Klonierung und molekulargenetische Charakterisierung von Genen des Wiederverwertungsstoffwechsels aus Mycoplasma hominis:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
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INHALTSVERZEICHNIS
1.
EINLEITUNG
1.1
ZELLBIOLOGIE
DER
MYCOPLASMEN
1
1.2
KLASSIFIZIERUNG
DER
MYCOPLASMEN
2
1.3
VORKOMMEN
UND
MEDIZINISCHE
BEDEUTUNG
DER
MYCOPLASMEN
2
1.4
PHYLOGENIE
UND
GENETIK
DER
MYCOPLASMEN
5
1.5
STOFFWECHSEL
DER
MYCOPLASMEN
7
1.6
MOLEKULARGENETIK
VON
MYCOPLASMA
HOMINIS
10
2.
MATERIAL
UND
METHODEN
2.1
MATERIAL
11
2.1.1
MYCOPLASMEN
UND
IHRE
ANZUCHT
11
2.1.2
E.
COTF-STAEMME
UND
MEDIEN
12
2.1.3
CHEMIKALIEN
UND
ENZYME
12
2.1.4
PLASMIDE
14
2.1.5
PLASMIDKONSTRUKTIONEN
15
2.1.6
OLIGONUKLEOTIDE
15
2.2
METHODEN
15
2.2.1
PRAEPARATION
UND
AUFREINIGUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
15
2.2.1.1
PRAEPARATION
GENOMISCHER
DNA
AUS
MYCOPLASMEN
15
2.2.1.2
PRAEPARATION
VON
PLASMID-DNA
AUS
E.
COLI
16
2.2.1.3
PRAEPARATION
VON
GEHOMISCHER
DNA
AUS
E.
COLI
16
2.2.1.4
RNA-PRAEPARATION
AUS
MYCOPLASMEN
16
2.2.1.5
AUFREINIGUNG
SYNTHETISCHER
OLIGONUKLEOTIDE
17
2.2.2
ANALYSE
UND
MODIFIZIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
18
2.2.2.1
PHOTOMETRISCHE
BESTIMMUNG
DER
NUKLEINSAEUREKONZENTRATION
18
2.2.2.2
DNA-RESTRIKTION
18
2.2.2
3
DEPHOSPHORYLIERUNG
VON
5'-DNA-ENDEN
18
2.2.2.4
DNA-LIGATION
18
2.2.2.S
GELELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
DNA-FRAG
MENTEN
IN
AGAROSEGELEN
18
2.2.2.S
AUFTRENNUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
IN
POLYACRYLAMID
GELEN
UNTER
NATIVEN
BEDINGUNGEN
19
2.2.2.7
AUFTRENNUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
IN
POLYACRYLAMID
GELEN
UNTER
DENATURIERENDEN
BEDINGUNGEN
19
2.2.2.8
GELELEKTROPHORETISCHE
AUFTRENNUNG
VON
RNA
IN
FORM
ALDEHYDGELEN
19
2.2.2
9
ISOLIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
AUS
AGAROSEGELEN
20
2.2.3
TRANSFORMATION
VON
E.
COLI
20
2.2.4
RADIOAKTIVE
MARKIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
20
2.2.4.1
5-ENDMARKIERUNG
VON
SYNTHETISCHEN
OLIGONUKLEOTIDEN
20
2.2.4.2
RADIOAKTIVE
MARKIERUNG
MITTELS
HEXANUKLEOTIDEN
ALS
STARTERSEQENZ
21
2.2.5
NACHWEIS
SPEZIFISCHER
NUKLEINSAEURESEQUENZEN
21
2.2.5.1
SOUTHERN
ANALYSE
21
2.2.5.2
NORTHERN
ANALYSE
21
2.2.5.3
HYBRIDISIERUNG
FILTERGEBUNDENER
NUKLEINSAEUREN
MIT
RADIOAKTIV
MARKIERTEN,
EINZELSTRAENGIGEN
OLIGONUKLEOTIDEN
22
2.2.5.4
DNA-SEQUENZIERUNG
-
22
2.2.6
COMPUTERUNTERSTUETZTE
ANALYSE
VON
NUKLEINSAEURE
UND
AMINOSAEURE
SEQUENZEN
23
2.2.7
KARTIERUNG
DES
TRANSKRIPTIONSSTARTPUNKTES
DURCH
VERLAENGERUNG
EINER
STARTERSEQUENZ
(.PRIMER-EXTENSION")
,
24
3.
