Kartierung von QTL in einer Fünfrassenkreuzung beim Schwein:
Gespeichert in:
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| Sprache: | Undetermined |
| Veröffentlicht: |
Kiel
Inst. für Tierzucht und Tierhaltung d. Agrar- und Ernährungswiss. Fak. d. Univ.
1999
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| adam_text | Titel: Kartierung von QTL in einer Fünfrassenkreuzung beim Schwein
Autor: Fabuel Peñalver, Estela
Jahr: 1999
Inhaltsverzeichnis
Verzeichnis der Abkürzungen
Verzeichnis der Tabellen
Verzeichnis der Abbildungen
Verzeichnis der Übersichten
1. Einleitung 1
2. Literatur 3
2.1. DNA-Marker 3
2 11 Eigenschaften und Anwendungen 3
2.1.2. Restriktionsfragment-Längenpolymorphismus(RFLP) 4
2.1.3. Minisatelliten und Mikrosatellitenmarker 5
2.1.4. Andere polymorphe genetische Marker 6
2.2. Genetische Karten 6
2.2.1. Kopplungsanalyse 7
2.2.1.1. Schätzung der Rekombinationsrate 7
2.2.1.2. Besonderheiten beim Schwein 8
2.2.2. Stand der porcinen Kopplungskarten 9
2.3. QTL-Kartierung 11
2.3. J. Experimentelle Grundlagen 11
2.3.2. Methoden der QTL-Lokalisierung und Parameterschatzungen 13
233 Kandidatengene 6
2.3.4. Stand der QTL-Kartierung beim Schwein 7
3. Nutzanwendungen bei Zuchtprogrammen 2j
3 1 Material und Methode 25
32. Tiere 25
3 3. Merkmale 26
3 3 Materialien für die Laboruntersuchungen *-
3.3.1. Chemikalien, Enzyme und Verbrauchsmaterial 2^
332 Puffer und Lösungen 30
3.3.3. Geräte
3.5. DNA-Lysate aus Vollblut
3.5. Milcrosatellitentypisierung
3.5.1 Polymerase-Kettenreaktion (PCR)
3.5.2. Elektrophorese
3.5.3. Fragmentlängenbestimmung und Genotypisierung
3.6. Ryrl- und /W-RFLP-Darsteüung
3.7. Bestimmung des iW-Genotyps
38. Statistische Auswertung
3.8.1. Berechnung des Polymorphiegrades
3.8.2. Datenbank
3.83. Kopplungsanalyse
38.4. QTL-Analyse
4.1 Ergebnisse
41. Ergebnisse der Typisierungen
4.1.1. Allelgrößen und Polymorphiegehalt der Mikrosate
4.1.2. MHS-Test
4.1.3. / ///-Genotypen
4.1 4 /W-Genotypen
4.2. Ergebnisse der Kopplungsanalyse
4.3. Ergebnisse der statistischen Analyse
4.3.1. QTL-Übertragungswahrscheinlichkeit
4.3.2. QTL-Ergebnisse
5 Diskussion
5.1. Tiere
5.2. Genotypen
5.2.1. Auswahl der Mikrosatellitenmarker und Gene
523. Analyse der Mikrosatellitenmarker
5.2 4 Polymorphiegehalt
5.3. ÄV-Genotypen
5.3. Genetische Kartierung
31
32
32
34
36
36
37
40
40
42
42
43
44
48
48
48
52
52
52
53
62
62
65
71
71
72
72
74
75
75
76
5 4 Angewendete statistische Methode 80
5 5 QTL-Effekte 82
5 6. Allgemeine Diskussion 84
6. Zusammenfassung 86
1. Summary °°
8. Literaturverzeichnis ^0
Anhang n0
Verzeichnis der Tabellen
