VERSCHIEDENE
MERKMALSKLASSEN 127 4.2.4 HOMOLOGE GENE 128 4.3 PRINZIPIEN DER
MERKMALSANALYSE 129 4.3.1 PROZESSE UND MUSTER, ODER WAS UNS LEONARDOS
MONA LISA LEHRT 130 4.4 ABGRENZUNG UND IDENTIFIKATION VON MONOPHYLA 132
4.4.1 DIE ABGRENZUNG 132 4.4.2 DIE IDENTIFIKATION 133 4.4.3 EMPFOHLENES
VORGEHEN FUER DIE PRAXIS 134 4.5 ANALYSE VON FOSSILIEN 134 4.5.1
MERKMALSANALYSE 134 4.5.2 MONOPHYLIE-NACHWEIS MIT FORMENREIHEN 134 5.
PHAENOMENOLOGISCHE MERKMALSANALYSE 137 5.1 DIE SCHAETZUNG DER
HOMOLOGIEWAHRSCHEINLICHKEIT UND DIE GEWICHTUNG DER MERKMALE .. 137 5.1.1
DIE HOMOLOGIEWAHRSCHEINLICHKEIT UND KRITERIEN ZU IHRER BEWERTUNG 137
5.1.2 GEWICHTUNG 146 5.2 PRAXIS DER HOMOLOGISIERUNG MORPHOLOGISCHER UND
MOLEKULARER MERKMALE 14 9 5.2.1 HOMOLOGIEKRITERIEN FUER MORPHOLOGISCHE
MERKMALE 149 5.2.2 HOMOLOGISIERUNG MOLEKULARER MERKMALE 157 5.2.2.1
ALINIERUNGSVERFAHREN 158 5.2.2.2 BESTIMMUNG DER HOMOLOGIE VON
NUKLEOTIDEN UND SEQUENZABSCHNITTEN 161 5.2.2.3 HOMOLOGIE VON GENEN,
GENANORDNUNGEN, SEQUENZDUPLIKATIONEN 162 5.2.2.4 HOMOLOGIE VON
RESTRIKTIONSFRAGMENTEN 164 5.2.2.5 IMMUNOLOGIE 166 5.2.2.6
HOMOLOGISIERUNG VON ISOENZYMEN 167 5.2.2.7 CYTOGENETIK 168 5.2.2.8
DNA-HYBRIDISIERUNG 169 5.2.2.9 RAPD 170 5.2.2.10 AMINOSAEURESEQUENZEN 171
5.3 BESTIMMUNG DER LESRICHTUNG (POLARITAET) DER MERKMALE 172 5.3.1 INNEN-
UND AUSSENGRUPPE 172 5.3.2 PHYLOGENETISCHE MERKMALSANALYSE MIT
AUSSENGRUPPENVERGLEICH, REKONSTRUKTION VON GRUNDMUSTERN 173 5.3.3
KLADISTISCHE AUSSENGRUPPENADDITION 178 5.3.4 ZUNAHME DER KOMPLEXITAET 179
J.-W. WAEGELE: GRUNDLAGEN DER PHYLOGENETISCHEN SYSTEMATIK 5.3.5 DAS
ONTOGENETISCHE KRITERIUM 179 5.3.6 DAS PALAEONTOLOGISCHE KRITERIUM 182
5.3.7 PHAENOMENOLOGISCHE BESTIMMUNG DER LESRICHTUNG VON
NUKLEINSAEURESEQUENZEN 183 6. REKONSTRUKTION DER PHYLOGENESE:
PHAENOMENOLOGISCHE VERFAHREN 185 6.1 PHAENETISCHE KLADISTIK 185 6.1.1
KODIERUNG DER MERKMALE 187 6.1.2 DAS MP-VERFAHREN DER BAUMKONSTRUKTION
189 6.1.2.1 WAGNER-PARSIMONIE 191 6.1.2.2 FITCH-PARSIMONIE 192 6.1.2.3
DOLLO-PARSIMONIE 193 6.1.2.4 ALLGEMEINE PARSIMONIE 194 6.1.2.5
NUKLEINSAEUREN UND AMINOSAEURESEQUENZEN 194 6.1.3 GEWICHTUNG IM
MP-VERFAHREN 195 6.1.4 ITERATIVE GEWICHTUNG 196 6.1.5 HOMOPLASIE 197
6.1.6 MANIPULATION DER DATENMATRIX 198 6.1.7 KLADISTISCHE REKONSTRUKTION
VON GRUNDMUSTERN 198 6.1.8 POLARISIERUNG UNGERICHTETER BAUMGRAPHEN 200
6.1.9 KLADISTISCHE STATISTIKEN UND ZUVERLAESSIGKEITSTESTS 200 6.1.9.1
KONSISTENZINDEX, KONSERVIERUNGS-INDEX, F-INDEX 201 6.1.9.2
WIEDERFINDUNGSWAHRSCHEINLICHKEITSTESTS (BOOTSTRAPPING, JACKKNIFING) 203
6.1.9.3 VERTEILUNG DER BAUMLAENGEN, RANDOMISIERUNGSTESTS 205 6.1.10 KANN
MAN MIT DEM MP-VERFAHREN HOMOLOGIEN IDENTIFIZIEREN? 206 6.1.11
FEHLERQUELLEN DER KLADISTIK 208 6.2 DIE HENNIGSCHE METHODE:
PHYLOGENETISCHE KLADISTIK, 209 6.2.1 VERGLEICH DER PHAENETISCHEN
KLADISTIK MIT DER PHYLOGENETISCHEN SYSTEMATIK (PHYLOGENETISCHE
KLADISTIK) 211 6.3 KLADISTISCHE ANALYSE VON DNA-SEQUENZEN 212 6.3.1
MODELLABHAENGIGE GEWICHTUNG 213 6.3.2 DAS ANALOGIEPROBLEM: DIE BILDUNG
