Die Pyruvat-Formiat-Lyase B von Escherichia coli: genetische und biochemische Untersuchungen
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1996
|
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| Online-Zugang: | Inhaltsverzeichnis |
| Beschreibung: | München, Univ., Fak. für Biologie, Diss., 1997 |
| Beschreibung: | 136 S. Ill., graph. Darst. |
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INHALTSVERZEICHNIS
EINLEITUNG
1
I
.
DER
ENERGIESTOFFWECHSEL
VON
ESCHERICHIA
COLI:
1
II.
HIERARCHISCHE
KONTROLLE
DES
ENERGIESTOFFWECHSELS
3
III.
PYRUVAT-STOFFWECHSEL
UND
PYRUVAT
FORMIAT-LYASE
4
IV.
DER
SERIN
UND
THREONIN-KATABOLISMUS
VON
ESCHERICHIA
COLI
8
V.
DAS
TDC-SYSTEM
VON
ESCHERICHIA
COLI
10
MATERIAL
UND
METHODEN
12
1.
MIKROBIOLOGISCHE
METHODEN
12
1.1.
BAKTERIENSTAEMME,
PLASMIDE
UND
BAKTERIOPHAGEN
12
1.2.
NAEHRMEDIEN
UND
PUFFER
14
1.3.
ANZUCHTBEDINGUNGEN
16
2.
MOLEKULARBIOLOGISCHE
METHODEN
16
2.1.
ISOLIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
16
2.1.1.
CHROMOSOMALE
DNA
16
2.1.2.
PLASMID-DNA
16
2-1-3
DNA
DES
PHAGEN
X
2.1.4.
ISOLIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
AUS
AGAROSEGELEN
17
2.1.5.
ISOLIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
NACH
AMPLIFIZIERUNG
MIT
HILFE
17
DER
POLYMERASEKETTENREAKTION
(PCR)
2.1.6.
ISOLIERUNG
VON
GESAMT-RNA
17
2.1.7.
REINIGUNG
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
17
2.2.
QUANTITATIVE
BESTIMMUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
18
2.3.
KLONIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
18
2.3.1.
ENZYMATISCHE
IN
VITRO-REAKTIONEN
AN
DNA
18
2.3.2.
TRANSFORMATION
VON
E.
COLI-ZELLEN
18
2.4.
IN
VITRO-MARKIERUNG
VON
DNA
18
2.5.
PRIMER
EXTENSION
19
2.6.
AMPLIFIZIERUNG
VON
DNA
DURCH
DIE
POLYMERASEKETTENREAKTION
(PCR)
19
2.7.
DNA-SEQUENZIERUNG
20
2.8.
HYBRIDISIERUNGSTECHNIKEN
20
2.8.1.
DNA/DNA-HYBRIDISIERUNG
20
2.8.2.
DNA/RNA-HYBRIDISIERUNG
20
2.8.3.
KOLONIE-HYBRIDISIERUNG
21
3.
ELEKTROPHORETISCHE
TRENNMETHODEN
21
3.1.
ELEKTROPHORESE
VON
DNA
IN
AGAROSEGELEN
21
3.2.
ELEKTROPHORESE
VON
DNA
IN
HAMSTOFF-POLYACRYLAMIDGELEN
22
3.3.
ELEKTROPHORESE
VON
PROTEINEN
IN
DENATURIERENDEN
POLYACRYLAMIDGELEN
22
3.4.
ELEKTROPHORESE
VON
RNA
IN
FORMALDEHYD-AGAROSEGELEN
22
4.
PHYSIOLOGISCHE
METHODEN
23
4.1.
QUALITATIVER
TEST
AUF
GASBILDUNG
23
4.2.
BESTIMMUNG
DER
PYRUVAT
FORMIAT-LYASE
AKTIVITAET
23
5.
IMMUNOLOGISCHE
METHODEN
23
5.1.
GEWINNUNG
EINES
POLYKLONALEN
ANTI-PFLA-ANTISERUMS
23
5.2.
IMMUNOBLOTANALYSEN
23
6.
ANALYSE
ORGANISCHER
SAEUREN
MIT
HILFE
VON
HPLC
24
7.
EXPRESSION
PLASMID-CODIERTER
GENE
IN
E.
COLI
24
7.1.
EXPRESSION
UNTER
DER
KONTROLLE
DES
ZAC-PROMOTORS
UND
RADIOAKTIVE
MARKIERUNG
DER
PRODUKTE
MIT
HILFE
DES
YYMINI-CELT-SYSTEMS
24
7.2.
EXPRESSION
UEBER
DAS
T7-PROMOTOR-POLYMERASE
SYSTEM
25
8.
