CSCW in der Bioinformatik: ein objektorientiertes Groupwaresystem zur Unterstützung in der Gen- und Genomanalyse
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 7
1.1 EINFIIHRUNG. 7
1.1.1 PROTEINE ALS BAUSTEINE DES LEBENS. 8
1.1.2 NOTWENDIGKEIT DER RECHNERUNTERSTIITZUNG. 9
1.2 ZIEL DER ARBEIT. 9
1.3 AUFBAU DER ARBEIT. 10
2 HINTERGRUND: MOLEKULARE SEQUENZDATENANALYSE 12
2.1 BIOLOGISCHER HINTERGRUND. 12
2.1.1 AMINOSAUREN UND PROTEINE. 13
2.1.2 SPEICHERUNG GENETISCHER INFORMATION IM ORGANISMUS . 14
2.1.3 GENEXPRESSION UND PROTEINBIOSYNTHESE . 15
2.2 GENOMSEQUENZIERUNG: VOM ORGANISMUS ZUR GENETISCHEN INFOR
MATION . 17
2.3 SEQUENZVERGLEICH ALS ANALYSEMETHODE. 19
2.4 MOLEKULARBIOLOGISCHE DATENSAMMLUNGEN . 20
2.4.1 NUKLEINSAUREDATENBANKEN. 21
2.4.2 PROTEINSEQUENZDATENBANKEN. 23
2.4.3 SPEZIALISIERTE DATENBANKEN. 26
3 CSCW IN DER BIOLOGIE: ANFORDERUNGEN UND EXISTIERENDE ANSATZE 27
3.1 DAS FORSCHUNGSGEBIET RECHNERGESTUTZTE GRUPPENARBEIT. 27
3.1.1 COMPUTER SUPPORTED COOPERATIVE WORK - CSCW. 27
3.1.2 CSCW UND GROUPWARE. 29
3.1.3 INTERDISZIPLINARITAT VON CSCW. 31
3.1.4 KLASSIFIZIERUNG VON CSCW-SYSTEMEN. 32
3.2 GRUPPEN IN DER GEN- UND GENOMANALYSE. 34
3.2.1 DEFINITIONEN . 34
3.2.2 WARNING EINER PROTEINSEQUENZDATENBANK. 35
3.2.3 SYSTEMATISCHE GENOMSEQUENZIERUNGSPROJEKTE. 40
3.2.4 ANALYSE KOMPLETTER GENOME. 43
4
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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INHALTS VERZE1CHNIS
3.2.5 SYSTEMATISCHE FUNKTIONSANALYSEPROJEKTE
.
3.3 ANWENDUNGSSZENARIEN .
3.3.1 DIE WISSENSCHAFTLICHE ARBEITSGRUPPE MIPS .
3.3.2 WARTUNG EINER PROTEINSEQUENZDATENBANK . . . .
3.3.3 LITERATURVERWALTUNG.
3.4 ANFORDERUNGEN AN EIN CSCW-SYSTEM.
3.4.1 ALLGEMEINE ANFORDERUNGEN .
3.4.2 SPEZIELLE ANFORDERUNGEN.
3.5 EXISTIERENDE ANSATZE.
3.5.1 SYSTEME ZUR MOLEKULAREN SEQUENZDATENANALYSE
3.5.2 DISKUSSION.
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67
4 ENTWURF EINES GROUPWARESYSTEMS FUR DIE GEN- UND GENOMANALYSE
4.1 DATENHALTUNG.
4.1.1 VERTEILTE DATENHALTUNG.
4.1.2 FEHLERMOGLICHKEITEN IN VERTEILTEN SYSTEMEN.
4.1.3 EINGESETZTE STRATEGIC DER VERTEILTEN DATENHALTUNG.
4.2 NEBENLAUFIGKEITSKONTROLLE.
4.2.1 ALLGEMEINE BETRACHTUNG.
4.2.2 EINGESETZTE STRATEGIEN ZUR NEBENLAUFIGKEITSKONTROLLE . . .
4.3 DATENVERWALTUNG.
4.3.1 REDUZIERUNG DER KOMPLEXITAT.
4.3.2 DATENBANKKOMPONENTE.
4.4 DATENZUGRIFF.
4.4.1 KOMMUNIKATIONSSCHICHT.
4.4.2 DER STANDARD CORBA .
4.5 INFRASTRUKTUR DES GROUPWARESYSTEMS.
4.6 AUTOMATISIERTER DATENIMPORT.
4.7 AWARENESS.
4.8 AUSGEWAHLTE APPLIKATIONEN.
4.8.1 ZENTRALE LITERATURVERWALTUNG.
4.8.2 SPEZIALISIERTE LITERATURVERWALTUNG.
4.8.3 MANAGEMENT VON PROTEINSEQUENZEN.
4.8.4 SYSTEMATISCHE GENOMSEQUENZIERUNGSPROJEKTE.
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106
5 REALISIERUNG DES ENTWORFENEN GROUPWARESYSTEMS
5.1 DATENBANKKOMPONENTE.
5.1.1 PERSISTENTER SPEICHER.
5.1.2 VERWALTUNGSINSTANZ.
5.1.3 KONTROLLINSTANZ.
5.1.4 ZUGRIFFSDIENST.
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120
5
INHALTSVERZEICHNIS
5.2 KOMMUNIKATIONSSCHICHT .120
5.2.1 CORBA.121
5.2.2 RPC.122
5.3 INFORMATIONSWANDLER.125
5.3.1 IMPORTEINHEIT.125
5.3.2 AUFBEREITUNGSEINHEIT.126
5.3.3 INTEGRATIONSEINHEIT.127
5.3.4 MANUELLE BEARBEITUNGEN.128
5.4 AWARENESS.129
5.5 AUSGEWAHLTE APPLIKATIONEN.130
5.5.1 LITERATURVERWALTUNG.130
5.5.2 MANAGEMENT VON PROTEINSEQUENZEN.134
5.5.3 GENOMSEQUENZIERUNGSPROJEKTE.142
6
EINSATZ UND EMPIRISCHE AKZEPTANZANALYSE DES PROTOTYPISCHEN GROUP-
WARESYSTEMS 145
6.1 EINSATZ DES PROTOTYPISCHEN GROUPWARESYSTEMS.145
6.2 DATENERHEBUNG .146
6.2.1 EMPIRISCHE SOZIALFORSCHUNG.146
6.2.2 DATENERHEBUNGSTECHNIKEN .147
6.2.3 THEORETISCHE GRUNDLAGEN FUR BEFRAGUNGEN.148
6.2.4 EINGESETZTE BEFRAGUNGSART.153
6.3 HYPOTHESEN.354
6.4 DURCHGEFIIHRTE BEFRAGUNG.154
6.5 ERGEBNISSE DER BEFRAGUNG.155
6.5.1 EINLEITUNGSFRAGEN 1 BIS 5.155
6.5.2 SACH-UND KONTROLLFRAGEN 6A BIS 12B.156
6.5.3 FRAGEN ZUR PERSON 13 BIS 22.159
6.6 DISKUSSION DER ERGEBNISSE.160
6.6.1 GRUPPENZUSAMMENSETZUNG.160
6.6.2 BEWERTUNG DER HYPOTHESEN.161
6.6.3 ZUSAMMENFASSUNG.163
7 ZUSAMMENFASSUNG UND AUSBLICK 164
7.1 ZUSAMMENFASSUNG.164
7.2 AUSBLICK.166
A FRAGEBOGEN GROUPWARE 170
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