POLYPHYLETISCHER GRUPPEN 215 6.3.3 DIE SYMPLESIOMORPHIEFALLE:
PARAPHYLETISCHE GRUPPEN 217 6.3.4 UMGANG MIT ALINIERUNGSLUECKEN 218 6.3.5
POTENTIELLE APOMORPHIEN 220 6.3.6 METHODE VON LAKE 221 6.4
SPLIT-ZERLEGUNG 221 6.5 SPEKTREN 223 6.5.1 GRUNDLAGEN 223 6.5.2 ANALYSE
VON SPEKTREN STUETZENDER POSITIONEN 223 6.6 KOMBINATION VON MOLEKULAREN
UND MORPHOLOGISCHEN MERKMALEN 22 6 7. PROZESSORIENTIERTE MERKMALSANALYSE
227 8. REKONSTRUKTION DER PHYLOGENESE: MODELLABHAENGIGE VERFAHREN 230 8.1
SUBSTITUTIONSMODELLE 230 8.2 DISTANZVERFAHREN 234 8.2.1 PRINZIP DER
DISTANZANALYSE 235 8.2.2 SICHTBARE DISTANZEN 236 8.2.3 VERFAELSCHENDE
EFFEKTE 238 8.2.4 EFFEKT INVARIABLER UND UNTERSCHIEDLICH VARIABLER
POSITIONEN, ALINIERUNGSLUECKEN 240 8.2.5 EFFEKT DER NUKLEOTIDVERHAELTNISSE
240 8.2.6 DISTANZKORREKTUREN 241 8.2.7 BAUMKONSTRUKTION MIT DISTANZDATEN
243 8.3 MAXIMUM LIKELIHOOD: SCHAETZUNG DER EREIGNISWAHRSCHEINLICHKEIT 244
8.4 HADAMARD KONJUGATION: HENDY-PENNY-SPEKTRALANALYSE 245 INHALT 8.5 DIE
ROLLE VON SIMULATIONEN 247 9. FEHLERQUELLEN 248 9.1 UEBERSICHT UEBER
HAEUFIGE FEHLERQUELLEN 248 9.2 KRITERIEN ZUR BEWERTUNG DER QUALITAET VON
DATENSAETZEN 250 10. PRUEFUNG DER PLAUSIBILITAET VON DENDROGRAMMEN 251 11.
DER WERT GEWONNENER ERKENNTNISSE FUER ANDERE UNTERSUCHUNGEN 260 12.
SYSTEMATISIERUNG UND KLASSIFIKATION 261 12.1 SYSTEMATISIERUNG 261 12.2
HIERARCHIE 262 12.3 FORMALE KLASSIFIKATION 262 12.4 ARTEFAKTE DER
FORMALEN KLASSIFIKATION 263 12.5 TAXONOMIE 264 12.6 EVOLUTIONAERE
TAXONOMIE 264 13. ALLGEMEINE GESETZE DER PHYLOGENETISCHEN SYSTEMATIK 266
14. ANHANG: VERFAHREN UND BEGRIFFE 267 14.1 MODELLE DER SEQUENZEVOLUTION
(VGL. KAP. 8.1) 267 14.1.1 JUKES-CANTOR-GC-)MODELL 267 14.1.2
TAJIMA-NEI-(TJN-)MODELL 268 14.1.3 KIMURAS ZWEI-PARAMETER-MODELL (K2P)
269 14.1.4 TAMURA-NEI-MODELL (TRN) 270 14.1.5 POSITIONSABHAENGIGE
VARIABILITAET DER SUBSTITUTIONSRATE 270 14.1.6 LOG-DET
DISTANZTRANSFORMATION 271 14.2 MAXIMUM PARSIMONY: DIE SUCHE NACH DER
KUERZESTEN TOPOLOGIE 272 14.2.1 KONSTRUKTION VON TOPOLOGIEN 273 14.2.2
COMBINATORIAL WEIGHTING 275 14.3 DISTANZVERFAHREN 276 14.3.1 DEFINITION
DER HAMMING-DISTANZ 276 14.3.2 TRANSFORMATION VON DISTANZEN . 276
14.3.3 ADDITIVE DISTANZEN 278 14.3.4 ULTRAMETRISCHE DISTANZEN 279 14.3.5
TRANSFORMATION VON FREQUENZDATEN IN DISTANZDATEN: GEOMETRISCHE DISTANZEN
279 14.3.6 GENETISCHE DISTANZ NACH NEI 280 14.3.7 KONSTRUKTION VON
DENDROGRAMMEN MIT CLUSTERVERFAHREN 281 14.4 KONSTRUKTION VON NETZWERKEN:
SPLIT-ZERLEGUNG 283 14.5 CLIQUE-VERFAHREN .* 286 14.6
MAXIMUM-LIKELIHOOD-VERFAHREN: ANALYSE VON DNA-SEQUENZEN 288 14.7
HADAMARD-KONJUGATION UND HENDY-PENNY-SPEKTREN 291 14.8 TEST RELATIVER
SUBSTITUTIONSRATEN (RELATIVE RATE TEST) 297 14.9 BEWERTUNG DES
INFORMATIONSGEHALTES VON DATENSAETZEN MIT HILFE VON PERMUTATIONEN ... 298
14.10 F-INDEX 300 14.11 PAM-MATRIX 301 15. VERFUEGBARE COMPUTERPROGRAMME,
INTERNETADRESSEN 302 16. LITERATUR 303 17. INDEX 316 J.-W. WAEGELE:
GRUNDLAGEN DER PHYLOGENETISCHEN SYSTEMATIK
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