Anwendung der numerischen Taxonomie und der numerischen Identifizierung auf einige Gram-positive Bakterien:
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1995
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INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
SEITE
I ZIELSETZUNG DER ARBEIT
V
II
ABKUERZUNGEN
VII
III
GLOSSAR
VIII
IV VERZEICHNIS DER ABBILDUNGEN
XI
V VERZEICHNIS DER TABELLEN
XIII
VI VERZEICHNIS DER EIGENEN VEROEFFENTLICHUNGEN
XVII
1 EINLEITUNG 1
1.1 DIE VIER GRUNDPFEILER DER TAXONOMIE 2
1.1.1 CHARAKTERISIERUNG 3
1.1.2 KLASSIFIZIERUNG 6
1.1.3 NOMENKLATUR 9
1.1.4 IDENTIFIZIERUNG 11
1.2 GESCHICHTLICHE ENTWICKLUNG DER BAKTERIENTAXONOMIE 13
1.2.1 KLASSISCHE TAXONOMIE 15
1.2.2 NUMERISCHE TAXONOMIE 16
1.2.3 CHEMOTAXONOMIE 19
1.2.4 MOLEKULARE TAXONOMIE 19
1.3 TECHNIK DER NUMERISCHEN TAXONOMIE 20
1.3.1 ZUSAMMENSTELLUNG DES UNTERSUCHUNGSMATERIALS 21
1.3.2 AUSWAHL UND FESTSTELLUNG DER MERKMALE 21
1.3.3 CODIERUNG DER ERGEBNISSE 22
1.3.4 BESTIMMUNG DER SIMILARITAET ZWISCHEN DEN OTU'S 23
1.3.5 WAHL DES CLUSTERVERFAHRENS 24
1.3.6 DURCHFUEHRUNG DER CLUSTERVERFAHREN AN EINEM BEISPIEL 28
1.3.7 ANWENDUNG DER NUMERISCHEN VERFAHREN 32
1.4 TECHNIK DER IDENTIFIZIERUNG 33
1.4.1 ENTWICKLUNG VON IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMEN/MODELLEN 33
1.4.2 DAS TAXON-RADIUS-MODELL UND DAS WAHRSCHEINLICHKEITSMODELL 36
1.4.3 MINIATURISIERUNG UND AUTOMATISIERUNG DER IDENTIFIZIERUNG; 40
KOMMERZIELLE TESTKITS
2 MATERIAL UND METHODEN 44
2.1 GERAETE 44
\
2.2 ORGANISMEN 45
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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INHALTSVERZEICHNIS
II
SEITE
2.3 MIKROTITERPLATTE - SUBSTRATE, ANORDNUNG UND 48
TESTPRINZIPIEN
2.4 VERSUCHSDURCHFUEHRUNG 55
2.4.1 ANZUCHT UND KONTROLLE DER BAKTERIEN 55
2.4.2 HERSTELLUNG DER BAKTERIENSUSPENSION, BEIMPFUNG UND 56
INKUBATION DER MIKROTITERPLATTE
2.4.3 ZUGABE UND POSITIONIERUNG VON INDIKATOREN 57
2.5 MESSDATENERFASSUNG UND AUSWERTUNG 59
2.6 CLUSTERANALYSEN 62
2.6.1 CLUSTERANALYSE-PROGRAMM AMICIZIA 62
2.6.2 DURCHFUEHRUNG DER CLUSTERANALYSEN 63
2.7 STATISTISCHE AUSWERTUNG DER DATEN 65
2.8 NUMERISCHE IDENTIFIZIERUNG 73
2.8.1 AUFBAU DER DATENBANKEN 73
2.8.2 PC-GESTEUERTE IDENTIFIZIERUNG 74
3 ERGEBNISSE UND DISKUSSION 75
3.1 VERSUCHSPLAN UND DARSTELLUNG DER ERGEBNISSE 75
3.2 DIE GATTUNGEN
LISTERIA, ERYSIPELOTHRIX, CORYNEBACTERIUM 78
UND ARCANOBACTERIUM
3.2.1 EINE KURZE CHARAKTERISIERUNG 78
