Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires:
Dans ce travail nous étudions sous deux aspects la dépendance au contexte pour l'évolution par substitution des séquences nucléotidiques. Dans une première partie nous définissons un modèle évolutif simple intégrant la distinction entre transitions et transversions d'une part, et une dépen...
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | |
|---|---|
| Format: | Abschlussarbeit Buch |
| Sprache: | French |
| Veröffentlicht: |
Strasbourg
Université de Strasbourg
2010
|
| Schriftenreihe: | Institut de Recherche Mathématique Avancée
2010,5 |
| Schlagworte: | |
| Zusammenfassung: | Dans ce travail nous étudions sous deux aspects la dépendance au contexte pour l'évolution par substitution des séquences nucléotidiques. Dans une première partie nous définissons un modèle évolutif simple intégrant la distinction entre transitions et transversions d'une part, et une dépendance des nucléotides à leur voisin de gauche modélisant l'effet CpG d'autre part. Nous montrons que ce modèle peut s'écrire sous la forme d'une chaîne de Markov cachée et estimons ses paramètres par la mise en oeuvre de l'algorithme de Baum-Welch. Nous appliquons enfin le modèle à l'estimation de taux de substitution observés dans l'évolution de séquences génétiques. Dans une deuxième partie nous développons des corrections pour les statistiques classiques du test d'adéquation d'un échantillon à une loi multinomiale en présence de zéros aléatoires. En effet, les tests d'indépendance de l'évolution de triplets de nucléotides voisins impliquent des tables de contingence possédant de nombreuses cases nulles et se ramènent à des tests d'adéquation sur des vecteurs creux. Les statistiques de Pearson et de Kullback ne peuvent alors être employées. A partir de celles-ci, nous considérons des statistiques corrigées qui conservent le même comportement asymptotique. Nous les utilisons pour réaliser des tests d'indépendance, non seulement dans le cadre des données génomiques de la première partie, mais également pour des données écologiques et épidémiologiques |
| Beschreibung: | XII, 126 S. |
Internformat
MARC
| LEADER | 00000nam a2200000 cb4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | BV039523038 | ||
| 003 | DE-604 | ||
| 005 | 20131129 | ||
| 007 | t | ||
| 008 | 110810s2010 m||| 00||| fre d | ||
| 035 | |a (OCoLC)690354552 | ||
| 035 | |a (DE-599)BVBBV039523038 | ||
| 040 | |a DE-604 |b ger |e rakwb | ||
| 041 | 0 | |a fre | |
| 049 | |a DE-703 | ||
| 084 | |a SI 310 |0 (DE-625)143114: |2 rvk | ||
| 100 | 1 | |a Finkler, Audrey |e Verfasser |4 aut | |
| 245 | 1 | 0 | |a Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires |c par Audrey Finkler |
| 264 | 1 | |a Strasbourg |b Université de Strasbourg |c 2010 | |
| 300 | |a XII, 126 S. | ||
| 336 | |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |b n |2 rdamedia | ||
| 338 | |b nc |2 rdacarrier | ||
| 490 | 1 | |a Institut de Recherche Mathématique Avancée |v 2010,5 | |
| 502 | |a Thèse de doctorat : Mathématiques appliquées : Strasbourg : 2010 | ||
| 520 | |a Dans ce travail nous étudions sous deux aspects la dépendance au contexte pour l'évolution par substitution des séquences nucléotidiques. Dans une première partie nous définissons un modèle évolutif simple intégrant la distinction entre transitions et transversions d'une part, et une dépendance des nucléotides à leur voisin de gauche modélisant l'effet CpG d'autre part. Nous montrons que ce modèle peut s'écrire sous la forme d'une chaîne de Markov cachée et estimons ses paramètres par la mise en oeuvre de l'algorithme de Baum-Welch. Nous appliquons enfin le modèle à l'estimation de taux de substitution observés dans l'évolution de séquences génétiques. Dans une deuxième partie nous développons des corrections pour les statistiques classiques du test d'adéquation d'un échantillon à une loi multinomiale en présence de zéros aléatoires. En effet, les tests d'indépendance de l'évolution de triplets de nucléotides voisins impliquent des tables de contingence possédant de nombreuses cases nulles et se ramènent à des tests d'adéquation sur des vecteurs creux. Les statistiques de Pearson et de Kullback ne peuvent alors être employées. A partir de celles-ci, nous considérons des statistiques corrigées qui conservent le même comportement asymptotique. Nous les utilisons pour réaliser des tests d'indépendance, non seulement dans le cadre des données génomiques de la première partie, mais également pour des données écologiques et épidémiologiques | ||
