Sequenzbestimmung und Variationsanalyse des nef-Gens von HIV-1 im Zentralnervensystem:
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INHALTSVERZEICHNIS
1
EINLEITUNG
.
1
2
SCHRIFTTUM
.
3
2.1
HIV-1
.
3
2.1.1
VIROLOGIE
.
3
2.1.1.1
GENETISCHE
ORGANISATION
.
4
2.1.1.2
REPLIKATIONSZYKLUS
VON
HIV
1
.
5
2.1.1.3
VARIABILITAET
.
9
2.1.2
HIV-1
UND
ERKRANKUNGEN
DES
ZNS
.
10
2.2
NEF
.
12
2.2.1
NEF-GEN
.
12
2.2.2
NEF-PROTEIN
.
13
2.2.3
FUNKTION
.
14
2.3
ZIELSETZUNG
DER
ARBEIT
.19
3
EIGENE
UNTERSUCHUNGEN
.
21
3.1
MATERIAL
UND
METHODEN
.
21
3.1.1
ZELLEN
.
21
3.1.1.1
ASTROZYTEN
.
21
3.1.1.2
LUNGENFIBROBLASTEN
.
21
3.1.1.3
PERIPHERE
BLUT-LEUKOZYTEN
.
21
3.1.1.4
T-LYMPHOMZELLEN.22
3.1.2
VIRUSISOLATE
.
22
3.1.2.1
ISOLATE
AUF
H9-ZELLEN
.
22
3.1.2.2
ISOLATE
AUF
PERIPHEREN
BLUT-LEUKOZYTEN
.
22
3.1.3
GEHIMMATERIAL
.
22
3.1.4
ZELLKULTUR
.
23
3.1.4.1
ZELLAUFZUCHT
.
23
3.1.4.2
BESTIMMUNG
DER
ZELLDICHTE
.
23
II
INHALTSVERZEICHNIS
3.1.5
GEWINNUNG
VON
DNA
.
24
3.1.5.1
ZELLKULTUREN
.
24
3.1.5.2
MENSCHLICHES
GEHIMMATERIAL
.
24
3.1.5.3
MESSUNG
DER
DNA-KONZENTRATION.
25
3.1.6
POLYMERASE
KETTENREAKTION
(PCR)
.27
3.1.6.1
REAKTIONSANSATZ
.
27
3.1.6.2
GEL-ELEKTROPHORESE
.28
3.1.6.3
SOUTHEMBLOT
.
28
3.1.6.4
HYBRIDISIERUNG.
.
29
3.1.7
PLASMID-SEQUENZIERUNG
.
31
3.1.7.1
REINIGUNG
DER
PCR-PRODUKTE
.
31
3.1.7.2
VORBEREITUNG
DES
PLASMIDVEKTORS
.32
3.1.7.3
LIGATION
.32
3.1.7.4
HERSTELLUNG
TRANSFORMATIONSKOMPETENTER
BAKTERIEN
.
34
3.1.7.5
PLASMID-TRANSFORMATION
KOMPETENTER
BAKTERIEN
.
34
3.1.7.6
PLASMIDISOLIERUNG
AUS
TRANSFORMIERTEN
BAKTERIEN
(MINIPRAEPARATION)
.
35
3.1.7.7
RESTRIKTIONSVERDAU
.
36
3.1.7.8
PLASMIDISOLIERUNG
AUS
TRANSFORMIERTEN
BAKTERIEN
(MAXIPRAEPARATION)
.
36
3.1.7.9
SEQUENZREAKTIONEN
.37
3.1.7.10
POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE
.
38
3.1.7.11
AUSWERTUNG
.
39
3.1.8
DIREKTE
SEQUENZIERUNG
VON
PCR-PRODUKTEN
.
40
3.1.8.1
REINIGUNG
DER
PCR-PRODUKTE
.
40
3.1.8.2
SEQUENZREAKTIONEN
.
41
3.1.8.3
POLYACRYLAMID-GELELEKTROPHORESE
.
44
3.1.8.4
AUSWERTUNG
.
44
3.1.9
SEQUENZANALYSE
.
44
3.2
ERGEBNISSE
.
45
3.2.1
UNTERSUCHUNGEN
ZUR
SEQUENZ
VON
NEF
IN
ASTROGLIA
ZELLKLONEN
.
47
3.2.1.1
ASTROZYTEN
UND
LUNGENFIBROBLASTEN
.48
3.2.2
UNTERSUCHUNGEN
ZUM
IN
UIUO-SEQUENZVORKOMMEN
VON
NEF.
.
53
3.2.2.1
VLRUSISOLATE
AUS
GEHIRN,
LIQUOR
UND
BLUT
AUF
T-LYMPHOMZELLEN
.53
3.2.2.2
VLRUSISOLATE
AUS
LIQUOR
UND
BLUT
AUF
PERIPHEREN
BLUT-LEUKOZYTEN
(PRIMAERKULTUREN)
.
60
3.2.2.3
GEHIMMATERIAL
HIV-1
INFIZIERTER
.
66
INHALTSVERZEICHNIS
III
3.2.3
SEQUENZANALYSEN
.
80
3.2.3.1
BESTIMMUNG
DER
PROTEINSEQUENZEN
.
80
3.2.3.2
VERWANDTSCHAFTSUNTERSUCHUNGEN
.83
3.2.3.3
ERSTELLUNG
VON
AEHNLICHKEITS-DIAGRAMMEN
.
86
3.2.3.4
KONSERVIERUNGSGRAD
EINZELNER
BEREICHE
.88
4
DISKUSSION
.
97
4.1
CHRONISCH
HTV-1
INFIZIERTE
ASTROZYTEN-ZELLINIEN
.
99
4.2
UNTERSUCHUNGEN
AN
PATIENTENMATERIAL
.
101
4.2.1
BESTIMMUNG
DER
NUKLEINSAEURESEQUENZEN
.
101
4.2.1.1
WAHL
DER
METHODIK
.
101
4.2.1.2
PCR-ERGEBNISSE
.
103
4.2.1.3
SEQUENZIERUNGS-ERGEBNISSE
.
104
4.2.1.4
EINORDNUNG
DER
ERHALTENEN
DATEN
.
105
4.2.2
VARIATIONSANALYSE
DER
ERHALTENEN
NEF-SEQUENZEN
.
107
4.2.2.1
VERWANDTSCHAFTSBAUM
.
107
4.2.2.2
KONSERVIERUNG
FUNKTIONELLER
GEN-BEREICHE
.
107
4.2.3
UNTERSUCHUNG
DER
ABGELEITETEN
PROTEINSEQUENZEN
.
109
4.2.3.1
VERWANDTSCHAFTSBAUM
.
109
4.2.3.2
KONSERVIERUNG
DES
OFFENEN
LESERAHMENS
.
109
4.2.3.3
KONSERVIERUNG
AN
EINZELNEN
SEQUENZPOSITIONEN
.
110
4.2.3.4
KONSERVIERUNG
FUNKTIONELLER
DOMAENEN
.
112
4.3
AUSBLICK
.
114
ZUSAMMENFASSUNG
.
115
SUMMARY
.
117
LITERATURVERZEICHNIS
.
119
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.
133 |
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