3.2.2 NUMERISCHE TAXONOMIE (CLUSTERANALYSEN) 83
3.2.2.1 EINFLUSS DER LINKAGE-METHODE UND DES SIMILARITAETSKOEFFIZIENTEN 83
AUF DIE CLUSTERBILDUNG
3.2.3 ERSTELLUNG EINES IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMS 90
3.2.3.1 AUFBAU EINER DATENBANK 90
3.2.4 DISKUSSION: (1) CLUSTERANALYSE (2) IDENTIFIZIERUNG 97
3.3 DIE GATTUNGEN
MICROCOCCUS, STAPHYLOCOCCUS, 101
STREPTOCOCCUS
UND ENTEROCOCCUS
3.3.1 EINE KURZE CHARAKTERISIERUNG 101
3.3.2 NUMERISCHE TAXONOMIE (CLUSTERANALYSE) 104
3.3.3 ERSTELLUNG EINES IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMS 106
3.3.4 DISKUSSION: (1) CLUSTERANALYSE (2) IDENTIFIZIERUNG 110
3.4 DIE GATTUNG
BACILLUS 113
3.4.1 EINE KURZE CHARAKTERISIERUNG 113
3.4.2 NUMERISCHE TAXONOMIE (CLUSTERANALYSE) 117
3.4.3 ERSTELLUNG EINES IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMS 122
3.4.4 DISKUSSION: (1) CLUSTERANALYSE (2) IDENTIFIZIERUNG 126
3.5
3.5.1
3.5.2
3.5.3
3.5.4
3.6
3.6.1
3.6.2
3.6.3
3.6.4
3.7
3.7.1
3.7.2
3.7.2.1
3.7.2.2
3.7.2.3
3.7.3
3.7.4
3.8.
3.8.1
3.8.2
3.8.3
4
5
6
I N HALTS VERZEICH N IS
III
SEITE
DIE GATTUNG
MYCOBACTERIUM 130
EINE KURZE CHARAKTERISIERUNG 130
NUMERISCHE TAXONOMIE (CLUSTERANALYSE) 131
ERSTELLUNG EINES IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMS 133
DISKUSSION: (1) CLUSTERANALYSE (2) IDENTIFIZIERUNG 136
DIE GATTUNGEN
NOCARDIA UND RHODOCOCCUS 138
EINE KURZE CHARAKTERISIERUNG 138
NUMERISCHE TAXONOMIE (CLUSTERANALYSE) 140
ERSTELLUNG EINES IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMS 140
DISKUSSION: (1) CLUSTERANALYSE (2) IDENTIFIZIERUNG 144
DIE ACTINOMYCETEN-GATTUNG
STREPTOMYCES (EINSCHLIESSLICH 147
STREPTOVERTICILLIUM)
EINE KURZE CHARAKTERISIERUNG 147
NUMERISCHE TAXONOMIE (CLUSTERANALYSE) 153
EIGENE ERGEBNISSE 153
VERGLEICH DER EIGENEN ERGEBNISSE MIT LITERATURDATEN 167
VERGLEICH AUSGEWAEHLTER STREPTOMYCES-CLUSTER 181
(1)
SM. ALBUS 182
(2)
SM. COELICOLOR 184
(3)
SM. LAVENDULAE UND STREPTOVERTICILLUM 187
(4)
SM. RIMOSUS 191
(5) "GRUENE STREPTOMYCETEN" 193
(6)
SM. VIOLACEORUBER 196
(7) "BLAUE STREPTOMYCETEN" 197
ERSTELLUNG EINES IDENTIFIZIERUNGSSYSTEMS 201
DISKUSSION: (1) CLUSTERANALYSE (2) IDENTIFIZIERUNG 210
GESAMTUEBERSIPHT UEBER DAS IDENTIFIZIERUNGSSYSTEM 229
UEBERBLICK UEBER DAS ERSTELLTE IDENTIFIZIERUNGSSYSTEM 229
GRUPPENSPEZIFISCHE TESTAUSWAHL ZUR DIFFERENZIERUNG 231
CHARAKTERISTISCHE TESTS FUER DIE UNTERSUCHTEN GATTUNGEN 231
AUSBLICK 238
ZUSAMMENFASSUNG 241
LITERATUR 244 |
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