Isolierung und Charakterisierung RNA-bindender Proteine aus Dictyostelium discoideum:
Gespeichert in:
1. Verfasser: | |
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Format: | Abschlussarbeit Buch |
Sprache: | German |
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1996
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INHALTSVERZEICHNIS
I
INHALTSVERZEICHNIS
ABKUERZUNGSVERZEICHNIS
.
1
I.
ZUSAMMENFASSUNG
.
3
H.
EINLEITUNG
.
4
1.
RNA-BINDENDE
PROTEINE
.
4
1.1
DAS
RNP-MOTI
V
.
6
1.2
HNRNP-PROTEINE
.
11
2.
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
ALS
MODELLORGANISMUS
.
12
2.1
REGULATION
DER
GENEXPRESSION
DURCH
ANTISENSE-RNA
.
14
2.2
MODELL
ZUR
REGULATION
DER
GENEXPRESSION DES
PSV-A
GENS
IN
D.
DISCOIDEUM
.
16
HL
MATERIAL
UND
METHODEN
.
19
1.
MATERIAL
.
19
1.1
ENZYME,
ANTIBIOTIKA,
ANTIKOERPER
UND
PROTEASEINHIBITOREN
.
19
1.2
CHEMIKALIEN
.
20
1.3
MEDIEN
.
22
1.4
PUFFER
UND
LOESUNGEN
.
23
1.5
BIOLOGISCHES
MATERIAL
.
24
1.6
PLASMIDE
UND
OLIGONUKLEOTIDE
.
24
1.7
VERBRAUCHSMATERIALIEN
.
25
1.8
GERAETE
.
26
2.
ZELLBIOLOGISCHE
METHODEN
.
27
2.1
KULTUR
VON
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
.
27
2.1.1
WACHSTUM
IN
AXENISCHEM
MEDIUM
.
27
2.1.2
ANZUCHT
AUF
SM
AGARPLATTEN
.
27
2.1.3
ENTWICKLUNG
AUF
FILTERN
.
28
2.1.4
ENTWICKLUNG
IN
PHOSPHATPUFFER
.
28
2.1.5
EINFRIEREN
VON
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
ZELLEN
.
28
II
_
MNAITSVERZEICNMS
_
2.2
TRANSFORMATION
VON
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
.
28
2.2.1
DIE
CA-PHOSPHAT-METHODE
.
29
2.2.2
ELEKTROPORATION
.
30
2.3
SS-GALAKTOSIDASE
FAERBUNG
.
30
3. MOLEKULARBIOLOGISCHE
METHODEN
.
31
3.1
PRAEPARATION
VON
NUKLEINSAEUREN
.
31
3.1.1
ISOLIERUNG
VON
PLASMID-DNA
AUS
E.COLI
.
31
3.1.1.1
NACH
DER
QIAGEN
METHODE
.
31
3.1.1.2
DURCH
ALKALISCHE
LYSE
.
33
3.1.2
PRAEPARATION
VON
PHAGEN
DNA
.
33
3.1.3
PRAEPARATION
CHROMOSOMALER
DNA
AUS
DICTYOSTELIUM
.
35
3.1.4
RESTRIKTIONSVERDAU
.
36
3.1.5
ISOLATION
VON
GESAMT-RNA
AUS
DICTYOSTELIUM
.
36
3.1.6
ISOLATION
VON
POLY(A)-RNA
AUS
DICTYOSTELIUM
.
37
3.1.7
DNA-FRAGMENTISOLATION
AUS
AGAROSEGELEN
.
37
3.1.7.1
YYPHENOL
FREEZE
"
.
37
3.1.7.2
YYJETSORB
"
.
38
3.1.8
REINIGUNG
VON
OLIGONUKLEOTIDEN
.
38
3.1.9
KLONIERUNG
VON
DNA-FRAGMENTEN
.
39
3.1.9.1
DEPHOSPHORYLIERUNG
VON
DNA
.
39
3.1.9.2
YYERASE
A
BASE
"
.
39
3.1.9.3
LIGATION
VON
DNA
.
40
3.1.10
TRANSFORMATION
VON
E.COLI
.
