Taxonomisch-systematische Untersuchungen an Avocado (Persea americana spp.) mit Hilfe molekularer Marker:
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Stuttgart
Grauer
2000
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Titel: Taxonomisch-systematische Untersuchungen an Avocado (Persea americana spp.) mit Hilfe molekularer Ma
Autor: Fiedler, Jan
Jahr: 2000
Inhaltsverzeichnis
Abkürzungsverzeichnis m
1 Einleitung 1
1.1 Allgemeines zur Avocado (Persea americana Mfll.) 1
1.1.1 Verbreitung und Produktion 1
1.1.2 Ökotypen und ihre Eigenschaften 4
1.1.3 Geschichte, mögliche Herkunft und geographische Verbreitung 7
1.2 Taxonomie von Persea 10
1.2.1 Historische Entwicklung 10
1.2.2 Gegenwärtige Klassifizierungen innerhalb von Persea americana 11
1.3 Taxonomie und molekulare Systematik 13
1.3.1 Numerische Taxonomie und Klassifizierung 13
1.3.2 Taxonomie und Klassifizierung mit molekularen Markern 15
1.4 Problemstellung und Ziele 22
2 Material und Methoden 23
2.1 Pflanzenmaterial 23
2.1.1 Herkunft 23
2.1.2 Blattkonservierung 28
2.2 DNA-Isolierung 29
2.2.1 Aufarbeitungsmethoden 29
2.2.2 Remigungsschritte während oder nach der DNA-Isolierung 31
2.2.3 Bestimmung des DNA-Gehaltes 33
2.3 Untersuchungen mittels der RAPD-Methode 33
2.3.1 Nucleotidsequenzen 33
2.3.2 Optimierung des Thermocyclertemperaturprofils für RAPD-Ansätze 33
2.3.3 RAPD-Ansatz 34
2.3.4 Gelelektrophorese und Weiterbearbeitung 35
2.3.5 Auswertung 36
2.4 NTS-Unt ersuchungen 37
2.4.1 Optimienmg von PCR-Parametera 37
2.4.2 PCR-Ansatz für NTS 38
2.4.3 Gelelektrophorese 38
2.4.3.1 Agarosegelelektrophorese 38
2.4.3.2 Polyacrylarmdgelelektrophorese (PAGE) 38
2.4.4 Detektkrungs- bzw. Anfärbetechniken 42
2.4.5 Auswertung 44
2.5 Nucleotidsequenzierung 44
2.5.1 Probenvorbereitung 44
2.5.2 Sequenzierreaktion 46
2.5.3 Sequenzierung mit ALF 47
2.5.4 Auswertung 47
Ergebnisse
48
3.1 Blattkonservierungsverfahren 48
3.2 DNA-Isolierung 48
3.2.1 Aufarbeitungsmethoden 48
3.2.2 Reinigungsschritte während oder nach der DNA-Isolierung 51
3.3 Untersuchungen mittels der RAPD-Methode 51
3.3.1 Primerscreening 51
3.3.2 RAPD- Analyse 52
3.3.2.1 RAPD-Marker 53
3.3.2.2 Clusteranalysen 57
3.4 NTS-Untersuchungen 63
3.4.1 Optimierung von PCR-Parametern 63
3.4.2 Gelelektrophorese 63
3.4.2.1 Agarosegelelektrophorese 63
3.4.2.2 Polyacrylamidgelelektrophorese (PAGE) 65
3.4.3 Detektions- bzw. Anfärbetechniken 66
3.4.4 NTS-Längenvariation der 5S rDNA 67
3.5 Nucleotidsequenzierung 79
4 Diskussion 82
4.1 Blattkonservierungsverfahren 82
4.2 DNA-Isolierung 84
4.2.1 Besonderheiten der Aufarbeitungsmethoden 84
4.2.2 Vergleich der DNA-Ausbeuten 85
4.2.3 Reinigungsschritte während oder nach der DNA-Isolierung 86
4.3 Untersuchungen mittels der RAPD-Methode 88
4.3.1 Optimierung der Methode 88
4.3.2 Sortendifferenzierung und Identifizierung des Ökotyps mh RAPD-Markem 92
4.3.3 Systematik und genetische Similarität 94
4.4 NTS-Untersuchungen 97
4.4.1 NTS und PAGE-Methodik 98
4.4.2 Ökotypidentifizierung 99
4.4.3 Ökotypidentifizierung mh verschiedenen Methoden 100
4.4.4 Klassifizierungen von P. americana im Vergleich 104
4.4.5 Sequenzierung der NTS-Längen 106
4.5 Perspektiven und Ausblick 110
5 Zusammenfassung 112
6 Literaturverzeichnis 114 |
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