REINIGUNG
DER
PYRUVAT
FORMIAT-LYASE
A
25
9.
PROTEINBESTIMMUNG
26
10.
COMPUTERUNTERSTUETZTE
ANALYSEN
VON
DNA
UND
PROTEINSEQUENZEN
26
11.
LISTE
DER
VERWENDETEN
OLIGONUKLEOTIDE
26
12.
BEZUGSQUELLEN
BESONDERER
ENZYME
UND
CHEMIKALIEN
27
13.
LISTE
DER
VERWENDETEN
DNA
UND
PROTEINSEQUENZEN
MIT
DEREN
ACCESSION-NUMMERN
DER
VERSCHIEDENEN
DATENBANKEN
28
ERGEBNISSE
29
1.
IDENTIFIZIERUNG
DER
PYRUVAT
FORMIAT-LYASE
B
29
1.1.
EVIDENZIEN
FUER
EINE
ZWEITE
PYRUVAT
FORMIAT-LYASE,
PFLB,
AUS
E.
COLI
29
UND
DEREN
INDUKTION
DURCH
PMULO
AUS
CLOSTRIDIUM
BUTYRICUM
1.2.
ANALYSE
DER
NUKLEOTIDSEQUENZ
VON
PMU
10
31
1.2.1.
STRUKTURELLE
EIGENSCHAFTEN
DES
PMU
1
0-INSERTS
31
1.2.2.
HOMOLOGIEUNTERSUCHUNGEN
AN
TCBA,
TCBB
UND
TCBC
33
AUS
C.
BUTYRICUM
1.3.
AUSWIRKUNGEN
EINZELNER
BEREICHE
VON
PMU
10
34
AUF
DIE
PFLB-SYNTHESE
1.4.
NACHWEIS
DER
INDUKTION
DER
PFLB-SYNTHESE
IN
E.
COLI
DURCH
DAS
37
TCBC-PROTEIN
AUS
C.
BUTYRICUM
1.5.
IDENTIFIZIERUNG
DES
P/ZB-GENS
IN
E.
COLI
40
1.5.1.
AMPLIFIZIERUNG
EINES
P/ZB-GENFRAGMENTS
41
1.5.2.
KLONIERUNG
UND
SEQUENZANALYSE
DES
PCR-PRODUKTS
44
1.5.3.
KLONIERUNG
EINES
P/ZB-GENFRAGMENTS
AUS
DEM
45
MC4100-DERIVAT
RM202
1.6.
LOKALISIERUNG
DES
P/ZB-GENS
AUF
DEM
E.
COZI-CHROMOSOM
47
1.7.
KLONIERUNG
EINES
P/ZB-GENFRAGMENTS
AUS
DEM
49
REKOMBINANTEN
PHAGEN
514
(8F8)
2.
KLONIERUNG,
SEQUENZIERUNG
UND
COMPUTERGESTUETZTE
50
ANALYSE
DER
P/ZB-REGION
AUS
E.
COLI
MC4100
UND
W3110
2.1.
KLONIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
DER
P/ZB-GENREGION
AUS
DEM
50
PHAGEN
514
(8F8)
2.1.1.
KLONIERUNG
DER
P/ZB-REGION
AUS
DEM
X-PHAGEN
514
(8F8)
^0
2.1.2.
BESTIMMUNG
DER
NUKLEINSAEURESEQUENZ
DER
PLASMIDE
PD2
UND
PD3
51
2.2.
ANALYSE
DER
NUKLEOTIDSEQUENZ
DER
P/ZB-REGION
AUS
W3
110
52
2.2.1.
STRUKTURELLE
EIGENSCHAFTEN
VON
PD3
52
2.2.2.
HOMOLOGIEUNTERSUCHUNGEN
UND
IDENTIFIZIERUNG
53
EINES
IS5-INSERTIONSELEMENTS
2.3.
KLONIERUNG
UND
SEQUENZIERUNG
DERP/ZB-GENREGION
AUS
DEM
56
MC4100-DERIVAT
RM220
2.3.1.
KLONIERUNG
EINER
UMFASSENDEN
P/ZB-REGION
57
DURCH
KOLONIEHYBRIDISIERUNG
2.3.2.
SEQUENZIERUNGSSTRATEGIE
57
2.4.
ANALYSE
DER
NUKLEOTIDSEQUENZ
DER
P/ZB-REGION
AUS
MC4100
58
2.4.1.
STRUKTURELLE
EIGENSCHAFTEN
DER
P/ZB-REGION
59
2.4.2.
IDENTIFIZIERUNG
DES
FCFC-OPERONS
61
2.5.
COMPUTERGESTUETZTE
ANALYSE
DER
P/ZB-REGION
AUS
62
E.