41
3.1.10.1
KOMPETENTE
ZELLEN NACH
DER
CACH-METHODE
.
41
3.1.10.2
TRANSFORMATION
.
41
3.1.10.3
KONSERVIERUNG
VON
E.COLI
.
41
3.1.11
PLASMIDSEQUENZIERUNG
.
42
3.1.11.1
SEQUENZIERUNG
.
42
3.1.11.2
ANALYSE
DER
SEQUENZREAKTION
.
43
3.2
GELELEKTROPHORESE,
BLOT-VERFAHREN
UND
HYBRIDISIERUNG
.
44
3.2.1
DNA
.
44
3.2.1.1
AGAROSE
GELELEKTROPHORESE
.
44
3.2.1.2
YYSOUTHERN
"
TRANSFER
.
44
3.2.1.3
HYBRIDISIERUNG
.
45
3.2.2
RNA
.
46
3.2.2.1
AGAROSE-GELELEKTROPHORESE
.
46
3.2.2.2
YYNORTHERN"
TRANSFER
.
47
INHALTSVERZEICHNIS
_
FFI
3.2.2.3
HYBRIDISIERUNG
.
47
3.3
MARKIERUNG
VON
NUKLEINSAEUREN
.
47
3.3.1
DNA
.
47
3.3.1.1
RADIOAKTIV
.
47
3.3.1.2
NICHTRADIOAKTIV
.
48
3.3.2
RNA
.
48
3.4
POLYMERASE-KETTEN-REAKTION
.
49
3.5
KONSTRUKTION
DER
EXPRESSIONSVEKTOREN
.
50
3.6
FUNKTIONELLE
ANALYSE
.
50
3.6.1
NACHWEIS
DER
SSRNA-BINDUNG
.
50
3.6.2
NACHWEIS
DER
RNA-RENATURIERUNGSAKTIVITAET
.
51
4.
PROTEINCHEMISCHE
METHODEN
.
52
4.1
SDS-POLYACRYLAMID
GELELEKTROPHORESE
.
52
4.2
YYWESTERN
"
BLOT
.
53
4.2.1
YYWESTERN
"
TRANSFER
.
53
4.2.2
IMMUNBLOT
.
53
4.3
BAKTERIELLE
EXPRESSION
VON
PROTEINEN
.
54
4.3.1
EXPRESSION
VON
DDRBPI
IN
E.COLI
.
54
4.3.2
REINIGUNG
DER
FUSIONSPROTEINE
.
54
4.3.3
ABSPALTUNG
VON
MALTOSE-BINDE-PROTEIN
.
55
4.3.4
EXPRESSION
VON
MENSCHLICHEM
HNRNP
AL
IN
E.COLI
.
55
4.4
GENERIERUNG
POLYKLONALER
ANTISEREN
GEGEN
DDRBPI
.
56
4.4.1
PRAEPARATION
DES
ANTIGENS
.
56
4.4.2
IMMUNISIERUNG
VON
KANINCHEN
.
56
4.4.3
IMMUNOAFFINITAETSREINIGUNG
VON
ANTISEREN
.
56
4.5
PRAEPARATION
VON
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
PROTEIN
.
57
4.5.1
GESAMTPROTEIN
.
57
4.5.2
KEMPROTEIN
.
57
4.6
PROTEINBESTIMMUNG
.
58
4.7
SAEULENCHROMATOGRAPHIE
.
58
4.7.1
HYDROXYAPATIT
.
58
4.7.2
DEAE
ZELLULOSE
.
59
5.
COMPUTERPROGRAMME
ZUR
SEQUENZANALYSE
.
59
IY
_
INHALTSVERZEICHNIS
_
IV.
EXPERIMENTE
UND
ERGEBNISSE
.
60
1.
IDENTIFIZIERUNG
UND
KLONIERUNG VON GENEN RNA-BINDENDER
PROTEINE AUS
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
.
60
1.1
KLONIERUNG
DES
RNP-MOTIVS
.
60
1.1.1
IDENTIFIZIERUNG
KONSERVIERTER
AMINOSAEUREN
.
