Bestimmung der Struktur und Dynamik von Actin-bindenden-Proteinen mit Hilfe der mehrdimensionalen NMR-Spektroskopie:
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| Format: | Buch |
| Sprache: | German |
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1995
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| Beschreibung: | München, Techn. Univ., Diss., 1995 |
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INHALTSVERZEICHNIS
1. EINLEITUNG .
1
2. GRUNDLAGEN .
3
2.1. PHYSIKALISCHE GRUNDLAGEN.3
2.2. ENTWICKLUNG VON PRODUKTOPERATOREN .5
2.2.1. RADIOFREQUENZPULSE.5
2.2.2. CHEMISCHE VERSCHIEBUNG.6
2.2.3. SKALARE KOPPLUNG .7
2.2.3.1. THEORIE.7
2.2.3.2. COSY-EXPERIMENT.8
2.2.3.3. TOCSY-EXPERIMENT.9
2.3. DIPOLARE KOPPLUNG.10
2.3.1. THEORIE .10
2.3.2. NOESY-EXPERIMENT .11
2.4. ZUORDNUNG DER SIGNALE IN EINEM ZWEIDIMENSIONALEN NMR-SPEKTRUM.13
2.5. HETERONUKLEARE INVERSE KORRELATIONEN.14
2.5.1. HMQC .15
2.5.2. HSQC.16
2.6. HETERONUKLEARE 3D-NMR-SPEKTROSKOPIE.17
3. HISACTOPHILIN.18
3.1. BESTIMMUNG DER DREIDIMENSIONALEN STRUKTUR.18
3.1.1. PHYSIOLOGISCHE BEDEUTUNG.18
3.1.2. AMINOSAEURENSEQUENZ VON HISACTOPHILIN.19
3.1.3. LD-MESSUNGEN.19
3.1.2. ZUORDNUNG DER SIGNALE.21
3.1.3. BESTIMMUNG DER KOPPLUNGSKONSTANTEN.25
3.1.4. DIE HOMONUKLEARE 3D-NOE-NOE-SPEKTROSKOPIE .28
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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3.1.4.1. DAS HOMONUKLEARE 3D-N0E-N0E-EXPERIMENT.28
3.1.4.2. PROZESSIERUNG DES 3D-NOE-NOE-SPEKTRUMS.29
3.14.3. AUSWERTUNG DES 3D-NOE-NOE-SPEKTRUMS .30
3.1.5. STRUKTURRECHNUNG MIT 3D-NOE-NOE-INTENSITAETEN.
34
3.1.5.1. THEORIE.
34
3.1.5.2. PRAKTISCHE AUSFUEHRUNG DER STRUKTURRECHNUNG MIT HILFE DES
PROGRAMMS X-PLOR.
35
3.1.6. DREIDIMENSIONALE STRUKTUR VON HISACTOPHILIN.
37
3.1.61. QUALITAETSMERKMALE DER STRUKTUREN-FAMILIE .
37
3.1.6.2. BESCHREIBUNG DER GLOBULAEREN FALTUNG VON HISACTOPHILIN.39
3.2. RELAXATIONSMESSUNGEN AN HISACTOPHILIN .
44
3.2.1. EINLEITUNG .
44
3.2.2. EXPERIMENTELLER TEIL.
45
3.2.3. AUSWERTUNG DER DATEN (CC-NMR) .
52
3.2.4. ANALYSE DER
15
N-RELAXATION-DATEN.
55
3.2.4.
1
. STATISTISCHE AUSWERTUNG DER GEWONNENEN RELAXATIONSDATEN .
55
3.2.4.2. AUSWERTUNG DER RELAXATIONSDATEN ANHAND DES ERWEITERTEN LIPARI-
SZABO-MECHANISMUS.
59
3.2.4.21. EINFUEHRUNG.
59
3.2.4.2.
2
. THEORIE.
59
3.2.4.2.3. PRAKTISCHE AUSFUEHRUNG.62
3.2.5. SCHLUSSFOLGERUNGEN AUF DYNAMISCHE EIGENSCHAFTEN .67
4. SEVERIN .
69
4.
1
. DOMAENEN-ANORDNUNG.
59
4.2. NMR-EXPERIMENTE AN DS
11
IM.
72
4.2.1. VORBEREITENDE LD-EXPERIMENTE. 72
4.2.2. HOMONUKLEARE 2D-EXPERIMENTE.
74
4 2.2.1. SPEKTRALE PARAMETER.