| 650 | 7 | |a Séquençage des acides nucléiques / Thèses et écrits académiques |2 ram | |
| 650 | 7 | |a Mutation (biologie) / Thèses et écrits académiques |2 ram | |
| 650 | 7 | |a Loi multinomiale / Thèses et écrits académiques |2 ram | |
| 650 | 7 | |a Tests d'hypothèses (statistique) / Thèses et écrits académiques |2 ram | |
| 650 | 7 | |a Markov, Processus de / Thèses et écrits académiques |2 ram | |
| 655 | 7 | |0 (DE-588)4113937-9 |a Hochschulschrift |2 gnd-content | |
| 830 | 0 | |a Institut de Recherche Mathématique Avancée |v 2010,5 |w (DE-604)BV008183551 |9 2010,5 | |
| 999 | |a oai:aleph.bib-bvb.de:BVB01-024375477 | ||
Datensatz im Suchindex
| _version_ | 1804148331999395840 |
|---|---|
| any_adam_object | |
| author | Finkler, Audrey |
| author_facet | Finkler, Audrey |
| author_role | aut |
| author_sort | Finkler, Audrey |
| author_variant | a f af |
| building | Verbundindex |
| bvnumber | BV039523038 |
| classification_rvk | SI 310 |
| ctrlnum | (OCoLC)690354552 (DE-599)BVBBV039523038 |
| discipline | Mathematik |
| format | Thesis Book |
| fullrecord | <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><collection xmlns="http://www.loc.gov/MARC21/slim"><record><leader>03056nam a2200373 cb4500</leader><controlfield tag="001">BV039523038</controlfield><controlfield tag="003">DE-604</controlfield><controlfield tag="005">20131129 </controlfield><controlfield tag="007">t</controlfield><controlfield tag="008">110810s2010 m||| 00||| fre d</controlfield><datafield tag="035" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">(OCoLC)690354552</subfield></datafield><datafield tag="035" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">(DE-599)BVBBV039523038</subfield></datafield><datafield tag="040" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">DE-604</subfield><subfield code="b">ger</subfield><subfield code="e">rakwb</subfield></datafield><datafield tag="041" ind1="0" ind2=" "><subfield code="a">fre</subfield></datafield><datafield tag="049" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">DE-703</subfield></datafield><datafield tag="084" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">SI 310</subfield><subfield code="0">(DE-625)143114:</subfield><subfield code="2">rvk</subfield></datafield><datafield tag="100" ind1="1" ind2=" "><subfield code="a">Finkler, Audrey</subfield><subfield code="e">Verfasser</subfield><subfield code="4">aut</subfield></datafield><datafield tag="245" ind1="1" ind2="0"><subfield code="a">Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires</subfield><subfield code="c">par Audrey Finkler</subfield></datafield><datafield tag="264" ind1=" " ind2="1"><subfield code="a">Strasbourg</subfield><subfield code="b">Université de Strasbourg</subfield><subfield code="c">2010</subfield></datafield><datafield tag="300" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">XII, 126 S.