COZI
W3110UNDMC4100
2.5.1.
UEBERBLICK
UEBER
DIE
LOKALISIERUNG
DES
P/ZB-GENS
IN
DER
62
68
MIN-REGION
DER
E.
COZZ-STAEMME
MC4100
UND
W3110
2.5.2.
VERGLEICH
DER
AMINOSAEURESEQUENZEN
VON
PFLA,
PFLB
UND
64
ANDEREN
PFL-PROTEINE
2.5.3.
IDENTIFIZIERUNG
DES
ACETATKINASE-HOMOLOGS
ACKB
67
2.5.4.
HOMOLOGIEUNTERSUCHUNGEN
MIT
DEN
ABGELEITETEN
70
AMINOSAEURESEQUENZEN
DES
YHAR-GMS
2.5.5.
IDENTIFIZIERUNG
EINES
SERIN-DEAMINASE-HOMOLOGS
72
2.5.6.
HOMOLOGIEVERGLEICH
ZWISCHEN
VERSCHIEDENEN
SERIN-UND
74
THREONIN-TRANSPORTPROTEINEN
3.
DIE
ROLLE
DER
PYRUVAT
FORMIAT-LYASE
B
IM
ANAEROBEN
74
SERIN
UND
THREONIN-KATABOLISMUS
VON
E.
COLI
3.1.
TRANSKRIPTIONELLE
REGULATION
DER
EXPRESSION
DES
P/ZB-GENS
74
DURCH
THREONIN
3.1.1.
P/ZB-SPEZIFISCHE
,
NORTHERN
BLOT
"
-ANALYSE
75
3.1.2.
YYSLOT
BLOT
"
-ANALYSEN:
76
TRANSKRIPTIONELLE
REGULATION
DES
P/ZB-GENBEREICHS
DURCH
THREONIN
3.1.3.
,
PRIMER
EXTENSION
"
-ANALYSE
DER
THREONIN-INDUKTION
78
3.2.
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
PFLB-EXPRESSION
AUF
PROTEIN-EBENE
79
3.3.
PHYSIOLOGISCHE
UNTERSUCHUNGEN
ZUM
ANAEROBEN
81
THREONIN-KATABOLISMUS
3.3.1.
PHYSIOLOGIE
DES
ANAEROBEN
WACHSTUMS
IN
ABHAENGIGKEIT
VON
THREONIN
82
3.3.2.
NACHWEIS
DER
PROPIONATBILDUNG
AUS
THREONIN
87
4
.
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
ROLLE
DES
TCBC-PROTEINS
AUS
91
C.BUTYRICUM
IN
DER
TRANSKRIPTIONELLEN
AKTIVIERUNG
DES
PFLB-GENS
4.1.
IDENTIFIZIERUNG
DES
TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTS
DES
TCBC-GENS
91
4.2.
SPEZIFISCHE
SYNTHESE,
UEBERPRODUKTION
UND
MARKIERUNG
DES
93
TCBC-GENPRODUKTS
4.2.1.
UEBEREXPRESSION
UND
MARKIERUNG
IM
ZAC-PROMOTOR-SYSTEM
93
4.2.2.
UEBEREXPRESSION
UND
MARKIERUNG
IM
95
T7-PROMOTOR-POLYMERASE-SYSTEM
4.3.
NACHWEIS
DER
TRANSKRIPTIONELLEN
AKTIVIERUNG
DES
P/ZSS-GENS
96
DURCH
DAS
RCBC-GENPRODUKT
AUS
C.
BUTYRICUM
4.3.1.
DER
EINFLUSS
DES
TCBC-PROTEINS
AUF
DIE
TRANSKRIPTION
VON
96
MITGLIEDERN
DES
ERWEITERTEN
RZFC-OPERONS
IN
E.
COLI
4.3.2.
DIE
ROLLE
DES
TCBC-PROTEINS
IN
DER
TRANSKRIPTIONSAKTIVIERUNG
97
DES
P/ZSS-GENS
4.4.
PHYSIOLOGISCHE
CHARAKTERISIERUNG
DER
EXPRESSIONSAKTIVIERUNG
97
DURCH
DAS
TCBC-PROTEIN
4.4.1.
THREONIN-UNABHAENGIGE
INDUKTION
DER
PFLB-SYNTHESE
97
DURCH
DAS
TCBC-PROTEIN
4.4.2.
PHYSIOLOGISCHE
AUSWIRKUNGEN
DES
TCBC-PROTEINS
100
AUF
DEN
ANAEROBEN
THREONIN-KATABOLISMUS
IN
E.
COLI
DISKUSSION
103
ZUSAMMENFASSUNG
118
LITERATURVERZEICHNIS
120 |
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