Proteinstrukturbestimmung von Aktin- und DNA-bindenden Proteinen mit mehrdimensionaler NMR-Spektroskopie:
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INHALTSVERZEICHNIS
INHALTSVERZEICHNIS
1. EINLEITUNG.1
2. NMR-METHODEN ZUR STRUKTURBESTIMMUNG VON PROTEINEN IN LOESUNG.4
2.1. ALLGEMEINES .4
2.2. ZWEIDIMENSIONALE HOMONUKLEARE
1H-NMR-EXPERIMENTE .5
2.2.1. DAS 2D COSY-EXPERIMENT .5
2.2.2. DAS 2D TOCSY-EXPERIMENT.6
2.2.3. DAS 2D NOESY-EXPERIMENT.8
2.3. SEQUENZSPEZIFISCHE ZUORDNUNG DER NOESY- UND TOCSY-SPEKTREN . 9
2.4. DAS ZWEIDIMENSIONALE HETERONUKLEARE HSQC-
UND HMQC-EXPERIMENT.10
2.5. DREIDIMENSIONALE DOPPELRESONANZEXPERIMENTE.11
2.6. DREIDIMENSIONALE TRIPELRESONANZEXPERIMENTE.12
2.6.1. DAS 3D HNCA- UND 3D HN(CO)CA-EXPERIMENT.13
2.6.2. DAS 3D HNCO- UND HN(CA)CO-EXPERIMENT .15
2.7. MESSUNG VON J(H
NHA)-KOPPLUNGSKONSTANTEN.15
2.8. STEREOSPEZIFISCHE SIGNALZUORDNUNG VON SS-METHYLENPROTONEN.17
3. STRUKTURBESTIMMUNG DES AKTIN-BINDENDEN PROTEINS SEVERIN DS111M
MIT MEHRDIMENSIONALER NMR-SPEKTROSKOPIE.19
3.1. DAS ZYTOSKELETT UND AKTIN-FRAGMENTIERENDE PROTEINE.19
3.2. DIE ZWEITE DOMAENE DES AKTIN-BINDENDEN PROTEINS SEVERIN
DS111M AUS
DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM.24
3.2.1. AMINOSAEURESEQUENZ VON SEVERIN DS111M.27
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
HTTP://D-NB.INFO/947320601
INHALTSVERZEICHNIS
3.2.2. SEQUENZHOMOLOGIEN ZU ANDEREN AKTIN
BINDENDEN PROTEINEN .28
3.3. NMR-SPEKTROSKOPIE .30
3.3.1. VERWENDETE PROTEINPROBEN.32
3.3.2. AUFGENOMMENE SPEKTREN.37
3.3.3. DIE SEQUENZSPEZIFISCHE SIGNALZUORDNUNG
VON SEVERIN DS111M.38
3.4. BESTIMMUNG DER SEKUNDAERSTRUKTUR VON DS111M .47
3.5. CALCIUM-BINDUNG VON SEVERIN DS111M.51
3.6. VOLLSTAENDIGE UND STEREOSPEZIFISCHE SIGNALZUORDNUNG
SOWIE MESSUNG DER
3J(4HNHA)-KOPPLUNGEN .61
3.7. BERECHNUNG DER LOESUNGSSTRUKTUR VON SEVERIN DS111M.71
3.7.1 DIE LOESUNGSSTRUKTUR VON SEVERIN DS111M .77
3.8. SEVERIN DS111M UND STRUKTURHOMOLOGE PROTEINE.86
3.9. DISKUSSION DER ERGEBNISSE.91
4. VERFEINERUNG DER DREIDIMENSIONALEN STRUKTUR VON DEM
HAUPT-KAELTE-SCHOCK-PROTEIN AUS
BACILLUS SUBTILIS IN LOESUNG .93
4.1. BEDEUTUNG UND FUNKTION DES HAUPT-KAELTE-SCHOCK-PROTEINS
AUS
BACILLUS SUBTILIS.93
4.2. AMINOSAEURESEQUENZ VON CSPB.95
4.3. NMR-SPEKTROSKOPIE .98
4.3.1. SIGNALZUORDNUNG DER HETERONUKLEAREN SPEKTREN .99
4.3.2. MESSUNG DER