</subfield></datafield><datafield tag="336" ind1=" " ind2=" "><subfield code="b">txt</subfield><subfield code="2">rdacontent</subfield></datafield><datafield tag="337" ind1=" " ind2=" "><subfield code="b">n</subfield><subfield code="2">rdamedia</subfield></datafield><datafield tag="338" ind1=" " ind2=" "><subfield code="b">nc</subfield><subfield code="2">rdacarrier</subfield></datafield><datafield tag="490" ind1="1" ind2=" "><subfield code="a">Institut de Recherche Mathématique Avancée</subfield><subfield code="v">2010,5</subfield></datafield><datafield tag="502" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">Thèse de doctorat : Mathématiques appliquées : Strasbourg : 2010</subfield></datafield><datafield tag="520" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">Dans ce travail nous étudions sous deux aspects la dépendance au contexte pour l'évolution par substitution des séquences nucléotidiques. Dans une première partie nous définissons un modèle évolutif simple intégrant la distinction entre transitions et transversions d'une part, et une dépendance des nucléotides à leur voisin de gauche modélisant l'effet CpG d'autre part. Nous montrons que ce modèle peut s'écrire sous la forme d'une chaîne de Markov cachée et estimons ses paramètres par la mise en oeuvre de l'algorithme de Baum-Welch. Nous appliquons enfin le modèle à l'estimation de taux de substitution observés dans l'évolution de séquences génétiques. Dans une deuxième partie nous développons des corrections pour les statistiques classiques du test d'adéquation d'un échantillon à une loi multinomiale en présence de zéros aléatoires. En effet, les tests d'indépendance de l'évolution de triplets de nucléotides voisins impliquent des tables de contingence possédant de nombreuses cases nulles et se ramènent à des tests d'adéquation sur des vecteurs creux. Les statistiques de Pearson et de Kullback ne peuvent alors être employées. A partir de celles-ci, nous considérons des statistiques corrigées qui conservent le même comportement asymptotique. Nous les utilisons pour réaliser des tests d'indépendance, non seulement dans le cadre des données génomiques de la première partie, mais également pour des données écologiques et épidémiologiques</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="7"><subfield code="a">Séquençage des acides nucléiques / Thèses et écrits académiques</subfield><subfield code="2">ram</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="7"><subfield code="a">Mutation (biologie) / Thèses et écrits académiques</subfield><subfield code="2">ram</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="7"><subfield code="a">Loi multinomiale / Thèses et écrits académiques</subfield><subfield code="2">ram</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="7"><subfield code="a">Tests d'hypothèses (statistique) / Thèses et écrits académiques</subfield><subfield code="2">ram</subfield></datafield><datafield tag="650" ind1=" " ind2="7"><subfield code="a">Markov, Processus de / Thèses et écrits académiques</subfield><subfield code="2">ram</subfield></datafield><datafield tag="655" ind1=" " ind2="7"><subfield code="0">(DE-588)4113937-9</subfield><subfield code="a">Hochschulschrift</subfield><subfield code="2">gnd-content</subfield></datafield><datafield tag="830" ind1=" " ind2="0"><subfield code="a">Institut de Recherche Mathématique Avancée</subfield><subfield code="v">2010,5</subfield><subfield code="w">(DE-604)BV008183551</subfield><subfield code="9">2010,5</subfield></datafield><datafield tag="999" ind1=" " ind2=" "><subfield code="a">oai:aleph.bib-bvb.de:BVB01-024375477</subfield></datafield></record></collection> |
| genre | (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content |
| genre_facet | Hochschulschrift |
| id | DE-604.BV039523038 |
| illustrated | Not Illustrated |
| indexdate | 2024-07-10T00:05:27Z |
| institution | BVB |
| language | French |
| oai_aleph_id | oai:aleph.bib-bvb.de:BVB01-024375477 |
| oclc_num | 690354552 |
| open_access_boolean | |
| owner | DE-703 |
| owner_facet | DE-703 |
| physical | XII, 126 S. |
| publishDate | 2010 |
| publishDateSearch | 2010 |
| publishDateSort | 2010 |
| publisher | Université de Strasbourg |
| record_format | marc |
| series | Institut de Recherche Mathématique Avancée |
| series2 | Institut de Recherche Mathématique Avancée |