Tabelle 1: Signifikanzniveaus bei der QTL-Kartierung mit 15
korrespondierenden Null- und Altemativhypothesen
Tabelle 2: Familienstruktur: Anzahl der Nachkommen für jeden Eber und 25
jede Sau
Tabelle 3: Mittelwerte und Standardabweichungen für Merkmale der 26
Mastleistung
Tabelle 4. Mittelwerte und Standardabweichungen für Merkmale des 26
Schlachtkörperwertes und der Fleischbeschaffenheit
Tabelle 5: Mittelwerte und Standardabweichungen der Exterieur-Merkmale 28
Tabelle 6: Primersequenzen der Mikrosatellitenmarker 33
Tabelle 7: Standard-PCR-Programm 34
Tabelle 8: Reaktionsgemisch einer 15 ul PCR 34
Tabelle 9: PCR-Bedingungen und Markerqualität der verwendeten 35
Mikrosatelliten
Tabelle 10: Reaktionsgemisch der 20 ul RyrJ-PCR und der 10 ul Pitt-PCR 38
Tabelle 11 PCR-Programm für Ryrl und Pitl 3 8
Tabelle 12 Berücksichtige Effekte für die Residuenschätzung 46
Tabelle 13: Multiplex-Gruppe und ihre PCR-Bedingungen (Annealing- 49
Temperatur und Anzahl Zyklen) der typisierten Mikrosatelliten-
Loci
Tabelle 14: Fragmentlängen (in bp) der Allele der typisierten Mikrosatelliten- 50
Loci
Tabelle 15: Anzahl AJlele, Heterozygotiegrad (H) und PIC-Wert bei den 51
Eltemtieren für die untersuchten Mikrosatelliten-Loci
Tabelle 16: Ergebnisse der Kopplungsanalyse 54
Tabelle 17: Unterschiede in den geschlechtsspezifischen Rekombinations-raten 35
für jedes Marker-fntervali
Tabelle 18: Anzahl der informativen Nachkommen für al!e Markerpaare auf 62
den Chromosomen
Tabelle 19: Maximum F-Wert, Karten-Position und Irrtums-wahrscheinlichkeit 65
(Chromosom- und experimentweit) für die Fleischbeschaffenheits-
Merkmale
Tabelle 20: Maximum F-Wert, Karten-Position und Irrtumswahrscheinlichkeit 67
(Chromosom- und experimentweit) für die Schlachtkörperwert-
Merkmale
Tabelle 21 Maximum F-Wert, Karten-Position und Irrtumswahrscheinlichkeit 69
(chromosom- und experimentweit) für die Exterieur-Merkmaie
Tabelle 22: Abfolge der untersuchten Markerloci in kombinierten Karten mit 78
Abständen in cM nach Kosambi
Tabelle 23 Vorkommen der Mikrosatelliten-Allele in Vater- und Mutterlinien 110
Tabelle 24: Anzahl Nachkommen, RN und .R r/-Genotypen der Eber 111
Tabelle 25: Maximaler F-Wert, F-Schwellenwert sowie chromosomweit- und 11 1
experimentweite Irrtumswahrscheinlichkeiten für die untersuchten
Merkmalen
Verzeichnis der Abbildungen
Abbildung 1: Kopplung zwischen einem Marker-Locus und einem QTL 11
Abbildung 2: Genotypische Effekte der QTL 12
Abbildung 3: Beispiel für die mögliche Verteilung eines Merkmals in 14
Abhängigkeit vom QTL-Genotyp. reben dem Mittelwert
unterscheiden sich auch die Varianzen.
