Biologische Sequenzdatenanalyse großer Datensätze basierend auf Positionsbaumvarianten:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
1996
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| Beschreibung: | München, Techn. Univ., Diss., 1997 |
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 4
1.1 BIOLOGISCHE MAKROMOLEKUELE. 4
1.2 KNTWICKLUNG DER SEQUENZDATENBANKEN . 5
1.3 ENTWICKLUNG DER GENOMISCHEN SEQUENZDATENANALYSE. 7
1.4 BIOINFORMATIK, EINE NEUE DISZIPLIN . 8
2 ANFRAGEPROFILE ZUR SEQUENZDATENANALYSE 10
2.1 GENOMANALYSE . 11
2.2 PROTEINSEQUENZDATENANALYSE. 14
2.3 KLASSIFIKATION VON ANFRAGEN. 16
3 ALGORITHMEN ZUR SEQUENZDATENANALYSE 18
3.1 ALIGNRNENT VON SEQUENZEN. 18
3.2 HOMOLOGIESUCHE IN SEQUENZDATENBANKEN. 20
3.3 MULTIPLES ALIGNRNENT UND IDENTIFIKATION VON GRUPPENBEZIEHUNGEN . .
22
3.4 MUSTERERKENNUNG ALS BASISOPERATION. 24
4 ANFRAGEFORMALISMUS 26
4.1 LOGIK ALS DATENMODELL. 26
4.2 MODELLIERUNG VON SEQUENZOBJEKTEN DURCH MUSTER. 27
4.3 MODELLIERUNG DER SEQUENZINFORMATION. 29
4.4 EVALUIERUNG VON ANFRAGEN. 31
5 POSITIONSBAUMVARIANTEN 35
5.1 KLASSISCHER POSITIONSBAUM. 37
5.2 SUFFIX-BAUM. 39
5.3 PATRICIA-BAUM . 41
5.4 POSITION-END-SET-TREE. 42
5.5 B-BAUM. 43
6 ERWEITERUNGEN DES POSITIONSBAUMES 46
6.1 MEHRELEMENT-POSITIONSBAUM. 10
6.2 ON-LINE AKTUALISIERUNG DES POSITIONSBAUMES. 17
6.3 MODELLIERUNG KONZEPTIONELLER EIGENSCHAFTEN. 18
6.4 POSITIONSBAUM ALS KUENSTLICHES NEURONALES .NETZ . 50
7 HASHED POSITION TREE (HPT) 52
7.1 MOTIVATION . 52
7.2 KONZEPT DES HPT . 51
7.3 FORMALE DEFINITION DES HPT. 50
7.4 TRANSFORMATION EINES POSITIONSBAUMES IN EINEN HPT. 00
8 KONSTRUKTION DES HPT 62
8.1 EINFUEGEN EINER SEQUENZ IM HPT . 62
8.2 KONSTRUKTION DES
UPI*
. 68
8.3 KOMPAKTE ORGANISATION VON SEGMENTEN AUF SEITEN. 71
9 RETRIEVAL-OPERATIONEN DES HPT 75
9.1 FINDE-OPERATION . 75
9.2 APPROXIMATIVE TEILZEICHENSUCHE UND ALIGNRNENT. 76
YY
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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10 LEISTUNG UND GRENZEN DES HPT IM VERGLEICH 80
10.1 IMPLEMENTIERUNG DES HPT. 80
10.2 ANWENDBARKEIT FUER GROSSE DATENSAETZE. 82
10.3 VARIANTE ZUR ERZEUGUNG DES HPT. 84
10.1 VERGLEICH MIT ANDEREN VERFAHREN . 84
10.5 GRENZEN UND SKALIERBARKEIT. 85
11 ANWENDUNGSBEISPIELE FUER STANDARDPROBLEME DER SEQUENZDATEN
ANALYSE 87
11.1 MUSTERERKENNUNG. 88
11.2 HOMOLOGIESUCHE. 88
11.3 CHROMOSOMANALYSE. 92
12 REKONSTRUKTION KONTINUIERLICHER SEQUENZEN AUS UEBERLAPPENDEN
DNA-FVAGMENTEN 96
12.1 FRAGMENT ASSERNBLY ZUR SEQUENZIERUNG GENOMISCHER I).\A. 96
12.2 HPT-BASIERTER ALGORITHMISCHER ANSATZ ZUR FRAGMENTREKONSTRUKTION .
97
12.3 QUALITAETSKONTROLLE UND FRAGMENT ASSERNBLY IN DER PRAXIS.100
12.4 REKONSTRUKTION VIRTUELLER C-D.NAS AUS FIST-DATENSAETZEN.102
13 DEKLARATIVE GENOMANALYSE 104
13.1 GRAPHREPRAESENTATION DER INTRAGENOMISCHEN HOMOLOGIEN.105
13.2 CHARAKTERISIERUNG GENETISCHER ELEMENTE DURCH GRAPHEIGENSCHAFTEN .
106
13.3 ANALYSE INTERGENENER BEREICHE.107
13.4 BEISPIEL EINER DEKLARATIVEN ANFRAGE.111
14 SYSTEMATISCHE ANALYSE REDUNDANTER GENOMISCHER STRUKTUREN IN
HEFE 115
14.1 AM EINZELFALL ORIENTIERTE UNTERSUCHUNG VON DUPLIKATIONEN.116
1 1.2 DUPLIKATIONEN IN CHROMOSOM IV.117
14.3 DUPLIKATIONEN IN CHROMOSOM XII.120
14.4 DUPLIKATIONEN IN CHROMOSOM XVI .122
14.5 REDUNDANZ IM HEFE-GENOM.122
15 AUSBLICK 127
LITERATURVERZEICHNIS 129 |
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