61
1.1.2
DDRBPI
ZEIGT
HOMOLOGIEN
ZU
HNRNP
AL
.
63
1.2
KLONIERUNG
DES
VOLLSTAENDIGEN
DDRBPL
GENS
.
64
1.2.1
5-RACE
.
64
1.2.2
ISOLIERUNG
DER
VOLLSTAENDIGEN
DDRBPI
CDNA
.
64
1.3
SOUTHERN-BLOT-ANALYSEN
.
67
1.3.1
DDRBPL
EIN
EINZELKOPIE-GEN
.
67
1.3.2
GEHOERT
DDRBPL
ZU
EINER
MULTIGENFAMILIE
?
.
68
1.3.3
DDRBPFI
UND-IV
.
69
1.4
ANALYSE
DER
DDRBPL
TRANSKRIPTION
.
70
1.4.1
DDRBPL
IST
EIN
SCHWACH EXPRIMIERTES
GEN
.
70
1.4.2
DETEKTION
DREIER
VERSCHIEDENER
TRANSKRIPTE
.
72
2. DAS DDRBPI
PROTEIN
.
73
2.1
ANALYSE
DER
PROTEINSEQUENZ
.
73
2.1.1
MODULARER
AUFBAU
.
73
2.1.2
SEKUNDAERSTRUKTUR
.
74
2.1.3
DDRBPI,
EIN
SEHR
BASISCHES
PROTEIN
.
76
2.1.4 DOMAENENVERGLEICH
MIT
RNP-PROTEINEN
.
77
2.2 GENERIERUNG
POLYKLONALER
ANTISEREN GEGEN
DDRBPI
.
78
2.2.1
BAKTERIELLE
EXPRESSION
VON
DDRBPI
.
78
2.2.2
AUFREINGUNG
DES
FUSIONSPROTEINS
.
79
2.2.3
IMMUNISIERUNG
UND
AFFINITAETSREINIGUNG
DES
ANTISERUMS
.
82
2.3
DDRBPI
EXPRESSION
IN
DER
ENTWICKLUNG
.
83
2.3.1
DETEKTION
MEHRERER
PROTEINE
IM
ZELLHOMOGENAT
.
83
2.3.2
AUFTRETEN
ZUSAETZLICHER
PROTEINE
IM
KEM
.
85
2.4
ABWESENHEIT
EINES
HOMOLOGES
ZUM
MENSCHLICHEN
HNRNP
AL
IN
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
.
86
2.5
FUNKTIONELLE
CHARAKTERISIERUNG
VON
DDRBPI
.
87
2.5.1
EXPRESSION
DES
VOLLSTAENDIGEN
RNP-MOTIVS
.
88
2.5.2
BINDUNG
AN
SSRNA
.
89
2.5.2.1
DDRBPI[34-291]
ZEIGT
AFFINITAET
ZU
SSRNA
.
89
2.5.2.2
WEITERE
STUDIEN
AM
RNP-MOTIV
.
91
INHALTSVERZEICHNIS
_
Y
2.5.3
HYBRIDISIERUNG
KOMPLEMENTAERER
RNA-EINZELSTRAENGE
.
92
3.
DER
ANTISENSE-PROMOTOR
.
93
V.
DISKUSSION
.
97
1.
RNA-BINDENDE
PROTEINE
IN
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
.
97
1.1
ISOLIERUNG
MEHRERER
RNP-MOTI
V
SEQUENZEN
.
98
1.2
DAS
DDRBPL
GEN
.
99
1.3
DAS
DDRBPI
PROTEIN
.
100
1.3.1
DDRBPI-EXPRESSION
IN
VIVO
.
102
1.3.2
RNA-BINDUNGSAKTIVITAETEN
.
104
1.3.3
FUNKTION
VON
DDRBPI
IN
DICTYOSTELIUM
DISCOIDEUM
.
107
2.
ZELLTYPSPEZIFISCHE
AKTIVITAET
DES
ANTISENSE-PROMOTORS
.
108
VI.
LITERATURVERZEICHNIS
.
110
LEBENSLAUF
.
125
DANKSAGUNG
.
127 |
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