Abbildung 4 Darstellung der Mikrosatelliten Sw25I5 (88-106 bp), Svvr3l2 37
(126-144 bp) und Sw964 (219-245 bp) im Elektropherogramm
Abbildung 5. Fragmentmuster der Genvarianten des Ryrl-Gem 39
Abbildung 6: Fragmentmuster der Pnl-Hsa Genotypen 39
Abbildung 7 Ablaufschema der QTL-Untersuchung 41
Abbildung 8: Schätzung der Übertragungswahrscheinlichkeit 43
Abbildung 9: Verteilung des Giykogengehaltes im Muskel iongissimus dorsi 24 53
Stunden p.m. bei den Nachkommen der heterozygoten Eber
Abbildung 10: Weibliche, kombinierte und mannliche Karte des Chromosoms 4 56
Abbildung 11 Weibliche, kombinierte und männliche Karte des Chromosoms 6 57
Abbildung 12: Weibliche, kombinierte und männliche Karte des Chromosoms 7 58
Abbildung 13:
Abbildung 14:
Abbildung 15:
Abbildung 16:
Abbildung 17:
Abbildung 18:
Abbildung 19:
Abbildung 20:
Abbildung 21:
Weibliche, kombinierte und männliche Karte des Chromosoms 13 59
Weibliche, kombinierte und männliche Karte des Chromosoms 14 60
Weibliche, kombinierte und männliche Karte des Chromosoms 15 61
Informationsgehalt der Marker auf den Chromosomen 4, 6 und 7 63
Informationsgehalt der Marker auf den Chromosomen 13, 14 und 64
15
Verlauf der Teststatistik (F-Test) für die Chromosomen 6 (a,b) 66
und 15 (c)
Verlauf der Teststatistik (F-Test) für das Chromosom 13 68
Verlauf der Teststatistik (F-Test) für die Chromosomen 4 (a), 6 70
(b) und 13 (c)
Vergleich verschiedener männlichen RiV-Gen-Kartierung 79
Verzeichnis der Übersichten
Übersicht!: Genomkartierungsprojekte der drei Forschergruppen 10
Übersicht 2: Kartierte genetische Marker bei den drei Forschergruppen nach 10
ARCHIBALD und HaLEY (1998)
Übersicht 3: Untersuchte Kandidatengene für Leistungsmerkmale beim 20
Schwein
Übersicht 4 Position und Effekte signifikanter QTL für Leistungsmerkmale 19
beim Schwein
Übersicht 5: Lokalisierte QTL für Fleischbeschaffenheitsmerkmaie beim 21
Schwein
Übersicht 6: Lokalisierte QTL für Reproduktionsmerkmale beim Schwein 22
Übersicht 7: Erfaßte Merkmale des Schlachtkörperwertes und der 27
Fleischbeschaffenheit sowie deren Meßposition
Übersicht 8: Erfaßte Exterieur-Merkmaie und ihre Beurteilungsysteme 28
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| spelling | Fabuel Peñalver, Estela 1970- Verfasser (DE-588)121804186 aut Kartierung von QTL in einer Fünfrassenkreuzung beim Schwein vorgelegt von Estela Fabuel Peñalver Kiel Inst. für Tierzucht und Tierhaltung d. Agrar- und Ernährungswiss. Fak. d. Univ. 1999 116 S. graph. Darst. txt rdacontent n rdamedia nc rdacarrier Institut für Tierzucht und Tierhaltung <Kiel>: Schriftenreihe des Instituts für Tierzucht und Tierhaltung der Christian-Albrechts-Universität Kiel 115 Zugl.: Kiel, Univ., Diss., 1999 QTL (DE-588)4411159-9 gnd rswk-swf Genkartierung (DE-588)4123274-4 gnd rswk-swf Kreuzung Biologie (DE-588)4165663-5 gnd rswk-swf Schwein (DE-588)4053848-5 gnd rswk-swf Hybride (DE-588)4026279-0 gnd rswk-swf (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content Schwein (DE-588)4053848-5 s Kreuzung Biologie (DE-588)4165663-5 s QTL (DE-588)4411159-9 s Genkartierung (DE-588)4123274-4 s DE-604 Hybride (DE-588)4026279-0 s Institut für Tierzucht und Tierhaltung <Kiel>: Schriftenreihe des Instituts für Tierzucht und Tierhaltung der Christian-Albrechts-Universität Kiel 115 (DE-604)BV000002013 115 HBZ Datenaustausch application/pdf http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&local_base=BVB01&doc_number=008841592&sequence=000002&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA Inhaltsverzeichnis |
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