Physikalische und genetische Kartierung des Chromosoms und der chromosomalen, plasmidhomologen Sequenzen von Coxiella burnetii sowie die Entwicklung und Anwendung von PCR-Verfahren in der molekularen Diagnostik:
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Aachen
Shaker
2001
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| adam_text | Inhaltsverzeichnis
1 einleitung 3
2 schrifttum. 5
2.1 Allgemeine Grundlagen zur Organisation und Struktur von Genomen 5
2.1.1 Genom Größe 5
2.1.2 Genom Komplexität 5
2.1.2.1 Repelitive DNA Elemente 7
2.1.3 Genom Struktur 8
2.2 Allgemeine Grundlagen zur Kartierung 8
2.2.1 Kartierungs Strategien 9
2.2.1.1 Physikalische Kartierung 12
2.2.1.1.1 Bottom Up Strategie 12
2.2.1.1.2 Top Down Strategie 13
2.2.2 Kartierungs Methoden 13
2.2.2.1 Restriktionsfragment Kartiening 13
2.2.2.2 „Sequence tagged sites 13
2.2.2.3 Jumping Bibliotheken 14
2.2.2.4 ••Lraking Bibliotheken 14
2.3 COXIELLA BURNETII 14
2.3.1 Das Genom von C. burnetii 14
2.3.2 Funktionen exphmierte C. burnetü Gene. 17
3 METHODEN 23
4 ERGEBNISSE 24
4.1 Physikalische und genetische Kartierung von C. burnetii 24
4.1.1 Kartierungs Strategie 24
4.1.2 Pulsfeld Gelelektrophorese 25
4.1.3 Auswertung der Sequenzdaten 25
4.1.4 Offene Leserahmen 26
4.1.5 Hybridisierung 28
4.1.6 Adapter PCR als Alternative zur Hybridisierung. 29
4.1.7 XL PCR zur Differenzierung von Doppelfragmenten 30
4.1.8 PCR 30
4.1.8.1 Schachbrett PCR 30
4.1.8.2 Adapter PCR 30
4.1.9 Physikalische Karte des C. burnetii Chromosoms. 31
4.1.10 Genetische Karte des C. burnetii Chromosoms 32
4.2 Plasmid homologe Sequenzen im Chromosom von C. burnetii ScurryQ217 33
4.3 Diagnostische PCR (Transposon PCR) 35
4.3.1 Bestimmung der Sensitivität. 35
4.3.2 Oberprüfung der Spezißtät 35
4.3.3 Überprüfung der Spezies Spezifität der Transposon PCR 36
4.3.4 Nachweis von C. burnetii in Kuhmilch 38
4.3.5 Nachweis von C. burnetii in natürlichen Milchproben 38
4.4 Restriktions Fragment Längen Polymorphismus(RFLP) 38
5 diskussion ~ 40
5.1 Physikalische Kartierung 40
5.1.1 Pulsfeld Gel Elektrophorese 40
5.1.2 Kartierungs Strategie 41
5.1.3 Adapter PCR 42
5.1.4 Schachbrett PCR 42
5.2 Genetische Kartierung 43
5.2.1 C. burnetii Protein Homologien 43
5.2.2 Ursprung der Replikation (oriC) von C. burnetii 44
5.2.3 Kartierung weiterer C. burnetü Gene 45
5.3 RESTRIKTIONS FRAGMEKT LÄNGEN POLYMORPHISMUS (RFLP) 46
1
Inhaltsverzeichnis
5.4 Chromosomale, plasmid homologe Sequenzen 48
5.5 diagnostische PCR (Transposon PCR) 49
6 ZUSAMMENFASSUNG 52
7 SUMMARY 54
8 LITERATURVERZEICHNIS 56
ANHANG 69
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