Integration und Kombination bioinformatischer Methoden in Biotechnologie, synthetischer Biologie und Pharmaindustrie:
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| Format: | Abschlussarbeit Elektronisch E-Book |
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2012
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INHALTSVERZEICHNIS
ZUSAMMENFASSUNG 1
ZUSAMMENFASSUNG 1
ABSTRACT 3
1. KAPITEL EINLEITUNG 5
1.1. MOTIVATION 5
1.2. BIOLOGISCHE GRUNDLAGEN 7
1.2.1. GENKONTEXT 7
1.2.2. ZWEIKOMPONENTEN-SYSTEME 9
1.2.3. SYNTHETISCHE BIOLOGIE 17
2. KAPITEL MATERIAL U N D METHODEN 19
2.1. DATENBANKEN 19
2.1.1. S E Q U E N Z - U N D STRUKTURDATENBANKEN 19
2.1.2. FUNKTIONSDATENBANKEN 2 0
2.1.3. INTERAKTIONSDATENBANKEN 2 2
2.2. ALGORITHMEN 23
2.2.1. SEQUENZVERGLEICHE 2 3
2.2.2. SEQUENZANALYSE 2 5
2.2.3. STRUKTURVORHERSAGE 2 6
2.3. SOFTWARE IMPLEMENTIERUNG 27
3. KAPITEL ERGEBNISSE U N D INTERPRETATIONEN 29
3.1. EVALUIERUNG BIOINFORMATISCHER METHODEN ZUR VORHERSAGE DES
INTERAKTOMS 29
3.1.1. EVALUATION UND EIGENSCHAFTEN VERSCHIEDENER VORHERSAGEPROGRAMME 3
0
3.1.2. VERGLEICH DER DATENBANK S T R I N G ZU ANDEREN
VORHERSAGEPROGRAMMEN 3 0
3.1.3. ERSTELLUNG EINES NEUEN RELEASES D E R DATENBANK S T R I N G
(VERSION 6.3) 3 4
3.1.4. EVALUATION DES PHYSIKALISCHEN VERGLEICHSWERTS 3 5
3.1.5. EVALUATION D E R ERGEBNISSE DURCH KONKRETE BEISPIELE 3 8
3.1.6. AUTOMATISIERUNG EINER ANALYSEPIPELINE IN DER PHARMAINDUSTRIE 4 6
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IMAGE 2
3.2. FLEXIBILITAET UND MODIFIKATIONEN IN ZWEIKOMPONENTEN-SYSTEMEN (TCS)
48
3.2.1. ERSTELLUNG EINER KONSENSUSSEQUENZ FUER DIE BINDESTELLE VON ARSR IN
HELICOBACTER PYLORI 4 8
3.2.2. GENERELLER KONSENSUS IN T C S UND DOMAENEN-KONTEXT 5 2
3.2.3. MODIFIKATIONSMOEGLICHKEITEN IN T C S SEQUENZEN: BINDESTELLEN,
PROMOTOREN UND KONNEKTOREN 5 3
3.2.4. MODIFIKATION DURCH DOMAENENVERMISCHUNG UND ENTARTUNG: ERKENNUNG
DIVERGIERENDER T C S 6 7
3.3. PROZESSSTRUKTUR BIOLOGISCHER SYSTEME 81
3.3.1. DESIGN UND SYSTEMATISCHE KATEGORISIERUNG BIOLOGISCHER PROZESSE 8
3
3.3.2. UNTERSUCHUNG D E R UNTERSCHIEDE IN ORGANISMEN UND VERSCHIEDENEN
FORSCHUNGSFELDERN 9 0
3.3.3. EINE SOFTWARE Z U M PROZESSDESIGN IN DER SYNTHETISCHEN BIOLOGIE -
GOSYNTHETIC 9 4
3.3.4. ANWENDUNGSBEISPIELE AUS D E R SYNTHETISCHEN BIOLOGIE 101
4 KAPITEL D I S K U S S I O N 116
4.1 VORHERSAGEN MIT BIOINFORMATISCHEN METHODEN 116
4.2 MODIFIKATIONSUNTERSUCHUNG IN ZWEIKOMPONENTEN-SYSTEMEN 118
4.3 STRUKTURIERUNG BIOLOGISCHER SYSTEME 120
4.4 GENERELLE BEDEUTUNG UND AUSBLICK 124
A N H A N G 1 2 6
A LITERATURNACHWEIS 127
B GENUTZTE SOFTWARE 135
C ABKUERZUNGEN 135
D LEBENSLAUF 137
E PUBLIKATIONEN 138
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