| spelling | Finkler, Audrey Verfasser aut Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires par Audrey Finkler Strasbourg Université de Strasbourg 2010 XII, 126 S. txt rdacontent n rdamedia nc rdacarrier Institut de Recherche Mathématique Avancée 2010,5 Thèse de doctorat : Mathématiques appliquées : Strasbourg : 2010 Dans ce travail nous étudions sous deux aspects la dépendance au contexte pour l'évolution par substitution des séquences nucléotidiques. Dans une première partie nous définissons un modèle évolutif simple intégrant la distinction entre transitions et transversions d'une part, et une dépendance des nucléotides à leur voisin de gauche modélisant l'effet CpG d'autre part. Nous montrons que ce modèle peut s'écrire sous la forme d'une chaîne de Markov cachée et estimons ses paramètres par la mise en oeuvre de l'algorithme de Baum-Welch. Nous appliquons enfin le modèle à l'estimation de taux de substitution observés dans l'évolution de séquences génétiques. Dans une deuxième partie nous développons des corrections pour les statistiques classiques du test d'adéquation d'un échantillon à une loi multinomiale en présence de zéros aléatoires. En effet, les tests d'indépendance de l'évolution de triplets de nucléotides voisins impliquent des tables de contingence possédant de nombreuses cases nulles et se ramènent à des tests d'adéquation sur des vecteurs creux. Les statistiques de Pearson et de Kullback ne peuvent alors être employées. A partir de celles-ci, nous considérons des statistiques corrigées qui conservent le même comportement asymptotique. Nous les utilisons pour réaliser des tests d'indépendance, non seulement dans le cadre des données génomiques de la première partie, mais également pour des données écologiques et épidémiologiques Séquençage des acides nucléiques / Thèses et écrits académiques ram Mutation (biologie) / Thèses et écrits académiques ram Loi multinomiale / Thèses et écrits académiques ram Tests d'hypothèses (statistique) / Thèses et écrits académiques ram Markov, Processus de / Thèses et écrits académiques ram (DE-588)4113937-9 Hochschulschrift gnd-content Institut de Recherche Mathématique Avancée 2010,5 (DE-604)BV008183551 2010,5 |
| spellingShingle | Finkler, Audrey Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires Institut de Recherche Mathématique Avancée Séquençage des acides nucléiques / Thèses et écrits académiques ram Mutation (biologie) / Thèses et écrits académiques ram Loi multinomiale / Thèses et écrits académiques ram Tests d'hypothèses (statistique) / Thèses et écrits académiques ram Markov, Processus de / Thèses et écrits académiques ram |
| subject_GND | (DE-588)4113937-9 |
| title | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires |
| title_auth | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires |
| title_exact_search | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires |
| title_full | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires par Audrey Finkler |
| title_fullStr | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires par Audrey Finkler |
| title_full_unstemmed | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires par Audrey Finkler |
| title_short | Modèle d'évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d'adéquation en présence de zéros aléatoires |
| title_sort | modele d evolution avec dependance au contexte et corrections de statistiques d adequation en presence de zeros aleatoires |
| topic | Séquençage des acides nucléiques / Thèses et écrits académiques ram Mutation (biologie) / Thèses et écrits académiques ram Loi multinomiale / Thèses et écrits académiques ram Tests d'hypothèses (statistique) / Thèses et écrits académiques ram Markov, Processus de / Thèses et écrits académiques ram |
| topic_facet | Séquençage des acides nucléiques / Thèses et écrits académiques Mutation (biologie) / Thèses et écrits académiques Loi multinomiale / Thèses et écrits académiques Tests d'hypothèses (statistique) / Thèses et écrits académiques Markov, Processus de / Thèses et écrits académiques Hochschulschrift |
| volume_link | (DE-604)BV008183551 |
| work_keys_str_mv | AT finkleraudrey modeledevolutionavecdependanceaucontexteetcorrectionsdestatistiquesdadequationenpresencedezerosaleatoires |