Proteomische Charakterisierung von bakteriellen Faktoren und Wirtszellfaktoren in der Pathogen-Wirtszell Interaktion:
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| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | German |
| Veröffentlicht: |
Berlin
Mensch un Buch Verl.
2011
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| Schriftenreihe: | Biological science
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INHALTSVERZEICHNIS
1 EINLEITUNG 9
1.1 HELICOBACTER PYLORI ALS GLOBALER KRANKHEITSERREGER 9
1.1.1 SYSTEMATISCHE EINORDNUNG UND MIKROBIOLOGIE 9
1.1.2 EPIDEMIOLOGIE UND KLINIK DER H. PYLORI INFEKTION 11
1.1.3 HELICOBACTER PYLORI UND WIRTSZELLE - INTERAKTIONEN UND MECHANISMEN
12
1.2 PROPIONIBACTERIUM ACNES 16
1.3 PHOSPHORYLIERUNG - EINE BESONDERE MODIFIKATION 17
1.4 GLOBALE PROTEINANALYTIK [PROTEOMICS) 18
1.4.1 GLOBALE PROTEINANALYTIK: TOP-DOWN UND BOTTOM-UP 18
1.4.2 ABLAUF EINES MASSENSPEKTROMETIE-EXPERIMENTS 20
1.4.3 PRINZIPIEN UND INSTRUMENTE DER MASSENSPEKTROMETRIE 21
1.4.4 QUANTITATIVE PROTEOMANALYSEN 23
1.4.5 ANREICHERUNG VON PHOSPHOPROTEINEN UND -PEPTIDEN 25
2 ZIELSTELLUNG UND EXPERIMENTELLE STRATEGIE DER ARBEIT 26
3 ERGEBNISSE 29
3.1 ANALYSE ZELLULAERER PHOSPHOPROTEINE IN DER H. PYLORI INFEKTION 29
3.1.1 VALIDIERUNG DER AFFINITAETSREINIGUNG 30
3.1.2 PRAEZISION UND DYNAMISCHER BEREICH DER SILAC-QUANTIFIZIERUNG 31
3.1.3 ANALYSE DER PROTEINPHOSPHORYLIERUNG IN DER H. PYLORI INFEKTION 32
3.1.4 FUNKTIONELLE KLASSIFIZIERUNG DER PROTEINE 36
3.1.5 PROTEIN-PROTEIN INTERAKTIONEN 38
3.1.6 KINASE-SUBSTRAT PREDIKTION REGULIERTER PROTEINE 39
3.1.7 ANALYSE AUF EBENE DER PROTEINSPEZIES 41
3.1.8 DISKUSSION DER ERGEBNISSE 43
3.2 DYNAMIK DER TYROSINPHOSPHORYLIERUNG IN DER H. PYLORI INFEKTION 47
3.2.1 ANALYSE UEBERBLICK - PROTEINEBENE 48
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN HTTP://D-NB.INFO/1014391016
DIGITALISIERT DURCH
IMAGE 2
3.2.2 EINORDNUNG IN DEN BIOLOGISCHEN KONTEXT 50
3.2.3 KINASE-SUBSTRAT ANALYSE 52
3.2.4 PEPTIDANALYSE - EIN UEBERBLICK 52
3.2.5. SPEZIFISCHE REGULATION DER TYROSINPHOSPHORYLIERUNG 55
3.2.5.1 DIE TEMPORALE DYNAMIK DER TYROSINPHOSPHORYLIERUNG 55
3.2.5.2 CAGA UND TFSS UNABHAENGIGE EFFEKTE 56
3.2.5.3 CAGA SPEZIFISCHE EFFEKTE 56
3.2.5.4 TFSS ABHAENGIGE EFFEKTE 58
3.2.5.5 CAGA UND TFSS ALS MASSGEBLICHE VIRULENZFAKTOREN 60
3.2.5.6 IMMUNOBLOT VALIDIERUNG 61
3.2.6 BESONDERE BETRACHTUNG VON BCAR-1 UND NEDD-9 62
3.2.6.1 FUNKTION VON VON BCAR-1 UND NEDD-9 IN DER H.PYLORI INDUZIERTEN
MMP-EXPRESSION 64
3.2.7 DISKUSSION DER ERGEBNISSE DER GLOBALEN PHOSPHO-TYROSIN ANALYSE 67
3.2.7.1 ALLGEMEINE BETRACHTUNGEN 67
3.2.7.2 TEMPORALE DYNAMIK CAGA UND TFSS UNABHAENGIGER EFFEKTE 67
3.2.7.3 ROLLE VON CAGA UND TFSS ALS MASSGEBLICHE VIRULENZFAKTOREN 68
3.2.7.4 BCAR-1 UND NEDD-9 71
3.2.7.5 ZUSAMMENFASSUNG UND AUSBLICK 71
3.3 ANALYSE SEKRETIERTER VIRULENZFAKTOREN VON PROPIONIBACTERIUM ACNES 73
3.3.1 DISKUSSION DER SEKRETOMANALYSE 78
4 ABSCHLIESSENDE UEBERLEGUNGEN 79
5 MATERIAL UND METHODEN 81
5.1 KULTIVIERUNG VON AGS ZELLEN 81
5.2 SILAC-MARKIERUNG VON AGS ZELLEN 81
5.3 ZELLZAEHLUNG MIT NEUBAUER-ZAEHLKAMMER 82
5.4 KULTIVIERUNG BAKTERIELLER STAEMME 82
5.4.1 KULTIVIERUNG VON H. PYLORI 82
5.4.2 KULTIVIERUNG VON P. ACNES 83
IMAGE 3
5.5 HERSTELLUNG VON GLYCEROLKULTUREN ZUR KRYOKONSERVIERUNG 83
5.6 INFEKTION VON AGS ZELLEN MIT ». PYLORI 83
5.7 AFFINITAETS-ANREICHERUNG VON PHOSPHORYLIERTEN PROTEINEN 84
5.8 FAELLUNG BAKTERIELLER UEBERSTAENDE VON P. ACNES 85
5.9 ZWEI-DIMENSIONALE GELEKTROPHORESE (2-DE) 85
5.10 COLLOIDALE COOMASSIE CBB-G250 FAERBUNG 86
5.11 SILBERFAERBUNG 86
5.12 SDS- PAGE 86
5.13 MEMBRAN-TRANSFER UND IMMUNOBLOT 87
5.14 AUFARBEITUNG UND MALDI-MS/MS ANALYSE VON PROTEIN-SPOTS 89
5.15 SILAC-QUANTIFIZIERUNG DER PROTEIN-SPOTS NACH MALDI MS/MS ANALYSE 90
5.16 ANREICHERUNG VON PHOSPHO-TYROSIN-PEPTIDEN 91
5.17 LC-ESI-MS/MS ANALYSE VON PHOSPHO-TYROSIN-PEPTIDEN 93
5.17.1 INSTRUMENTIERUNG UND MESSUNG 93
5.17.2 DATENANALYSE 93
5.17.3 NORMALISIERUNG UND STATISTIK 94
5.18 FUNKTIONELLE DATENANALYSE 94
5.19 SIRNA-TRANSFEKTION 95
5.20 QUANTITATIVE REALTIME PCR 95
6 REFERENZEN 97
7 ANHANG 116
TABELLE AI 116
TABELLE A2 126
TABELLE A3 128
TABELLE A4 133
ABKUERZUNGEN 135
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