3J(HNHA)-KOPPLUNGEN .103
4.4. VERFEINERTE TERTIAERSTRUKTUR VON CSPB .105
4.5. STRUKTURHOMOLOGE PROTEINE ZU CSPB.111
4.6. NMR-UNTERSUCHUNGEN VON CSPB-MUTANTEN.115
4.7. DISKUSSION DER ERGEBNISSE UND AUSBLICK.120
INHALTSVERZEICHNIS
5. VERWENDUNG EINES HOEHERDIMENSIONALEN POTENTIALS FUER DIE ZUORDNUNG VON
MEHRDEUTIGEN NOE'S WAEHREND DER STRUKTURRECHNUNG .122
5.1. PROBLEMSTELLUNG .122
5.2. LOESUNGSANSATZ.123
5.3. MODELLRECHNUNGEN .126
5.4. ERGEBNISSE .
128
5
.5. ALTERNATIVE LOESUNGEN DES ZUORDNUNGSPROBLEMS .130
5.6. DISKUSSION DER ERGEBNISSE.131
6. ZUSAMMENFASSUNG.
132
7. ANHANG.
134
7.1. GERAETE UND MATERIALIEN.134
7.1.1. GERAETE .134
7.1.2. MATERIALIEN .135
7.2. VERWENDETE MEDIEN UND PUFFER .136
7.3. AUFGENOMMENE SPEKTREN.137
7.3.1. HOMONUKLEARE 2D-SPEKTREN VON DS111M .137
7.3.2. HETERONUKLEARE 2D SPEKTREN VON DS111M.138
7.3.3. HETERONUKLEARE 3D SPEKTREN VON DS111M.138
7.3.4. HETERONUKLEARE 2D/3D SPEKTREN VON CSPB .139
7.4. PULSPROGRAMME.140
7.4.1 PULSPROGRAMME FUER
1H 1D SPEKTREN.140
7.4.2. PULSPROGRAMM FUER
1H 2D NOESY .140
7.4.3 PULSPROGRAMM FUER
1H2DTOCSY.141
7.4.4. PULSPROGRAMM FUER
1H 2D COSY .142
7.4.5. PULSPROGRAMM FUER
1H 2D E.COSY.142
7.4.6. LISTE DER IN DEN 'H 2D PULSPROGRAMMEN AUFTRETENDEN
VARIABLEN .143
7.4.7. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N 2D HMQC.145
7.4.8. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N 2D HSQC.146
INHALTSVERZEICHNIS
7.4.9. PULSPROGRAMM FUER
1H, X 3D NOESY-HSQC .147
7.4.10. PULSPROGRAMM
1H, X TOCSY-NMQC .148
7.4.11. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 3D HNHA.149
7.4.12. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 13C 3D HNCA .150
7.4.13 PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 13C 3D HN(CO)CA.152
7.4.14. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 13C 3D HNCO .154
7.4.15. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 13C 3D HN(CA)CO.156
7.4.16. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 13C 3D CBCA(CO)NH.158
7.4.17. PULSPROGRAMM FUER
1H, 15N, 13C 3D HNCA-J.161
7.4.18 PULSPROGRAMM FUER 'H,
15N, 13C 3D HCCH-TOCSY.163
7.5. ABSTANDSRANDBEDINGUNGSLISTEN FUER DS111M UND CSPB.165
7.5.1 ABSTANDSRANDBEDINGUNGEN FUER DS111M .165
7.5.2. ABSTANDSRANDBEDINGUNGEN FUER CSPB .174
LITERATURVERZEICHNIS .179 |
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