Struktur- und Funktionsbeziehungen in Hammerhead-Ribozymen:
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INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
.
I
ABKUERZUNGEN
UNS
SYMBOLE
.
IV
L
EINFUEHRUNG
UND
PROBLEMSTELLUNG
.
1
IL
ALLGEMEINER
TEUE
.
3
1.
DAS
HAMMERHEAD-RIBOZYM
.
3
1.1
DIE
HAMMERHEAD-KONSENSUS-SEQUENZ
.
3
1.2
MECHANISMUS
UND
STEREOCHEMISCHER
VERLAUF
DER
SPALTUNG
.
6
1.3
KINETIK
DER
INTERMOLEKULAREN
RIBOZYMSPALTUNG
.
8
2.
RNA-SEKUNDAERSTRUKTURELEMENTE
.
15
2.1
RNA-HAAMADELSCHLEIFEN
.
15
2.2
G/A-BASENFEHLPAARE
.
18
3.
FLUORESZENZ-RESONANZ-ENERGIETRANSFER
.
21
3.1
THEORETISCHE
GRUNDLAGEN
.
21
3.2
FLUORESZENZFARBSTOFFMARKIERUNG
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
.
26
HL
ERGEBNISSE
.
28
1.
DIE
FUNKTION
DER
HAARNADELSCHLEIFE
II
.
28
2.
DIE
MODIFIKATION
KONSERVIERTER
GUANOSINE
.
31
3.
DIE
DREIDIMENSIONALE
STRUKTUR
DES
HAMMERHEAD-RIBOZYMS
.
34
3.1
FLUORESZENZMARKIERUNG
DER
OLIGORIBONUKLEOTIDE
.
35
3.2
BESTIMMUNG
DER
RELATIVEN
ORIENTIERUNG
DER
RIBOZYMHELICES
.
41
3.3
MODELLIERUNG
DES
KATALYTISCHEN
ZENTRUMS
.
50
IV.
DISKUSSION
.
52
1.
DIE
KATALYTISCHE
FUNKTION
DER
HAAMADELSCHLEIFE
II
.
52
2.
DIE
BEDEUTUNG
FUNKTIONELLER
GUANOSINGRUPPEN
FUER
DIE
KATALYSE
.
56
2.1
EFFEKTE
AUF
DIE
MG
2+
-BINDUNG
.
59
2.2
G/A-BASENFEHLPAARE
IM
UEBERGANGSZUSTAND
.
61
2.3
NATUR
DER
UEBERGANGSZUSTANDSTABILISIERUNG
.
63
3.
DIE
DREIDIMENSIONALE
HAMMERHEAD-RIBOZYMSTRUKTUR
.
69
ANHANG
A.
EXPERIMENTELLER
TEIL
.
91
I.
MATERIALIEN.
91
1.1
LOESUNGSMITTEL
UND
REAGENZIEN
.
91
1.2
LOESUNGEN
UND
PUFFER
.
92
2.
METHODEN
.
94
2.1
UV-SPEKTROSKOPIE
UND
RNA-ABSORPTIONSCHMELZKURVEN
.
94
2.2
FLUORESZENZSPEKTROSKOPIE
.
94
2.3
CHROMATOGRAPHISCHE
METHODEN
.
95
2.4
NMR-SPEKTROSKOPIE
.
97
2.5
GELELEKTROPHORESE
.
97
2.6
RADIOAKTIVE
MARKIERUNG
DER
RNA
.
98
3.
DARSTELLUNG
DER
PHOSPHORAMIDITE
.
99
4.
OLIGORIBONUKLEOTIDSYNTHESE
.
101
5.
OLIGORIBONUKLEOTIDAUFREINIGUNG
.
102
6.
FLUORESZENZMARKIERUNG
VON
OLIGORIBONUKLEOTIDEN
.
103
7.
SEQUENZEN
DER
OLIGORIBONUKLEOTIDE
FUER
DIE
FRET-STUDIEN
.
104
&
BESTIMMUNG
DER
KINETISCHEN
PARAMETER.
.
106
B.
ZUSAMMENFASSUNG
.
110
C.
LITERATURVERZEICHNIS
.
111 |
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