ERGEBNISSE
25
3.1
KONSTRUKTION
VERSCHIEDENER
OLIGONUKLEOTIDSONDEN
ZUR
ISOLIERUNG
PROTEINCODIERENDER
REGIONEN
AUS
M.
HOMINIS
FBG
25
3.2
ISOLIERUNG
PROTEINCODIERENDER
REGIONEN
AUS
M.
HOMINIS
FBG
26
3.2.1
KLONIERUNG
UND
RESTRIKTIONSANALYSE
EINES
DNA-FRAGMENTES
AUS
M.
HOMINIS
FBG
27
3.2.2
SEQUENZANALYSE
DER
OLIGONUKLEOTID
3-SPEZIFISCHEN
M.
HOMINIS
DNA
-
31
3.2.3
IDENTIFIZIERUNG
DER
PROTEINCODIERENDEN
REGION
(ORF1)
MITTELS
COMPUTERUNTERSTUETZTER
ANALYSEN
ALS
DEOC
33
3.2.3.1
TESTCODE
33
3.2.3.2
CODON-PRAEFERENZSTATISTIK
34
3.2.4
AMINOSAEUREZUAMMENSETZUNG
DES
VOM
ORF
1
TRANSLATIERTEN
PROTEINS
UND
HOMOLOGIEVERGLEICH
MIT
PROTEINDATENBANKEN 38
3.2.5
DIFFERENZIERUNG
VERSCHIEDENER
MYCOPLASMENSPEZIES
40
3.2.6
CHARAKTERISIERUNG
DES
DEOC-GENS
AUF
TRANSKRIPTIONSEBENE
42
3.3
SEQUENZANALYSE
DER
5'UND
3
-FLANKIERENDEN
REGION
DES
DEOC-GENS
47
3.3.1
ANALYSE
DER
DEOC-FLARIKIERENDEN,
PROTETNCODIERENDEN
REGIONEN
48
3.3.2
PRIMAERSTRUKTURANALYSE
DER
5
-FLANKIERENDEN
REGION
DES
DEOC-GENS
51
3.3.3
HOMOLOGIEVERGLEICHE
DES
DEOA-GENPRODUKTES
MIT
PROTEINDATEN
BANKEN
52
3.3.4
SEQUENZANALYSE
DER
3
-FLANKIERENDEN
REGIONEN
DES
DEOC-GENS
54
3.3.5
VERGLEICH
DER
VOM
ORF
2
UND
ORF
3
TRANSLATIERTEN
PROTEINE
MIT
PROTEINDATENBANKEN
57
3.3.6
SEKUNDAERSTRUKTURANALYSE
DES
TRANSLATIERTEN
ORF
3
60
4.
DISKUSSION
63
4.1
DAS
DESOXYRIBOSE
ALDOLASE
GEN
(DEOEC)
AUS
M.HOMINIS
FBG
63
4.2
RNA-ANALYSEN
DES
DEOC
UND
DES
FUF-GENS
64
4.3
ORGANISATION
DES
DEOC-GENS
YY
66
4.4
DEOC-SONDE
ZUR
SPEZIESDIFFERENZIERUNG
67
4.5
ANALYSE
DER
PROTEINCODIERENDEN
REGIONEN
68
5.
ZUSAMMENFASSUNG
74
6.
LITERATURVERZEICHNIS 76
7.
ABKUERZUNGEN
86 |
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