74
4.2.2.
2
. NOESY-EXPERIMENTE.
75
4.
2
.
2
.3. TOCSY-EXPERIMENTE.76
4.2.2.4. COSY-EXPERIMENTE.77
4.2.2.5. EXPERIMENTE IN D20 .78
4.2.2 6. ABSCHLIESSENDE BEURTEILUNG DER QUALITAET DER HOMONUKLEAREN 2D
SPEKTREN VON SEVERIN DS11 IM.80
4.2.3. HETERONUKLEARE (15N) 2D- UND 3D-EXPERIMENTE.81
4.2.3.1. SPEKTRALE PARAMETER.81
4.2.3.2. ^H-HMQC-EXPERIMENT.82
4.2.3.3.
15N SEPARIERTE 'H-'H-KORRELATIONSEXPERIMENTE.84
4.2.3.31. 'H
15N-NOESY-HMQC-3D-SPEKTRUM.84
4.2.3.32.
1H-15N-TOCSY-HMQC-3D-SPEKTRUM.85
4.2.3.3 3. H
N-15N-H-3D-KORRELATIONSEXPERIMENT ZUR BESTIMMUNG
DER ^J^-KOPPLUNGSKONSTANTEN (HNHA) .86
4.2.4. HETERONUKLEARE (13C) 2D- UND 3D-EXPERIMENTE
TRIPEL-RESONANZ ('H
1^-1^) 3D-EXPERIMENTE .87
4.2.4.1. "CONSTANT-TIME'XCTJ-^C-'H-HSQC-EXPERIMENT MIT
GRADIENTENVERSTAERKUNG .88
4.2.4.2. HNCA-EXPERIMENT.91
4.2.4.3. HN(CO)CA-EXPERIMENT.92
4.2.4.4. HN(CA)H-EXPERIMENT.93
4.2.4.5. HCCH-TOCSY-EXPERIMENT.94
4 2.4.6. NOESY-(
13C)-HSQC-EXPERIMENT.101
4.2.5. EXPERIMENTE MIT AMINOSAEURE-SPEZIFISCH 15N-MARKIERTEN PROBEN.104
4.3 . ANALYSE DER NMR-DATEN . 106
4.3.1. AUSWERTUNG DER 2D-NOESY- UND TOCSY-SPEKTREN.106
4.3.2. ZUORDNUNG DER NMR-SIGNALE AUS DEN 15N-SEPARIERTEN 3D-NOESY-
HMQC- UND TOCSY-HMQC-SPEKTREN UNTER ZUHILFENAHME DER
HNCA-KORRELATIONEN.106
4.3.3. BESTIMMUNG DER ^^YY-KOPPLUNGSKONSTANTEN .115
4.4. STRUKTUR VON SEVERIN DSU IM.121
5. DETEKTION DER PROTEIN-HYDRATISIERUNG MIT HILFE DER 'HOD-NOE-NOE-
SPEKTROSKOPIE.123
6. ZUSAMMENFASSUNG.128
7. LITERATURVERZEICHNIS.131
ANHANG.140
A. LISTE DER VERWENDETEN ABKUERZUNGEN UND SYMBOLE.140
B. VERWENDETE MATERIALIEN.144
B. 1. MATERIALIEN UND GERAETE ZUR VORBEREITUNG DER NMR-PROBEN .144
B.2. GERAETE ZUR SPEKTRENAUFNAHME UND -PROZESSIERUNG SOWIE ZUR STRUKTUR
RECHNUNG .145
C. BERECHNUNG DER B
RFELD-STAERKE (LEISTUNG IN WATT).145
D. UXNMR-ROUTINE ZUR MESSUNG DER KOPPLUNGSKONSTANTEN AUS COSY
-SPEKTREN .145
E. PROGRAMM ZUR NUMERISCHEN KORREKTUR DER GEMESSENEN KOPPLUNGS
KONSTANTEN .:.146
F. X-PLOR-EINGABE-DATEI ZUR BERECHNUNG EINER DURCHSCHNITTSSTRUKTUR.148
G. X-PLOR-EINGABE-DATEI ZUR BERECHNUNG EINER MINIMIERTEN DURCHSCHNITTS
STRUKTUR .148
H. ERGEBNISSE DER ZUORDNUNGSPROZEDUR MIT ALFA.150 |
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