Erkennung von orts- und feldbezogenen Eigenschaftsmustern in Proteinsequenzen:
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2000
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| Beschreibung: | Berlin, Humboldt-Univ., Diss., 2000 |
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KAPITEL 1.5
EINLEITUNG UND GRUNDBEGRIFFE.5
1.1 ZIEL UND GANG DER UNTERSUCHUNG.5
KAPITEL 2.7
SEQUENZANALYSE.7
2.0 MOLEKULARGENETISCHE GRUNDBEGRIFFE.7
2.1 EVOLUTION UND GENOM.7
2.2 ENTSTEHUNG VON GENOMVERAENDEMNGEN.8
2.3 MUSTER, MODULE, DOMAENEN.9
2.4 DIE SEQUENZANALYSE ALS TEILGEBIET DER GENOMANALYSE.11
2.4.1 SEQUENZAEHNLICHKEIT UND VERWANDTSCHAFT.11
2.4.2 ALIGNMENT VON SEQUENZEN.14
2.4.3 VON DER KLASSISCHEN MUSTERERKENNUNG BIS HIN ZUR SCORE-ANALYSE.15
2.4.4 BLAST -BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL.15
2.4.5 DIE PROFIL-ANALYSE. 15
2.4.6 MOTIV- UND MUSTERPROGRAMME.16
2.4.7 AUSTAUSCHMATRIZEN UND CODIERUNG.16
2.4.8 FRAKTAIE KODIERUNG VON PROTEINSEQUENZEN.19
2.4.9 DATENBANKEN.21
KAPITEL 3.23
METHODE UND KONZEPT.23
3.1 GEHIRN UND KUENSTLICHE NEURONALE NETZE.23
3.1.1 GRUNDPRINZIPIEN DER SELBSTORGANISIERENDEN KARTE.23
3.1.2 DER ALGORITHMUS DER SELBSTORGANISIERENDEN KARTE.25
3.1.3 VEKTORQUANTISIERUNG UND DATENREDUKTION.26
3.1.4 BETRACHTUNGEN ZUR DISKRIMINATION VON MUSTER-PROTEINKLASSEN.27
3.1.5 VERGLEICH MIT HERKOEMMLICHEN KLASSIFIZIERUNGSVERFAHREN.28
3.2.1 UEBERWACHTES LERNEN DURCH STICHPROBEN.29
3.2.2 UNUEBERWACHTES LERNEN.29
3.2.3 QUANTISIERUNGSFEHLER.31
3.2.4 VISUALISIERUNGSVERFAHREN.33
3.2.5 2D-KOHONENKARTE.34
3.2.6 U-MATRIX.35
3.2.7 SAMMON-VERFAHREN.36
KAPITEL 4.38
ANWENDUNG.38
4.1 NEURONALE NETZE IN MUSTERERKENNUNG.38
4.1.1 SELBST-ORGANISIERENDES HIERARCHISCHES NETZWERK ZUR MUSTERERKENNUNG
IN PROTEINSEQUENZEN.38
4.1.2 ERKENNUNG VON PROTEINMUSTEM (FEATURE EXTRACTION).39
4.1.3 BEWERTUNG UNTERSCHIEDLICHER SUBSTITUTIONSMATRIZEN (FEATURE
TUNING).40
4.1.4 ERKENNUNG VON SEQUENZVETWANDLSCHAFTEN (FEATURE LOCATION).41
4.1.5 BEISPIELE AN VERSCHIEDENEN PROTEINFAMILIEN.42
4.1.5.1 DAS HELIX-TUM-HELIX MOTIV.42
4.1.5.2 RIBOKINASE.45
4.1.5.3 DIE CUB - DOMAENE.47
4.1.5.4 PARALLELISIERUNG DER METHODEN.48
4.2 VISUALISIERUNG VON PROTEINSEQUENZEN.50
4.2.1 ENTWICKLUNG EINES VISUALISIERUNGSTOOLS ZUR INTERAKTIVEN
VERARBEITUNG TRAINIERTER PROTEINKARTEN.54
4.3 KLASSIFIZIERUNG UND VISUALISIERUNG VON SEKUNDAERSTRUKTURSEGMENTEN.57
4.4 ASSOZIATIVE DATENBANK VON PROTEINSEQUENZEN.60
4.4.1 GENERIERUNG DER PROTEINMUSTER UND TRAINING DER KOHONEN-KARTE.60
4.4.2 STATISTISCHE BEURTEILUNG VON KONSERVIERTEN BLOECKEN IN
ALIGNMENTS.63
4.4.3 DIE ASSOZIATIVE DATENBANK ALS ANALYSEMETHODE.64
4.4.4 DIE ASSOZIATIVE DATENBANK IN DER DIREKTEN ANWENDUNG.85
4.4.4 ZUSAMMENFASSUNG UEBER NUTZUNG, LEISTUNG UND WEITERE ANWENDUNGEN VON
ADOPS.91
4.4.6 PROGRAMMTECHNISCHER ABLAUF. 92
KAPITEL 5.93
ZUSAMMENFASSUNG UND AUSBLICK.93
EPILOG.95
LITERATURVERZEICHNIS.96
3
BIBLIOGRAFISCHE INFORMATIONEN
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